名称: 引用管理描述: 学术研究的全面引用管理。搜索Google Scholar和PubMed获取论文，提取准确元数据，验证引用，生成正确格式的BibTeX条目。此技能应在需要寻找论文、验证引用信息、转换DOI到BibTeX或确保科学写作中的引用准确性时使用。允许工具: [读取, 写入, 编辑, Bash]

引用管理

概述

系统化管理整个研究和写作过程中的引用。此技能提供工具和策略，用于搜索学术数据库（Google Scholar、PubMed），从多个来源（CrossRef、PubMed、arXiv）提取准确元数据，验证引用信息，以及生成正确格式的BibTeX条目。

对维护引用准确性、避免引用错误和确保可重复研究至关重要。可与文献综述技能无缝集成，实现全面的研究工作流。

何时使用此技能

在以下情况使用此技能：

在Google Scholar或PubMed上搜索特定论文
将DOI、PMID或arXiv ID转换为正确格式的BibTeX
提取引用的完整元数据（作者、标题、期刊、年份等）
验证现有引用的准确性
清理和格式化BibTeX文件
在特定领域查找高引用论文
验证引用信息与实际出版物匹配
为稿件或论文构建参考文献列表
检查重复引用
确保一致的引用格式

使用科学示意图增强视觉效果

使用此技能创建文档时，始终考虑添加科学示意图以增强视觉传达。

如果您的文档尚未包含示意图或图表：

使用科学示意图技能生成AI驱动的出版物质量图表
只需用自然语言描述您想要的图表
Nano Banana Pro将自动生成、审查和优化示意图

对于新文档： 默认应生成科学示意图，以可视化表示文本中描述的关键概念、工作流、架构或关系。

如何生成示意图：

python scripts/generate_schematic.py "您的图表描述" -o figures/output.png

AI将自动：

创建具有正确格式的出版物质量图像
通过多次迭代审查和优化
确保可访问性（色盲友好、高对比度）
将输出保存在figures/目录中

何时添加示意图：

引用工作流程图
文献搜索方法流程图
引用管理系统架构图
引用样式决策树
数据库集成图
任何受益于可视化的复杂概念

有关创建示意图的详细指南，请参阅科学示意图技能文档。

核心工作流

引用管理遵循系统化流程：

阶段1：论文发现和搜索

目标： 使用学术搜索引擎查找相关论文。

Google Scholar搜索

Google Scholar提供跨学科的最全面覆盖。

基本搜索：

# 搜索主题论文
python scripts/search_google_scholar.py "CRISPR基因编辑" \
  --limit 50 \
  --output results.json

# 使用年份过滤器搜索
python scripts/search_google_scholar.py "机器学习蛋白质折叠" \
  --year-start 2020 \
  --year-end 2024 \
  --limit 100 \
  --output ml_proteins.json

高级搜索策略（见references/google_scholar_search.md）：

使用引号进行精确短语搜索："深度学习"
按作者搜索：author:LeCun
在标题中搜索：intitle:"神经网络"
排除术语：机器学习 -调查
使用排序选项查找高引用论文
按日期范围过滤以获取近期工作

最佳实践：

使用具体、有针对性的搜索词
包含关键技术术语和缩写
对快速发展的领域按近期年份过滤
检查“引用”以查找重要论文
导出顶部结果以供进一步分析

PubMed搜索

PubMed专门用于生物医学和生命科学文献（3500多万条引用）。

基本搜索：

# 搜索PubMed
python scripts/search_pubmed.py "阿尔茨海默病治疗" \
  --limit 100 \
  --output alzheimers.json

# 使用MeSH术语和过滤器搜索
python scripts/search_pubmed.py \
  --query '"阿尔茨海默病"[MeSH] AND "药物治疗"[MeSH]' \
  --date-start 2020 \
  --date-end 2024 \
  --publication-types "临床试验,综述" \
  --output alzheimers_trials.json

