名称：文献综述描述：使用多个学术数据库（PubMed、arXiv、bioRxiv、Semantic Scholar等）进行全面的、系统的文献综述。这个技能应用于进行系统文献综述、元分析、研究综合或在生物医学、科学和技术领域进行全面文献搜索。创建专业格式的Markdown文档和PDF，带有多种引用样式（APA、Nature、Vancouver等）的已验证引用。

文献综述

概述

遵循严格的学术方法进行系统性的、全面的文献综述。搜索多个文献数据库，按主题综合发现，验证所有引用的准确性，并生成Markdown和PDF格式的专业输出文档。

这个技能与多个科学技能集成，用于数据库访问（gget、bioservices、datacommons-client），并提供了专门的工具用于引用验证、结果聚合和文档生成。

何时使用这个技能

使用这个技能当：

为研究或出版物进行系统文献综述
综合多个来源关于特定主题的当前知识
进行元分析或范围综述
撰写研究论文或学位论文的文献综述部分
调查研究领域的最新进展
识别研究空白和未来方向
需要已验证引用和专业格式

核心工作流

文献综述遵循结构化的多阶段工作流：

第一阶段：规划和范围界定

定义研究问题：对于临床/生物医学综述，使用PICO框架（人群、干预、比较、结果）
- 示例：“与标准护理（C）相比，CRISPR-Cas9（I）治疗镰状细胞病（P）的疗效如何？”
确立范围和目标：
- 定义清晰、具体的研究问题
- 确定综述类型（叙述性、系统性、范围性、元分析）
- 设定边界（时间段、地理范围、研究类型）
开发搜索策略：
- 从研究问题中识别2-4个主要概念
- 列出每个概念的同义词、缩写和相关术语
- 计划布尔运算符（AND、OR、NOT）来组合术语
- 选择至少3个互补数据库
设置纳入/排除标准：
- 日期范围（例如，最近10年：2015-2024）
- 语言（通常为英语，或指定多语言）
- 出版物类型（同行评审、预印本、综述）
- 研究设计（随机对照试验、观察性、体外等）
- 清晰记录所有标准

第二阶段：系统文献搜索

多数据库搜索：

选择适合领域的数据库：

生物医学和生命科学：
- 使用gget技能：gget search pubmed "搜索术语" 用于PubMed/PMC
- 使用gget技能：gget search biorxiv "搜索术语" 用于预印本
- 使用bioservices技能用于ChEMBL、KEGG、UniProt等
一般科学文献：
- 通过直接API搜索arXiv（物理学、数学、计算机科学、定量生物学等预印本）
- 通过API搜索Semantic Scholar（2亿+篇论文，跨学科）
- 使用Google Scholar进行全面覆盖（手动或谨慎爬取）
专门数据库：
- 使用gget alphafold用于蛋白质结构
- 使用gget cosmic用于癌症基因组学
- 使用datacommons-client用于人口统计/统计数据
- 根据领域使用专门数据库
记录搜索参数：
```
## 搜索策略

### 数据库：PubMed
- **搜索日期**：2024-10-25
- **日期范围**：2015-01-01 至 2024-10-25
- **搜索字符串**：
```
(“CRISPR”[标题] OR “Cas9”[标题]) AND (“镰状细胞”[MeSH] OR “SCD”[标题/摘要]) AND 2015:2024[出版日期]
```
- **结果**：247篇文章
```
对每个搜索的数据库重复。
导出和聚合结果：
- 从每个数据库以JSON格式导出结果
- 将所有结果合并到单个文件中
- 使用scripts/search_databases.py进行后处理：
```
python search_databases.py combined_results.json \
  --deduplicate \
  --format markdown \
  --output aggregated_results.md
```

第三阶段：筛选和选择

去重：
```
python search_databases.py results.json --deduplicate --output unique_results.json
```
- 通过DOI（首选）或标题（备选）移除重复项
- 记录移除的重复数量
标题筛选：
- 根据纳入/排除标准审查所有标题
- 排除明显不相关的研究
- 记录此阶段排除的数量
摘要筛选：
- 阅读剩余研究的摘要
- 严格应用纳入/排除标准
- 记录排除原因
全文筛选：
- 获取剩余研究的全文
- 根据所有标准进行详细审查
- 记录排除的具体原因
- 记录最终纳入研究的数量

