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name: 系统发育树构建器 描述: 用于构建进化树和评估亲缘关系的系统发育分析技能 允许使用的工具:

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• Bash 元数据: 版本: “1.0” 类别: 生物信息学 标签:
  • 序列分析
  • 系统发育学
  • 进化
  • 进化树

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系统发育树构建器技能

目的

实现系统发育分析，用于构建进化树、进行多序列比对和评估亲缘关系。

功能

• 多序列比对（MUSCLE、MAFFT）
• 最大似然树构建
• 贝叶斯系统发育推断
• 自举支持率计算
• 进化树可视化和注释
• 分子钟分析

使用指南

• 构建进化树前先进行序列比对
• 选择合适的替换模型
• 计算自举支持率以评估分支置信度
• 使用有意义的注释可视化进化树
• 适当时考虑分子钟约束
• 记录方法和参数

依赖项

• RAxML-NG
• IQ-TREE
• MrBayes
• MAFFT
• MUSCLE
• FigTree

流程集成

• 16S rRNA微生物组分析（16s-microbiome-analysis）
• 鸟枪法宏基因组学流程（shotgun-metagenomics）
• 全基因组测序流程（wgs-analysis-pipeline）