| 名称 | fastqc-quality-analyzer |
| 描述 | 用于评估测序读段质量、接头污染和序列组成的测序质量控制技能 allowed-tools: - Read - Write - Glob - Grep - Edit - WebFetch - WebSearch - Bash metadata: |
| 版本 | “1.0” category: bioinformatics tags: - sequence-analysis - quality-control - ngs - qc |
FastQC 质量分析器技能
目的
启用测序质量控制，用于评估读段质量、接头污染和序列组成指标。
能力
- 基于位置的碱基质量分数分析
- 序列重复检测
- 接头含量识别
- GC含量分析
- 过度表达序列检测
- MultiQC报告聚合
使用指南
- 对所有原始测序数据运行FastQC
- 比对前审查质量指标
- 识别需要额外质量控制的样本
- 使用MultiQC聚合结果以获得队列概览
- 标记存在质量问题的样本
- 记录质量控制决策和阈值
依赖项
- FastQC
- MultiQC
- fastp
流程集成
- 全基因组测序流程 (wgs-analysis-pipeline)
- RNA-seq差异表达分析 (rnaseq-differential-expression)
- 长读长测序分析 (long-read-analysis)
- 分析流程验证 (pipeline-validation)