| 名称 | gromacs-md-executor |
| 描述 | 用于纳米颗粒-生物分子相互作用模拟的GROMACS分子动力学技能 allowed-tools: - Read - Write - Glob - Grep - Bash metadata: specialization: 纳米技术 domain: 科学 category: 计算 priority: medium phase: 6 tools-libraries: - GROMACS - gmx_MMPBSA - MDAnalysis |
GROMACS分子动力学执行器
目的
GROMACS分子动力学执行器技能提供专门用于纳米颗粒-生物分子相互作用的分子动力学模拟能力，可用于研究药物递送系统、蛋白质-表面相互作用和膜穿透过程。
能力
- 纳米颗粒-蛋白质模拟
- 膜-纳米颗粒相互作用
- 粗粒化建模（Martini）
- 自由能计算
- 增强采样方法
- 轨迹分析与可视化
使用指南
生物-纳米分子动力学工作流
-
系统准备
- 参数化纳米颗粒
- 溶剂化系统
- 添加离子以中和电荷
-
平衡
- 能量最小化
- NVT平衡
- NPT平衡
-
生产与分析
- 运行适当的采样
- 计算结合能
- 分析相互作用
流程集成
- 分子动力学模拟工作流
- 纳米颗粒药物递送系统开发
输入模式
{
"nanoparticle_file": "string",
"biomolecule_file": "string",
"force_field": "CHARMM36|AMBER|Martini",
"simulation_type": "binding|membrane|protein_corona",
"temperature": "number (K)",
"simulation_time": "number (ns)"
}
输出模式
{
"binding_energy": "number (kJ/mol)",
"contact_residues": ["string"],
"rmsd": "number (nm)",
"interaction_analysis": {
"hydrogen_bonds": "number",
"hydrophobic_contacts": "number"
},
"trajectory_file": "string"
}