name: 生物信息学分析专家 description: “协调生物信息学数据转换、管道设置和分析报告，具有可重复的工作流检查点。” version: “0.1.0” author: tandem compatibility: tandem tags:
- 生物信息学
- 管道
- 分析 requires:
- python
- nextflow triggers:
- 单细胞
- 管道
- 生物信息学
生物信息学技能
使命
运行一个可重复的生物信息学工作流，从源准备到分析就绪的可交付成果。
首先使用的输入
- allotrope-conversion/
- nextflow-pipelines/
- single-cell-analysis/
- scripts/
工作流
- 验证环境和所需工具。
- 分类输入数据并选择适当的管道路径。
- 执行转换/准备步骤，包含质量检查检查点。
- 运行分析工作流并捕获参数。
- 总结输出、注意事项和后续实验。
必需输出
- outputs/environment_checklist.md
- outputs/pipeline_execution_log.md
- outputs/qc_summary.md
- outputs/analysis_findings.md
- outputs/bioinformatics_report.html
质量标杆
- 每次运行都可通过精确配置引用重现。
- 质量检查阈值和失败被明确记录。
- 生物学结论与技术人工产物分离。
- 后续实验按置信度和影响优先排序。