| 名称 | nextflow-pipeline-executor |
| 描述 | 用于可重复生物信息学管道的Nextflow工作流管理技能 allowed-tools: - 读取 - 写入 - 全局匹配 - 文本搜索 - 编辑 - 网络获取 - 网络搜索 - Bash metadata: |
| 版本 | “1.0” category: 生物信息学 tags: - 基础设施 - 工作流 - nextflow - 可重复性 |
Nextflow管道执行器技能
目的
为可重复的生物信息学管道提供Nextflow工作流管理。
能力
- DSL2工作流执行
- 容器集成（Docker/Singularity）
- 云执行（AWS、GCP、Azure）
- 管道参数化
- 恢复和缓存
- 执行报告和时间线
使用指南
- 使用DSL2构建模块化管道
- 容器化进程以确保可重复性
- 针对目标执行环境进行配置
- 启用恢复功能以实现容错
- 生成执行报告
- 记录管道版本
依赖项
- Nextflow
- nf-core
- Snakemake
流程集成
- 可重复研究工作流（reproducible-research）
- 分析管道验证（pipeline-validation）
- 所有分析管道