高级PubMed查询（见references/pubmed_search.md）：

使用MeSH术语："糖尿病"[MeSH]
字段标签："癌症"[标题], "Smith J"[作者]
布尔运算符：AND, OR, NOT
日期过滤器：2020:2024[出版日期]
出版物类型："综述"[出版物类型]
与E-utilities API结合实现自动化

最佳实践：

使用MeSH浏览器查找正确的受控词汇
首先在PubMed高级搜索构建器中构建复杂查询
使用OR包含多个同义词
检索PMID以便轻松提取元数据
导出为JSON或直接为BibTeX

阶段2：元数据提取

目标： 将论文标识符（DOI、PMID、arXiv ID）转换为完整、准确的元数据。

快速DOI到BibTeX转换

对于单个DOI，使用快速转换工具：

# 转换单个DOI
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/s41586-021-03819-2

# 从文件转换多个DOI
python scripts/doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib

# 不同输出格式
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/nature12345 --format json

全面元数据提取

对于DOI、PMID、arXiv ID或URL：

# 从DOI提取
python scripts/extract_metadata.py --doi 10.1038/s41586-021-03819-2

# 从PMID提取
python scripts/extract_metadata.py --pmid 34265844

# 从arXiv ID提取
python scripts/extract_metadata.py --arxiv 2103.14030

# 从URL提取
python scripts/extract_metadata.py --url "https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2"

# 从文件批量提取（混合标识符）
python scripts/extract_metadata.py --input identifiers.txt --output citations.bib

元数据来源（见references/metadata_extraction.md）：

CrossRef API： DOI的主要来源
- 期刊文章的全面元数据
- 出版商提供的信息
- 包括作者、标题、期刊、卷、页、日期
- 免费，无需API密钥
PubMed E-utilities： 生物医学文献
- 官方NCBI元数据
- 包括MeSH术语、摘要
- PMID和PMCID标识符
- 免费，高流量建议使用API密钥
arXiv API： 物理学、数学、计算机科学、定量生物学的预印本
- 预印本的完整元数据
- 版本跟踪
- 作者单位
- 免费，开放获取
DataCite API： 研究数据集、软件、其他资源
- 非传统学术输出的元数据
- 数据集和代码的DOI
- 免费访问

提取内容：

必填字段： 作者、标题、年份
期刊文章： 期刊、卷、期、页、DOI
书籍： 出版商、ISBN、版次
会议论文： 书名、会议地点、页
预印本： 存储库（arXiv、bioRxiv）、预印本ID
附加： 摘要、关键词、URL

阶段2.5：通过网络搜索进行元数据增强（必选）

目标： 使用网络搜索检测并填充任何缺失的元数据字段。此阶段在提取之后、格式化之前运行，以确保每个BibTeX条目完整。

为何关键： 从API（CrossRef、PubMed、arXiv）提取的元数据有时返回不完整记录——缺失卷、页、期号或DOI。这些空白必须在参考文献被视为就绪前填充。

步骤1：扫描不完整条目

提取元数据后，扫描BibTeX文件中缺失关键字段的条目：

按条目类型检查的字段：

条目类型	必须有	应有
@article	作者、标题、期刊、年份	卷、页、期、doi
@inproceedings	作者、标题、书名、年份	页、doi
@book	作者/编辑、标题、出版商、年份	isbn、doi
@misc	作者、标题、年份	doi或url

任何缺失卷、页或doi的@article条目被视为不完整，必须增强。

步骤2：搜索缺失元数据

对于每个不完整条目，搜索缺失信息：

选项A — 按标题和作者搜索（最佳用于查找DOI）：

python scripts/parallel_web.py search \
  "第一作者 标题 期刊名称 卷 页 DOI" \
  -o sources/search_YYYYMMDD_HHMMSS_引用_引用键.md

选项B — 从DOI页面提取（最佳当DOI已知但卷/页缺失时）：

python scripts/parallel_web.py extract \
  "https://doi.org/10.XXXX/YYYY" \
  --objective "提取完整引用元数据：卷、期、页、出版日期" \
  -o sources/extract_YYYYMMDD_HHMMSS_doi_引用键.md