创建PRISMA流程图：

初始搜索：n = X
├─ 去重后：n = Y
├─ 标题筛选后：n = Z
├─ 摘要筛选后：n = A
└─ 纳入综述：n = B

第四阶段：数据提取和质量评估

从每个纳入研究中提取关键数据：
- 研究元数据（作者、年份、期刊、DOI）
- 研究设计和方法
- 样本量和人群特征
- 关键发现和结果
- 作者指出的局限性
- 资金来源和利益冲突
评估研究质量：
- 对于随机对照试验：使用Cochrane偏倚风险工具
- 对于观察性研究：使用纽卡斯尔-渥太华量表
- 对于系统综述：使用AMSTAR 2
- 对每个研究评级：高、中、低或非常低质量
- 考虑排除非常低质量的研究
按主题组织：
- 识别研究中的3-5个主要主题
- 按主题分组研究（研究可能出现在多个主题中）
- 注意模式、共识和争议

第五阶段：综合和分析

从模板创建综述文档：

cp assets/review_template.md my_literature_review.md

撰写主题综合（非逐研究总结）：

按主题或研究问题组织结果部分
在每个主题内综合多个研究的发现
比较和对比不同的方法和结果
识别共识领域和争议点
突出最强证据

示例结构：

#### 3.3.1 主题：CRISPR递送方法

已经研究了多种递送方法用于治疗性基因编辑。病毒载体（AAV）在15项研究^1-15^中使用，显示出高转导效率（65-85%），但引起免疫原性担忧^3,7,12^。相比之下，脂质纳米颗粒表现出较低效率（40-60%），但改善安全性^16-23^。

批判性分析：
- 评估研究间的方法学优势和局限性
- 评估证据质量和一致性
- 识别知识空白和方法学空白
- 注意需要未来研究的领域
撰写讨论：
- 在更广泛的背景下解释发现
- 讨论临床、实践或研究意义
- 承认综述本身的局限性
- 如适用，与先前综述比较
- 提出具体的未来研究方向

第六阶段：引用验证

关键：所有引用必须在最终提交前验证准确性。

验证所有DOI：
```
python scripts/verify_citations.py my_literature_review.md
```
这个脚本：
- 从文档中提取所有DOI
- 验证每个DOI是否正确解析
- 从CrossRef检索元数据
- 生成验证报告
- 输出正确格式的引用
审查验证报告：
- 检查任何失败的DOI
- 验证作者姓名、标题和出版详情匹配
- 纠正原始文档中的任何错误
- 重新运行验证直到所有引用通过
一致格式化引用：
- 选择一种引用样式并全程使用（见references/citation_styles.md）
- 常见样式：APA、Nature、Vancouver、Chicago、IEEE
- 使用验证脚本输出来正确格式化引用
- 确保文内引用与参考文献列表格式匹配

第七阶段：文档生成

生成PDF：
```
python scripts/generate_pdf.py my_literature_review.md \
  --citation-style apa \
  --output my_review.pdf
```
选项：
- --citation-style：apa、nature、chicago、vancouver、ieee
- --no-toc：禁用目录
- --no-numbers：禁用章节编号
- --check-deps：检查pandoc/xelatex是否安装
审查最终输出：
- 检查PDF格式和布局
- 验证所有部分都存在
- 确保引用正确渲染
- 检查图表/表格是否正常显示
- 验证目录准确
质量检查清单：
- [ ] 所有DOI通过verify_citations.py验证
- [ ] 引用格式一致
- [ ] 包括PRISMA流程图（对于系统综述）
- [ ] 搜索方法完全记录
- [ ] 纳入/排除标准清晰陈述
- [ ] 结果按主题组织（非逐研究）
- [ ] 质量评估完成
- [ ] 局限性承认
- [ ] 参考文献完整准确
- [ ] PDF生成无错误

