name: 科学写作 description: | 全面的科学写作指南，用于研究论文、资助提案和技术文档。涵盖论文结构（IMRAD）、方法写作、结果呈现、图表设计、引用格式、摘要写作和修订回复。适用于用户撰写科学论文、格式化手稿、回复审稿人、撰写资助提案或需要帮助科学沟通的任何方面。触发词包括“写论文”、“科学写作”、“格式化我的手稿”、“方法部分”、“回复审稿人”或任何研究写作任务。 allowed-tools: “*”

科学写作

为撰写研究论文、资助提案和科学沟通提供系统性指导，强调清晰度、可重复性和遵循领域惯例。

** 科学写作工作流程

*** 1. 确定文档类型和要求

确定您要写什么：

研究文章 → 包含新发现的完整论文
综述文章 → 现有文献的综合
资助提案 → 资金申请
会议摘要 → 简要独立总结
修订回复 → 回复同行审稿人
技术报告 → 工作文档

收集场地要求：

目标期刊/会议/资助者名称
各部分的字数/页数限制
所需引用风格
图表格式规范
提交指南和模板

*** 2. 选择结构和指导路线

对于研究文章：

使用IMRAD结构（见参考资料/论文结构.md）
引言：参考资料/引言写作.md
方法：参考资料/方法写作.md
结果：参考资料/结果写作.md
讨论：参考资料/讨论写作.md
摘要：参考资料/摘要写作.md

对于综述文章：

见参考资料/综述写作.md以进行主题组织
侧重于综合，而非按时间顺序列表
对文献进行批判性评估

对于资助提案：

见参考资料/资助写作.md以获取资助者特定指导
特定目标结构
重要性、创新性、方法

对于修订回复：

见参考资料/修订回复.md以获取逐点格式
使用外交语言并跟踪更改

*** 3. 按部分撰写

遵循部分特定指导：

引言（参考资料/引言写作.md）

漏斗结构：广泛 → 狭窄 → 空白 → 目标
建立背景和重要性
识别知识空白
陈述清晰目标

方法（参考资料/方法写作.md）

可重复性至关重要
包括所有基本细节：设备、试剂、软件、统计
按时间顺序或子系统组织
过去时态，适合领域的语态

结果（参考资料/结果写作.md）

客观报告观察
无解释（留给讨论）
整合图表
包括统计细节
过去时态

讨论（参考资料/讨论写作.md）

在背景下解释发现
与文献比较
诚实承认局限性
讨论影响和未来工作
混合现在（事实）和过去（您的结果）时态

*** 4. 创建图表

图表（参考资料/图表设计.md）

根据数据类型匹配图表类型
出版质量：300+ DPI、可读字体、尽可能矢量
完整标题，包含所有基本信息
色盲友好调色板

表格（参考资料/表格设计.md）

需要精确值时使用
清晰表头带单位
一致的小数位数
描述性标题

工具： #+begin_src bash

生成出版质量图表

python scripts/figure_generator.py data.csv config.yaml --output fig1.pdf

为期刊格式化表格

python scripts/table_formatter.py data.csv --format latex --journal nature #+end_src

*** 5. 管理引用和参考文献

引用格式（参考资料/引用管理.md）

匹配期刊所需风格：
- 编号：[1]、[2,3]、[1-5]
- 作者-年份：(Smith, 2020; Jones, 2021)
- 作者-编号：Smith (1)
检查所有文本内引用都有参考文献
检查所有参考文献都被引用
整个文档格式一致

工具： #+begin_src bash

验证引用一致性

python scripts/citation_checker.py manuscript.docx --style apa #+end_src

*** 6. 提高清晰度和简洁性

语言清晰度（参考资料/语言清晰度.md）

首选主动语态（领域规范不同）
简洁：删除填充词和冗余
精确：避免模糊术语（“非常”、“相当”、“许多”）
每个句子一个主要想法
逻辑段落流程

工具： #+begin_src bash

分析可读性

python scripts/readability_analyzer.py section.txt

按部分计数单词

python scripts/word_counter.py manuscript.docx #+end_src

*** 7. 根据要求审查

提交前检查清单：

[ ] 各部分字数限制符合
[ ] 所有图表在文本中被引用
[ ] 所有引用格式一致
[ ] 统计细节完整
[ ] 方法可重复
[ ] 局限性被讨论
[ ] 摘要在字数限制内
[ ] 关键词选择
[ ] 作者贡献声明
[ ] 利益冲突披露
[ ] 数据可用性声明
[ ] 伦理批准包括