选项C — 直接搜索CrossRef API（程序化、快速）：

python scripts/parallel_web.py search \
  "crossref DOI 元数据 第一作者 标题" \
  -o sources/search_YYYYMMDD_HHMMSS_crossref_引用键.md

选项D — 搜索Google Scholar（用于难以找到的论文的后备方案）：

python scripts/parallel_web.py search \
  "google scholar 第一作者 标题 年份 完整引用" \
  -o sources/search_YYYYMMDD_HHMMSS_scholar_引用键.md

步骤3：更新BibTeX条目

找到缺失元数据后：

打开references.bib
向不完整条目添加缺失字段
验证找到的元数据与现有字段一致（相同作者、标题、年份）

记录每个修复：

[HH:MM:SS] 元数据已增强： [引用键] - 添加了 volume={X}, pages={Y--Z}, doi={10.XXX/YYY} ✅

步骤4：处理无法找到的元数据

如果元数据确实无法通过网络搜索找到（非常旧的论文、冷门会议等）：

向BibTeX条目添加note字段解释空白：

note = {卷和页不可用——仅在线出版}

记录例外：

[HH:MM:SS] 元数据不完整： [引用键] - 页不可用（仅在线出版） ⚠️

这些例外应罕见——大多数现代论文的完整元数据可通过网络搜索找到。

快速参考：常见缺失字段及查找方法

缺失字段	最佳搜索策略
DOI	通过parallel_web.py搜索“作者标题 DOI”
卷	从DOI页面提取或搜索“期刊年份标题卷”
页	从DOI页面提取或搜索出版商网站
期/号	从DOI页面提取或CrossRef
出版商	搜索“期刊出版商”或检查期刊网站

阶段3：BibTeX格式化

目标： 生成干净、正确格式化的BibTeX条目。

理解BibTeX条目类型

见references/bibtex_formatting.md获取完整指南。

常见条目类型：

@article：期刊文章（最常见）
@book：书籍
@inproceedings：会议论文
@incollection：书籍章节
@phdthesis：论文
@misc：预印本、软件、数据集

按类型必填字段：

@article{引用键,
  author  = {Last1, First1 and Last2, First2},
  title   = {文章标题},
  journal = {期刊名称},
  year    = {2024},
  volume  = {10},
  number  = {3},
  pages   = {123--145},
  doi     = {10.1234/example}
}

@inproceedings{引用键,
  author    = {Last, First},
  title     = {论文标题},
  booktitle = {会议名称},
  year      = {2024},
  pages     = {1--10}
}

@book{引用键,
  author    = {Last, First},
  title     = {书籍标题},
  publisher = {出版商名称},
  year      = {2024}
}

格式化和清理

使用格式化器标准化BibTeX文件：

# 格式化和清理BibTeX文件
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --output formatted_references.bib

# 按引用键排序条目
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --sort key \
  --output sorted_references.bib

# 按年份排序（最新优先）
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --sort year \
  --descending \
  --output sorted_references.bib

# 移除重复
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --deduplicate \
  --output clean_references.bib

# 验证并报告问题
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --validate \
  --report validation_report.txt

格式化操作：

标准化字段顺序
一致的缩进和间距
标题中正确大写（用{}保护）
标准化作者名称格式
一致的引用键格式
移除不必要字段
修复常见错误（缺失逗号、括号）

阶段4：引用验证

目标： 验证所有引用准确且完整。

全面验证

# 验证BibTeX文件
python scripts/validate_citations.py references.bib

# 验证并修复常见问题
python scripts/validate_citations.py references.bib \
  --auto-fix \
  --output validated_references.bib

# 生成详细验证报告
python scripts/validate_citations.py references.bib \
  --report validation_report.json \
  --verbose

验证检查（见references/citation_validation.md）：

DOI验证：
- DOI通过doi.org正确解析
- BibTeX和CrossRef之间的元数据匹配
- 无损坏或无效DOI
必填字段：
- 所有条目类型的必填字段存在
- 无空或缺失关键信息
- 作者名称正确格式化
数据一致性：
- 年份有效（4位数字，合理范围）
- 卷/期是数字
- 页格式正确（例如，123–145）
- URL可访问
重复检测：
- 相同DOI多次使用
- 相似标题（可能重复）
- 相同作者/年份/标题组合
格式合规：
- 有效BibTeX语法
- 正确括号和引号
- 引用键唯一
- 特殊字符正确处理