数据库特定搜索指导

PubMed / PubMed Central

通过gget技能访问：

# 搜索PubMed
gget search pubmed "CRISPR基因编辑" -l 100

# 带过滤器搜索
# 使用PubMed高级搜索构建器来构建复杂查询
# 然后通过gget或直接Entrez API执行

搜索提示：

使用MeSH术语："镰状细胞病"[MeSH]
字段标签：[标题]、[标题/摘要]、[作者]
日期过滤器：2020:2024[出版日期]
布尔运算符：AND、OR、NOT
见MeSH浏览器：https://meshb.nlm.nih.gov/search

bioRxiv / medRxiv

通过gget技能访问：

gget search biorxiv "CRISPR镰状细胞" -l 50

重要考虑：

预印本未经同行评审
谨慎验证发现
检查预印本是否已发表（CrossRef）
注意预印本版本和日期

arXiv

通过直接API或WebFetch访问：

# 示例搜索类别：
# q-bio.QM（定量方法）
# q-bio.GN（基因组学）
# q-bio.MN（分子网络）
# cs.LG（机器学习）
# stat.ML（机器学习统计）

# 搜索格式：类别 AND 术语
search_query = "cat:q-bio.QM AND ti:\"单细胞测序\""

Semantic Scholar

通过直接API访问（需要API密钥，或使用免费层）：

2亿+篇论文，涵盖所有领域
对于跨学科搜索非常出色
提供引用图和论文推荐
用于找到高影响力论文

专门生物医学数据库

使用适当技能：

ChEMBL：bioservices技能用于化学生物活性
UniProt：gget或bioservices技能用于蛋白质信息
KEGG：bioservices技能用于通路和基因
COSMIC：gget技能用于癌症突变
AlphaFold：gget alphafold用于蛋白质结构
PDB：gget或直接API用于实验结构

引用链式搜索

通过引用网络扩展搜索：

前向引用（引用关键论文的论文）：
- 使用Google Scholar“被引用”功能
- 使用Semantic Scholar或OpenAlex APIs
- 识别基于开创性工作的新研究
后向引用（关键论文的参考文献）：
- 从纳入论文中提取参考文献
- 识别高被引基础工作
- 找到被多个纳入研究引用的论文

引用样式指南

详细格式指南在references/citation_styles.md中。快速参考：

APA（第7版）

文内：（Smith et al., 2023）
参考文献：Smith, J. D., Johnson, M. L., & Williams, K. R. (2023). Title. Journal, 22(4), 301-318. https://doi.org/10.xxx/yyy

Nature

文内：上标数字^1,2^
参考文献：Smith, J. D., Johnson, M. L. & Williams, K. R. Title. Nat. Rev. Drug Discov. 22, 301-318 (2023).

Vancouver

文内：上标数字^1,2^
参考文献：Smith JD, Johnson ML, Williams KR. Title. Nat Rev Drug Discov. 2023;22(4):301-18.

最终确定前始终使用verify_citations.py验证引用。

最佳实践

搜索策略

使用多个数据库（至少3个）：确保全面覆盖
包括预印本服务器：捕捉最新未发表发现
记录一切：搜索字符串、日期、结果计数以确保可重复性
测试和优化：运行试点搜索，审查结果，调整搜索术语

筛选和选择

使用清晰标准：筛选前记录纳入/排除标准
系统筛选：标题 → 摘要 → 全文
记录排除：记录排除研究的原因
考虑双重筛选：对于系统综述，让两名评审员独立筛选

综合

按主题组织：按主题分组，而非按个别研究
跨研究综合：比较、对比、识别模式
批判性：评估证据质量和一致性
识别空白：注意缺失或研究不足的领域

质量和可重复性

评估研究质量：使用适当的质量评估工具
验证所有引用：运行verify_citations.py脚本
记录方法：提供足够细节以便他人重复
遵循指南：系统综述使用PRISMA

写作

客观：公平呈现证据，承认局限性
系统：遵循结构化模板
具体：如可用，包括数字、统计数据、效应大小
清晰：使用清晰标题、逻辑流、主题组织

常见陷阱避免

单数据库搜索：错过相关论文；始终搜索多个数据库
无搜索文档：使综述不可重复；记录所有搜索
逐研究总结：缺乏综合；改为按主题组织
未验证引用：导致错误；始终运行verify_citations.py
搜索过宽：产生数千个无关结果；用特定术语细化
搜索过窄：错过相关论文；包括同义词和相关术语
忽略预印本：错过最新发现；包括bioRxiv、medRxiv、arXiv
无质量评估：同等对待所有证据；评估并报告质量
发表偏倚：仅发表积极结果；注意潜在偏倚
过时搜索：领域快速发展；明确声明搜索日期

