| 名称 | 系统发育树构建器 描述: 用于构建进化树和评估亲缘关系的系统发育分析技能 允许使用的工具: - 读取 - 写入 - 全局搜索 - 文本搜索 - 编辑 - 网络获取 - 网络搜索 - Bash 元数据: 版本: “1.0” 类别: 生物信息学 标签: - 序列分析 - 系统发育学 - 进化 - 进化树 |
系统发育树构建器技能
目的
实现系统发育分析，用于构建进化树、进行多序列比对和评估亲缘关系。
功能
- 多序列比对（MUSCLE、MAFFT）
- 最大似然树构建
- 贝叶斯系统发育推断
- 自举支持率计算
- 进化树可视化和注释
- 分子钟分析
使用指南
- 构建进化树前先进行序列比对
- 选择合适的替换模型
- 计算自举支持率以评估分支置信度
- 使用有意义的注释可视化进化树
- 适当时考虑分子钟约束
- 记录方法和参数
依赖项
- RAxML-NG
- IQ-TREE
- MrBayes
- MAFFT
- MUSCLE
- FigTree
流程集成
- 16S rRNA微生物组分析（16s-microbiome-analysis）
- 鸟枪法宏基因组学流程（shotgun-metagenomics）
- 全基因组测序流程（wgs-analysis-pipeline）