验证输出：

{
  "total_entries": 150,
  "valid_entries": 145,
  "errors": [
    {
      "citation_key": "Smith2023",
      "error_type": "missing_field",
      "field": "journal",
      "severity": "high"
    },
    {
      "citation_key": "Jones2022",
      "error_type": "invalid_doi",
      "doi": "10.1234/broken",
      "severity": "high"
    }
  ],
  "warnings": [
    {
      "citation_key": "Brown2021",
      "warning_type": "possible_duplicate",
      "duplicate_of": "Brown2021a",
      "severity": "medium"
    }
  ]
}

阶段5：与写作工作流集成

为稿件构建参考文献

创建参考文献的完整工作流：

# 1. 搜索主题论文
python scripts/search_pubmed.py \
  '"CRISPR-Cas系统"[MeSH] AND "基因编辑"[MeSH]' \
  --date-start 2020 \
  --limit 200 \
  --output crispr_papers.json

# 2. 从搜索结果提取DOI并转换为BibTeX
python scripts/extract_metadata.py \
  --input crispr_papers.json \
  --output crispr_refs.bib

# 3. 按DOI添加特定论文
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/nature12345 >> crispr_refs.bib
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1126/science.abcd1234 >> crispr_refs.bib

# 4. 格式化和清理BibTeX文件
python scripts/format_bibtex.py crispr_refs.bib \
  --deduplicate \
  --sort year \
  --descending \
  --output references.bib

# 5. 验证所有引用
python scripts/validate_citations.py references.bib \
  --auto-fix \
  --report validation.json \
  --output final_references.bib

# 6. 审查验证报告并修复任何剩余问题
cat validation.json

# 7. 在LaTeX文档中使用
# \bibliography{final_references}

与文献综述技能集成

此技能补充literature-review技能：

文献综述技能 → 系统化搜索和综合 引用管理技能 → 技术引用处理

组合工作流：

使用literature-review进行全面的多数据库搜索
使用citation-management提取和验证所有引用
使用literature-review按主题综合发现
使用citation-management验证最终参考文献准确性

# 完成文献综述后
# 验证综述文档中的所有引用
python scripts/validate_citations.py my_review_references.bib --report review_validation.json

# 如需特定引用风格，格式化
python scripts/format_bibtex.py my_review_references.bib \
  --style nature \
  --output formatted_refs.bib

搜索策略

Google Scholar最佳实践

查找重要和高影响力论文（关键）：

始终根据引用次数、期刊质量和作者声誉优先选择论文：

引用次数阈值：

论文年龄	引用次数	分类
0-3年	20+	值得注意
0-3年	100+	高度有影响力
3-7年	100+	重要
3-7年	500+	里程碑论文
7年以上	500+	重要工作
7年以上	1000+	基础性

期刊质量层级：

层级1（优选）： Nature、Science、Cell、NEJM、Lancet、JAMA、PNAS
层级2（高优先级）： 影响因子 >10，顶级会议（NeurIPS、ICML、ICLR）
层级3（好）： 专业期刊（影响因子5-10）
层级4（谨慎使用）： 低影响同行评审期刊

作者声誉指标：

h指数 >40的高级研究人员
在层级1期刊上有多次发表
在认可机构的领导职位
奖项和编辑职位

高影响力论文搜索策略：

按引用次数排序（最多引用优先）
从层级1期刊查找综述文章以概述
检查“引用”以评估影响和近期跟进工作
使用引用提醒跟踪关键论文的新引用
使用source:Nature或source:Science按顶级期刊过滤
使用author:LastName搜索已知领域领导者的论文