** 文档类型路由

*** 研究文章 → IMRAD结构

结构概述（参考资料/论文结构.md）

IMRAD部分：

/引/言：背景、空白、目标
/方/法：可重复的实验细节
/结/果：带数据的客观观察
/和
/讨/论：解释、影响、局限性

内容归属：

引言：为什么这项工作重要、未知内容、您将做什么
方法：您如何做（足够细节以重复）
结果：您发现了什么（观察，而非解释）
讨论：它意味着什么、如何契合、下一步是什么

常见错误避免：

❌ 在结果部分解释
❌ 在讨论部分引入新结果
❌ 方法分散在结果中
❌ 引言中缺失空白识别
❌ 忽略局限性

*** 综述文章 → 主题组织

见参考资料/综述写作.md

类型：

叙述性综述：广泛概述
系统性综述：结构化搜索（PRISMA）
荟萃分析：定量综合

关键原则：

主题综合，非按时间顺序
批判性评估，而非仅仅总结
识别模式、空白、争议
未来方向

*** 资助提案 → 资助者特定结构

见参考资料/资助写作.md

常见元素：

特定目标（1页）：清晰、可测试目标
重要性：为什么重要、当前知识、影响
创新性：方法的创新之处
方法：方法、时间表、陷阱、替代方案
初步数据：可行性证明

审查标准对齐：

明确满足所有标准
使用匹配标准的标题
让审稿人的工作变得容易

*** 修订回复 → 逐点回复

见参考资料/修订回复.md

结构：

感谢审稿人
主要更改摘要
带行号的逐点回复
在手稿中跟踪更改

回复策略：

同意并遵守：描述所做更改
同意但无法遵守：解释原因，提供替代方案
不同意：以外交方式提供证据

** 部分特定指导

*** 引言写作

见参考资料/引言写作.md

漏斗结构：

广泛背景（为什么一般主题重要）
狭窄到具体问题领域
识别知识空白
陈述本工作目标
简要方法概述（可选）

长度：通常1-3页

时态：现在时用于已确定事实，过去时用于先前研究

*** 方法写作

见参考资料/方法写作.md

可重复性检查清单：

设备：制造商、型号、规格
试剂：来源、目录号、浓度
软件：名称、版本、参数
带校正的统计测试
样本量理由
伦理批准

组织：

按时间顺序（当顺序重要时）
按子系统（复杂系统）
按测量类型（多种检测）

细节水平：

标准程序：简要 + 引用
新程序：完整细节
修改程序：突出更改

*** 结果写作

见参考资料/结果写作.md

客观性原则：

报告观察，而非解释
“数据显示”而非“数据证明”
诚实地呈现负面结果
将解释留给讨论

统计报告：

检验统计量、自由度、精确p值
效应大小和置信区间
多重比较校正
变异性度量（标准差、标准误、置信区间）

图表整合：

在文本中引用每个图表
描述每个的关键发现
不要只说“见图X”

*** 讨论写作

见参考资料/讨论写作.md

结构：

重述主要发现（简要）
在文献背景下解释
与先前工作比较
解释意外发现
承认局限性
讨论影响
建议未来方向

局限性：

诚实但不过分贬低
解释局限性的影响
建议如何解决
不要引入不相关局限性

*** 摘要写作

见参考资料/摘要写作.md

基本元素：

背景（1-2句）
目标
方法（简要方法）
结果（带数据的关键发现）
结论（重要性）

字数限制策略：

典型：150-300字
优先结果和结论
删除修饰语
谨慎定义缩写
无引用（通常）

自包含要求：

无需阅读论文即可理解
包括实际数据，而不仅仅是“显著”

