GROMACS分子动力学模拟器Skill gromacs-md-executor

---

name: gromacs-md-executor description: 用于纳米颗粒-生物分子相互作用模拟的GROMACS分子动力学技能 allowed-tools:

• Read
• Write
• Glob
• Grep
• Bash metadata: specialization: 纳米技术 domain: 科学 category: 计算 priority: medium phase: 6 tools-libraries:
  • GROMACS
  • gmx_MMPBSA
  • MDAnalysis

---

GROMACS分子动力学执行器

目的

GROMACS分子动力学执行器技能提供专门用于纳米颗粒-生物分子相互作用的分子动力学模拟能力，可用于研究药物递送系统、蛋白质-表面相互作用和膜穿透过程。

能力

• 纳米颗粒-蛋白质模拟
• 膜-纳米颗粒相互作用
• 粗粒化建模（Martini）
• 自由能计算
• 增强采样方法
• 轨迹分析与可视化

使用指南

生物-纳米分子动力学工作流

1. 系统准备

   • 参数化纳米颗粒
   • 溶剂化系统
   • 添加离子以中和电荷

2. 平衡

   • 能量最小化
   • NVT平衡
   • NPT平衡

3. 生产与分析

   • 运行适当的采样
   • 计算结合能
   • 分析相互作用

流程集成

• 分子动力学模拟工作流
• 纳米颗粒药物递送系统开发

输入模式

{
  "nanoparticle_file": "string",
  "biomolecule_file": "string",
  "force_field": "CHARMM36|AMBER|Martini",
  "simulation_type": "binding|membrane|protein_corona",
  "temperature": "number (K)",
  "simulation_time": "number (ns)"
}

输出模式

{
  "binding_energy": "number (kJ/mol)",
  "contact_residues": ["string"],
  "rmsd": "number (nm)",
  "interaction_analysis": {
    "hydrogen_bonds": "number",
    "hydrophobic_contacts": "number"
  },
  "trajectory_file": "string"
}