高级操作符（完整列表见references/google_scholar_search.md）：

"精确短语"           # 精确短语匹配
author:lastname          # 按作者搜索
intitle:keyword          # 仅标题搜索
source:journal           # 搜索特定期刊
-exclude                 # 排除术语
OR                       # 替代术语
2020..2024              # 年份范围

示例搜索：

# 查找主题近期综述
"CRISPR" intitle:review 2023..2024

# 查找特定作者主题论文
author:Church "合成生物学"

# 查找高引用基础性工作
"深度学习" 2012..2015 sort:citations

# 排除调查并专注于方法
"蛋白质折叠" -survey -review intitle:method

PubMed最佳实践

使用MeSH术语： MeSH（医学主题词）提供精确搜索的受控词汇。

查找MeSH术语 在 https://meshb.nlm.nih.gov/search
在查询中使用： "2型糖尿病"[MeSH]
与关键词结合 以实现全面覆盖

字段标签：

[标题]              # 仅标题搜索
[标题/摘要]     # 在标题或摘要中搜索
[作者]             # 按作者姓名搜索
[期刊]            # 搜索特定期刊
[出版日期]   # 日期范围
[出版物类型]   # 文章类型
[MeSH]              # MeSH术语

构建复杂查询：

# 近期发表的糖尿病治疗临床试验
"2型糖尿病"[MeSH] AND "药物治疗"[MeSH] 
AND "临床试验"[出版物类型] AND 2020:2024[出版日期]

# 特定期刊中CRISPR综述
"CRISPR-Cas系统"[MeSH] AND "Nature"[期刊] AND "综述"[出版物类型]

# 特定作者近期工作
"Smith AB"[作者] AND 癌症[标题/摘要] AND 2022:2024[出版日期]

自动化E-utilities： 脚本使用NCBI E-utilities API进行程序化访问：

ESearch： 搜索并检索PMID
EFetch： 检索完整元数据
ESummary： 获取摘要信息
ELink： 查找相关文章

见references/pubmed_search.md获取完整API文档。

工具和脚本

search_google_scholar.py

搜索Google Scholar并导出结果。

功能：

带速率限制的自动化搜索
分页支持
年份范围过滤
导出为JSON或BibTeX
引用次数信息

用法：

# 基本搜索
python scripts/search_google_scholar.py "量子计算"

# 带过滤器的高级搜索
python scripts/search_google_scholar.py "量子计算" \
  --year-start 2020 \
  --year-end 2024 \
  --limit 100 \
  --sort-by citations \
  --output quantum_papers.json

# 直接导出为BibTeX
python scripts/search_google_scholar.py "机器学习" \
  --limit 50 \
  --format bibtex \
  --output ml_papers.bib

search_pubmed.py

使用E-utilities API搜索PubMed。

功能：

复杂查询支持（MeSH、字段标签、布尔）
日期范围过滤
出版物类型过滤
带元数据的批量检索
导出为JSON或BibTeX

用法：

# 简单关键词搜索
python scripts/search_pubmed.py "CRISPR基因编辑"

# 带过滤器的复杂查询
python scripts/search_pubmed.py \
  --query '"CRISPR-Cas系统"[MeSH] AND "治疗性"[标题/摘要]' \
  --date-start 2020-01-01 \
  --date-end 2024-12-31 \
  --publication-types "临床试验,综述" \
  --limit 200 \
  --output crispr_therapeutic.json