** 通用科学写作原则

*** 1. 清晰度胜过复杂性

当意义相同时，简单词汇优于复杂词汇
偏好短句
每个句子一个想法
可能时使用主动语态（领域规范不同）
定义专业术语

*** 2. 语言精确性

具体数字优于模糊术语
“大约50%”而非“许多”
区分“显著”（统计）与“重要”
明确因果与相关
避免过度修饰（“相对地”、“相当地”、“非常”）

*** 3. 报告客观性

分离观察（结果）与解释（讨论）
诚实地呈现负面结果
承认矛盾证据
不要夸大结论
适当的确定性水平

*** 4. 方法可重复性

包括所需所有信息以重复
设备规格
确切浓度和条件
统计方法完全描述
软件版本和参数
代码可用性（当适用时）

*** 5. 论证逻辑流程

每个部分建立在先前基础上
想法间清晰过渡
整个文档连贯叙事
引言为讨论铺平道路
讨论回答引言的问题

*** 6. 适合受众的细节水平

假设受众具有领域背景
首次使用时定义专业术语
在过多和过少细节间平衡
不要解释基本概念
解释新技术或应用

** 时态和语态使用指南

*** 按部分时态

引言：

现在时：已确定事实（“DNA由…组成”）
过去时：先前研究（“Smith等人显示…”）
现在时：您的目标（“本研究调查…”）

方法：

过去时：您做了什么（“细胞被培养…”）
过去时：（“我们培养了细胞…”）

结果：

过去时：您的发现（“表达增加…”）
过去时：（“我们观察到表达增加…”）

讨论：

过去时：您的结果（“我们的数据显示…”）
现在时：已确定事实（“这个基因调控…”）
现在时：解释（“这些结果暗示…”）

结论：

现在时：一般结论（“这个方法提供…”）

*** 按领域语态

生物学/医学：

方法中更多被动语态可接受
其他部分主动或被动均可

工程学/计算机科学：

整个文档偏好主动语态
“我们设计了…”而非“设计被创建…”

物理学/化学：

因期刊和作者偏好而异
如果一致，均可接受

** 快速参考 - 常见问题

结果与讨论：将观察保留在结果中，解释在讨论中

引用一致性：整个文档使用一种风格（编号[1]或作者-年份）

图表引用：在文本中引用所有图表并描述发现，而不仅仅是“见图X”

统计报告：包括检验统计量、自由度、精确p值、效应大小、变异性度量

方法细节：包括制造商、目录号、浓度以实现可重复性

局限性：诚实但不过分贬低；解释影响，建议解决方案

见个别参考文件以获取详细示例和指导。

** 工具和实用程序

*** 引用检查器

#+begin_src bash python scripts/citation_checker.py manuscript.docx --style apa #+end_src

验证文本内和参考文献列表之间的引用一致性。

*** 图表生成器

#+begin_src bash python scripts/figure_generator.py data.csv config.yaml --output fig1.pdf #+end_src

从数据创建出版质量图表。

*** 单词计数器

#+begin_src bash python scripts/word_counter.py manuscript.docx #+end_src

按部分计数单词以符合长度要求。

*** 可读性分析器

#+begin_src bash python scripts/readability_analyzer.py section.txt #+end_src

分析文本复杂性并建议改进。

*** 表格格式化器

#+begin_src bash python scripts/table_formatter.py data.csv --format latex --journal nature #+end_src

为特定期刊格式化表格。

** 模板

访问常见文档类型模板：

assets/templates/manuscript_template.docx - 通用手稿
assets/templates/imrad_template.md - IMRAD结构
assets/templates/grant_aims_template.docx - NIH特定目标
assets/templates/response_letter_template.docx - 修订回复
assets/templates/abstract_template.txt - 结构化摘要
assets/templates/methods_checklist.md - 可重复性检查清单

** 风格指南

期刊特定快速参考：

assets/style-guides/apa_guide.md - APA风格
assets/style-guides/nature_guide.md - Nature要求
assets/style-guides/science_guide.md - Science要求
assets/style-guides/cell_guide.md - Cell要求
assets/style-guides/plos_guide.md - PLOS要求
assets/style-guides/nih_guide.md - NIH资助指南
assets/style-guides/nsf_guide.md - NSF资助指南