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仪器数据Allotrope转换器Skill bio-instrument-data

该技能用于将实验室仪器输出文件转换为标准化的Allotrope Simple Model (ASM) JSON格式或扁平化2D CSV，便于在LIMS系统、数据湖中使用或进行下游分析。它支持自动检测仪器类型，并提供ASM JSON、CSV和Python代码输出，帮助数据工程师集成到生产管道中。关键词：仪器数据转换、Allotrope标准化、LIMS系统、数据工程、生物信息学、数据湖、Python解析器。

数据工程 0 次安装 0 次浏览 更新于 3/25/2026

名称: bio-instrument-data 描述: 将实验室仪器输出文件（PDF、CSV、Excel、TXT）转换为Allotrope Simple Model (ASM) JSON格式或扁平化的2D CSV。当科学家需要标准化仪器数据用于LIMS系统、数据湖或下游分析时使用此技能。支持自动检测仪器类型。输出包括完整ASM JSON、扁平CSV以便轻松导入，以及可导出的Python代码供数据工程师使用。常见触发场景包括转换仪器文件、标准化实验室数据、准备数据上传到LIMS/ELN系统，或为生产管道生成解析器代码。 要求: [python, bash]

仪器数据到Allotrope转换器

将仪器文件转换为标准化的Allotrope Simple Model (ASM) 格式，用于LIMS上传、数据湖或传递给数据工程团队。

注意： 此技能利用了生物信息学包。 脚本和参考位于：src-tauri/resources/packs/bio-informatics-pack/allotrope-conversion/

工作流程概述

  1. 检测仪器类型 从文件内容（自动检测或用户指定）
  2. 解析文件 使用allotropy库（原生）或灵活的回退解析器
  3. 生成输出：
    • ASM JSON（完整语义结构）
    • 扁平化CSV（2D表格格式）
    • Python解析器代码（供数据工程师使用）
  4. 交付 文件，附有摘要和使用说明

当不确定时： 如果不确定如何将字段映射到ASM（例如，这是原始数据还是计算数据？），请向用户澄清。参考包的references/field_classification_guide.md获取指导。

快速开始

# 先安装要求
pip install allotropy pandas openpyxl pdfplumber --break-system-packages

# 核心转换
from allotropy.parser_factory import Vendor
from allotropy.to_allotrope import allotrope_from_file

# 使用allotropy转换
asm = allotrope_from_file("instrument_data.csv", Vendor.BECKMAN_VI_CELL_BLU)

输出格式选择

ASM JSON（默认） - 带有本体URI的完整语义结构

  • 最适合：期望ASM的LIMS系统、数据湖、长期归档
  • 验证符合Allotrope模式

扁平化CSV - 2D表格表示

  • 最适合：快速分析、Excel用户、不支持JSON的系统
  • 每个测量成为一行，元数据重复

两者 - 生成两种格式以获得最大灵活性

计算数据处理

重要： 将原始测量与计算/派生值分开。

  • 原始数据 → measurement-document（直接仪器读数）
  • 计算数据 → calculated-data-aggregate-document（派生值）

计算值必须通过data-source-aggregate-document包含可追溯性。

验证

在交付给用户之前始终验证ASM输出：

# 运行包中的验证脚本
python src-tauri/resources/packs/bio-informatics-pack/allotrope-conversion/scripts/validate_asm.py output.json