# 导出为BibTeX
python scripts/search_pubmed.py "阿尔茨海默病" \
  --limit 100 \
  --format bibtex \
  --output alzheimers.bib

extract_metadata.py

从论文标识符提取完整元数据。

功能：

支持DOI、PMID、arXiv ID、URL
查询CrossRef、PubMed、arXiv API
处理多种标识符类型
批量处理
多输出格式

用法：

# 单个DOI
python scripts/extract_metadata.py --doi 10.1038/s41586-021-03819-2

# 单个PMID
python scripts/extract_metadata.py --pmid 34265844

# 单个arXiv ID
python scripts/extract_metadata.py --arxiv 2103.14030

# 从URL
python scripts/extract_metadata.py \
  --url "https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2"

# 批量处理（每行一个标识符的文件）
python scripts/extract_metadata.py \
  --input paper_ids.txt \
  --output references.bib

# 不同输出格式
python scripts/extract_metadata.py \
  --doi 10.1038/nature12345 \
  --format json  # 或 bibtex, yaml

validate_citations.py

验证BibTeX条目的准确性和完整性。

功能：

通过doi.org和CrossRef验证DOI
必填字段检查
重复检测
格式验证
自动修复常见问题
详细报告

用法：

# 基本验证
python scripts/validate_citations.py references.bib

# 带自动修复
python scripts/validate_citations.py references.bib \
  --auto-fix \
  --output fixed_references.bib

# 详细验证报告
python scripts/validate_citations.py references.bib \
  --report validation_report.json \
  --verbose

# 仅检查DOI
python scripts/validate_citations.py references.bib \
  --check-dois-only

format_bibtex.py

格式化和清理BibTeX文件。

功能：

标准化格式化
排序条目（按键、年份、作者）
移除重复
验证语法
修复常见错误
强制执行引用键约定

用法：

# 基本格式化
python scripts/format_bibtex.py references.bib

# 按年份排序（最新优先）
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --sort year \
  --descending \
  --output sorted_refs.bib

# 移除重复
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --deduplicate \
  --output clean_refs.bib

# 完整清理
python scripts/format_bibtex.py references.bib \
  --deduplicate \
  --sort year \
  --validate \
  --auto-fix \
  --output final_refs.bib

doi_to_bibtex.py

快速DOI到BibTeX转换。

功能：

快速单个DOI转换
批量处理
多输出格式
剪贴板支持

用法：

# 单个DOI
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/s41586-021-03819-2

# 多个DOI
python scripts/doi_to_bibtex.py \
  10.1038/nature12345 \
  10.1126/science.abc1234 \
  10.1016/j.cell.2023.01.001

# 从文件（每行一个DOI）
python scripts/doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib

# 复制到剪贴板
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/nature12345 --clipboard

最佳实践

搜索策略

从宽泛开始，然后缩小：
- 从通用术语开始以了解领域
- 使用具体关键词和过滤器细化
- 使用同义词和相关术语
使用多个来源：
- Google Scholar用于全面覆盖
- PubMed用于生物医学重点
- arXiv用于预印本
- 结合结果以实现完整性
利用引用：
- 检查“引用”以查找重要论文
- 审查关键论文的参考文献
- 使用引用网络发现相关工作
记录您的搜索：
- 保存搜索查询和日期
- 记录结果数量
- 注意应用的任何过滤器或限制

元数据提取

始终使用DOI（如果可用）：
- 最可靠的标识符
- 到出版物的永久链接
- 通过CrossRef的最佳元数据来源
验证提取的元数据：
- 检查作者姓名是否正确
- 验证期刊/会议名称
- 确认出版年份
- 验证页数和卷
处理边缘情况：
- 预印本：包括存储库和ID
- 预印本后出版：使用出版版本
- 会议论文：包括会议名称和地点
- 书籍章节：包括书名和编辑
保持一致性：
- 使用一致的作者姓名格式
- 标准化期刊缩写
- 使用相同DOI格式（推荐URL）

BibTeX质量

遵循约定：
- 使用有意义的引用键（FirstAuthor2024关键词）
- 用{}保护标题中的大写
- 使用–表示页范围（非单破折号）
- 为所有现代出版物包含DOI字段
保持清洁：
- 移除不必要字段
- 无冗余信息
- 一致的格式化
- 定期验证语法
系统化组织：
- 按年份或主题排序
- 分组相关论文
- 为不同项目使用单独文件
- 小心合并以避免重复