示例工作流

生物医学文献综述的完整工作流：

# 1. 从模板创建综述文档
cp assets/review_template.md crispr_sickle_cell_review.md

# 2. 使用适当技能搜索多个数据库
# - 使用gget技能用于PubMed、bioRxiv
# - 使用直接API访问arXiv、Semantic Scholar
# - 以JSON格式导出结果

# 3. 聚合和处理结果
python scripts/search_databases.py combined_results.json \
  --deduplicate \
  --rank citations \
  --year-start 2015 \
  --year-end 2024 \
  --format markdown \
  --output search_results.md \
  --summary

# 4. 筛选结果并提取数据
# - 手动筛选标题、摘要、全文
# - 提取关键数据到综述文档
# - 按主题组织

# 5. 遵循模板结构撰写综述
# - 带清晰目标的引言
# - 详细方法部分
# - 按主题组织的结果
# - 批判性讨论
# - 清晰结论

# 6. 验证所有引用
python scripts/verify_citations.py crispr_sickle_cell_review.md

# 审查引用报告
cat crispr_sickle_cell_review_citation_report.json

# 修复任何失败引用并重新验证
python scripts/verify_citations.py crispr_sickle_cell_review.md

# 7. 生成专业PDF
python scripts/generate_pdf.py crispr_sickle_cell_review.md \
  --citation-style nature \
  --output crispr_sickle_cell_review.pdf

# 8. 审查最终PDF和Markdown输出

与其他技能集成

这个技能与其他科学技能无缝协作：

数据库访问技能

gget：PubMed、bioRxiv、COSMIC、AlphaFold、Ensembl、UniProt
bioservices：ChEMBL、KEGG、Reactome、UniProt、PubChem
datacommons-client：人口统计、经济、健康统计数据

分析技能

pydeseq2：RNA-seq差异表达（用于方法部分）
scanpy：单细胞分析（用于方法部分）
anndata：单细胞数据（用于方法部分）
biopython：序列分析（用于背景部分）

可视化技能

matplotlib：为综述生成图表和绘图
seaborn：统计可视化

写作技能

brand-guidelines：将机构品牌应用到PDF
internal-comms：为不同受众调整综述

资源

打包资源

脚本：

scripts/verify_citations.py：验证DOI并生成格式化引用
scripts/generate_pdf.py：将Markdown转换为专业PDF
scripts/search_databases.py：处理、去重和格式化搜索结果

参考文献：

references/citation_styles.md：详细引用格式指南（APA、Nature、Vancouver、Chicago、IEEE）
references/database_strategies.md：全面数据库搜索策略

资产：

assets/review_template.md：完整文献综述模板，包含所有部分

外部资源

指南：

PRISMA（系统综述）：http://www.prisma-statement.org/
Cochrane手册：https://training.cochrane.org/handbook
AMSTAR 2（综述质量）：https://amstar.ca/

工具：

MeSH浏览器：https://meshb.nlm.nih.gov/search
PubMed高级搜索：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/
布尔搜索指南：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/

引用样式：

APA样式：https://apastyle.apa.org/
Nature Portfolio：https://www.nature.com/nature-portfolio/editorial-policies/reporting-standards
NLM/Vancouver：https://www.nlm.nih.gov/bsd/uniform_requirements.html

依赖项

必需的Python包

pip install requests  # 用于引用验证

必需的系统工具

# 用于PDF生成
brew install pandoc  # macOS
apt-get install pandoc  # Linux

# 用于LaTeX（PDF生成）
brew install --cask mactex  # macOS
apt-get install texlive-xetex  # Linux

检查依赖项：

python scripts/generate_pdf.py --check-deps

总结

这个文献综述技能提供：

系统方法：遵循学术最佳实践
多数据库集成：通过现有科学技能
引用验证：确保准确性和可信度
专业输出：以Markdown和PDF格式
全面指导：覆盖整个综述过程
质量保证：带验证和验证工具
可重复性：通过详细文档要求

在任意领域进行彻底、严格的文献综述，满足学术标准并提供当前知识的全面综合。