验证

早期并经常验证：
- 添加时检查引用
- 在提交前验证完整参考文献列表
- 任何手动编辑后重新验证
及时修复问题：
- 损坏DOI：查找正确标识符
- 缺失字段：从原始来源提取
- 重复：选择最佳版本，移除其他
- 格式错误：安全时使用自动修复
关键引用的手动审查：
- 验证关键论文引用正确
- 检查作者姓名与出版物匹配
- 确认页数和卷
- 确保URL是最新的

常见陷阱避免

单一来源偏见： 仅使用Google Scholar或PubMed
- 解决方案： 搜索多个数据库以实现全面覆盖
盲目接受元数据： 不验证提取信息
- 解决方案： 对照原始来源抽查提取的元数据
忽略DOI错误： 参考文献列表中损坏或不正确DOI
- 解决方案： 在最终提交前运行验证
不一致的格式化： 混合引用键风格、格式化
- 解决方案： 使用format_bibtex.py标准化
重复条目： 同一论文以不同键引用多次
- 解决方案： 在验证中使用重复检测
缺失必填字段： 不完整BibTeX条目（缺失卷、页、DOI）
- 解决方案： 运行阶段2.5元数据增强——在继续前通过网络搜索查找每个缺失字段。切勿留下没有卷、页和DOI的@article条目。
过时预印本： 引用预印本当出版版本存在时
- 解决方案： 检查预印本是否已出版，更新为期刊版本
特殊字符问题： 由于字符导致LaTeX编译损坏
- 解决方案： 在BibTeX中使用正确转义或Unicode
提交前无验证： 提交时带引用错误
- 解决方案： 始终将验证作为最终检查运行
手动BibTeX条目： 手工键入条目
- 解决方案： 始终使用脚本从元数据源提取

示例工作流

示例1：为论文构建参考文献列表

# 步骤1：查找主题关键论文
python scripts/search_google_scholar.py "transformer神经网络" \
  --year-start 2017 \
  --limit 50 \
  --output transformers_gs.json

python scripts/search_pubmed.py "深度学习医学成像" \
  --date-start 2020 \
  --limit 50 \
  --output medical_dl_pm.json

# 步骤2：从搜索结果提取元数据
python scripts/extract_metadata.py \
  --input transformers_gs.json \
  --output transformers.bib

python scripts/extract_metadata.py \
  --input medical_dl_pm.json \
  --output medical.bib

# 步骤3：添加您已知的特定论文
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/s41586-021-03819-2 >> specific.bib
python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1126/science.aam9317 >> specific.bib

# 步骤4：合并所有BibTeX文件
cat transformers.bib medical.bib specific.bib > combined.bib

# 步骤5：格式化和去重
python scripts/format_bibtex.py combined.bib \
  --deduplicate \
  --sort year \
  --descending \
  --output formatted.bib

# 步骤6：验证
python scripts/validate_citations.py formatted.bib \
  --auto-fix \
  --report validation.json \
  --output final_references.bib

# 步骤7：审查任何问题
cat validation.json | grep -A 3 '"errors"'

# 步骤8：在LaTeX中使用
# \bibliography{final_references}

示例2：转换DOI列表

# 您有一个包含DOI的文本文件（每行一个）
# dois.txt 包含：
# 10.1038/s41586-021-03819-2
# 10.1126/science.aam9317
# 10.1016/j.cell.2023.01.001

# 全部转换为BibTeX
python scripts/doi_to_bibtex.py --input dois.txt --output references.bib

# 验证结果
python scripts/validate_citations.py references.bib --verbose

示例3：清理现有BibTeX文件

# 您有一个来自各种来源的杂乱BibTeX文件
# 系统化清理

# 步骤1：格式化和标准化
python scripts/format_bibtex.py messy_references.bib \
  --output step1_formatted.bib

# 步骤2：移除重复
python scripts/format_bibtex.py step1_formatted.bib \
  --deduplicate \
  --output step2_deduplicated.bib

# 步骤3：验证和自动修复
python scripts/validate_citations.py step2_deduplicated.bib \
  --auto-fix \
  --output step3_validated.bib

# 步骤4：按年份排序
python scripts/format_bibtex.py step3_validated.bib \
  --sort year \
  --descending \
  --output clean_references.bib

# 步骤5：最终验证报告
python scripts/validate_citations.py clean_references.bib \
  --report final_validation.json \
  --verbose

# 审查报告
cat final_validation.json

示例4：查找和引用重要论文

# 查找主题高引用论文
python scripts/search_google_scholar.py "AlphaFold蛋白质结构" \
  --year-start 2020 \
  --year-end 2024 \
  --sort-by citations \
  --limit 20 \
  --output alphafold_seminal.json

# 提取按引用次数前10名
# （脚本将在JSON中包含引用次数）

# 转换为BibTeX
python scripts/extract_metadata.py \
  --input alphafold_seminal.json \
  --output alphafold_refs.bib

# BibTeX文件现在包含最有影响力的论文

与其他技能集成

文献综述技能

引用管理 为 文献综述 提供技术基础设施：

文献综述： 多数据库系统化搜索和综合
引用管理： 元数据提取和验证

组合工作流：

使用文献综述进行系统化搜索方法
使用引用管理提取和验证引用
使用文献综述综合发现
使用引用管理确保参考文献准确性

科学写作技能

引用管理 确保 科学写作 的准确引用：

导出验证的BibTeX供LaTeX稿件使用
验证引用符合出版标准
按期刊要求格式化参考文献

期刊模板技能

引用管理 与 期刊模板 配合，用于提交就绪稿件：

不同期刊要求不同引用风格
生成正确格式的参考文献
验证引用满足期刊要求

资源

捆绑资源

参考文献（在references/中）：

google_scholar_search.md：完整Google Scholar搜索指南
pubmed_search.md：PubMed和E-utilities API文档
metadata_extraction.md：元数据源和字段要求
citation_validation.md：验证标准和质量检查
bibtex_formatting.md：BibTeX条目类型和格式化规则

脚本（在scripts/中）：

search_google_scholar.py：Google Scholar搜索自动化
search_pubmed.py：PubMed E-utilities API客户端
extract_metadata.py：通用元数据提取器
validate_citations.py：引用验证和核查
format_bibtex.py：BibTeX格式化器和清理器
doi_to_bibtex.py：快速DOI到BibTeX转换器

资产（在assets/中）：

bibtex_template.bib：所有类型的示例BibTeX条目
citation_checklist.md：质量保证检查列表

外部资源

搜索引擎：

Google Scholar：https://scholar.google.com/
PubMed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
PubMed高级搜索：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/

元数据API：

CrossRef API：https://api.crossref.org/
PubMed E-utilities：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
arXiv API：https://arxiv.org/help/api/
DataCite API：https://api.datacite.org/

工具和验证器：

MeSH浏览器：https://meshb.nlm.nih.gov/search
DOI解析器：https://doi.org/
BibTeX格式：http://www.bibtex.org/Format/

引用风格：

BibTeX文档：http://www.bibtex.org/
LaTeX参考文献管理：https://www.overleaf.com/learn/latex/Bibliography_management

依赖项

必需Python包

# 核心依赖项
pip install requests  # API的HTTP请求
pip install bibtexparser  # BibTeX解析和格式化
pip install biopython  # PubMed E-utilities访问

# 可选（用于Google Scholar）
pip install scholarly  # Google Scholar API包装器
# 或
pip install selenium  # 更强大的Scholar爬取

可选工具

# 用于高级验证
pip install crossref-commons  # 增强的CrossRef API访问
pip install pylatexenc  # LaTeX特殊字符处理

总结

引用管理技能提供：

全面的搜索能力 用于Google Scholar和PubMed
自动化的元数据提取 从DOI、PMID、arXiv ID、URL
引用验证 带DOI验证和完整性检查
BibTeX格式化 带标准化和清理工具
质量保证 通过验证和报告
集成与科学写作工作流
可重复性 通过记录的搜索和提取方法

使用此技能以在整个研究中维护准确、完整的引用，并确保出版物就绪的参考文献列表。