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元分析手稿汇编Skill meta-manuscript-assembly

这个技能专为研究人员设计，用于汇编元分析手稿，包括创建表格、组装图形和管理参考文献，确保符合高影响因子期刊的提交要求。关键词：元分析、手稿汇编、表格生成、图形设计、参考文献管理、期刊投稿、系统综述、论文写作、数据分析。

论文写作 0 次安装 0 次浏览 更新于 3/12/2026

名称: 元分析手稿汇编 描述: 汇编可出版的元分析手稿，包括表格、图形和参考文献。在完成系统综述/元分析手稿以提交期刊时使用。 上下文: fork 代理: 通用目的

元分析手稿汇编

通过创建可出版的表格、图形和参考文献，完成系统综述和元分析手稿以提交期刊。

何时使用

  • 在分析完成后完成元分析手稿
  • 从元分析结果创建表格
  • 从森林图/漏斗图组装多面板图形
  • 为系统综述生成BibTeX参考文献
  • 为高影响因子期刊（如Lancet、JAMA、NEJM）格式化手稿

前提条件

在使用此技能之前，确保您有：

  • 已完成元分析并具有结果表格（CSV格式）
  • 生成单个图形（PNG格式，300 DPI）
  • 手稿文本部分已写（摘要、引言、方法、结果、讨论）
  • 所有需要的引用列表

工作流程

阶段1: 表格创建

从分析结果创建全面表格：

主文表格

  1. 表1: 试验特征

    • 从extraction.csv或类似文件提取
    • 包括：NCT编号、第一作者、年份、设计、样本大小、干预细节、随访
    • 格式化为markdown，带有缩写部分

  2. 表2: 疗效结果摘要

    • 组合所有元分析结果（pCR、生存结果）
    • 包括：效应估计、95%置信区间、p值、I²、绝对效益、NNT
    • 添加GRADE确定性评级

  3. 表3: 安全性结果摘要

    • 来自安全性元分析结果
    • 包括：不良事件、发生率、RR/OR、NNH
    • 添加临床管理指导

补充表格

  1. 偏倚风险评估

    • 使用RoB 2或ROBINS-I工具格式
    • 对每个试验进行域-by-域评估
    • 总体风险评级与理由

  2. GRADE证据概况

    • 总结发现表格式
    • 所有结果与确定性评级
    • 域特定理由（偏倚、不一致性、间接性、不精确性）

  3. 详细结果表格

    • 个体试验结果
    • 亚组分析
    • 敏感性分析

阶段2: 图形组装

创建多面板可出版图形：

工具: 使用PIL/Pillow的Python脚本

# 创建assemble_figures.py
from PIL import Image, ImageDraw, ImageFont
from pathlib import Path

def add_panel_label(img, label, position='top-left', font_size=80, offset=(40, 40)):
    """添加A、B、C标签到面板"""
    draw = ImageDraw.Draw(img)

    # 尝试使用系统字体
    try:
        font = ImageFont.truetype("/System/Library/Fonts/Helvetica.ttc", font_size)
    except:
        font = ImageFont.load_default()

    x, y = offset

    # 为可见性绘制白色背景框
    bbox = draw.textbbox((x, y), label, font=font)
    padding = 10
    draw.rectangle(
        [bbox[0] - padding, bbox[1] - padding,
         bbox[2] + padding, bbox[3] + padding],
        fill='white',
        outline='black',
        width=2
    )

    draw.text((x, y), label, fill='black', font=font)
    return img

def create_multi_panel_figure(images_list, output_path, labels=['A', 'B', 'C'], spacing=40):
    """垂直组合多个图像，带有标签"""
    # 添加标签到图像
    labeled_images = [add_panel_label(img, label) for img, label in zip(images_list, labels)]

    # 计算尺寸
    max_width = max(img.width for img in labeled_images)
    total_height = sum(img.height for img in labeled_images) + spacing * (len(labeled_images) - 1)

    # 创建组合图像
    combined = Image.new('RGB', (max_width, total_height), 'white')

    # 粘贴图像
    y_offset = 0
    for img in labeled_images:
        combined.paste(img, (0, y_offset))
        y_offset += img.height + spacing

    # 保存为300 DPI
    combined.save(output_path, dpi=(300, 300))
    return output_path

典型图形结构

主文：

  • 图1: 多面板疗效（pCR、EFS、OS森林图）
  • 图2: 亚组分析（例如，按生物标志物状态）
  • 图3: 安全性 + 发表偏倚（SAE森林图、漏斗图）

补充：

  • 补充图1: 敏感性分析（留一法图）
  • 补充图2: 发表偏倚（所有结果的漏斗图）

阶段3: 参考文献管理

创建全面BibTeX文件：

步骤：

  1. 提取所有引用 从手稿使用grep

    grep -E "¹|²|³|⁴|⁵|⁶|⁷|⁸|⁹|⁰|\\[\\d+\\]" manuscript_sections.md

  2. 为每个参考文献创建BibTeX条目

    • 为所有条目包括DOI
    • 使用标准化期刊缩写（Index Medicus）
    • 正确格式化作者姓名

  3. 创建映射文档

    • 映射上标（¹, ², ³）到BibTeX键
    • 记录手稿中的引用位置

  4. 创建使用指南

    • Pandoc转换说明
    • Zotero导入说明
    • 手动格式化示例（Lancet、JAMA样式）

阶段4: 图形图例

为所有图形编写全面图例：

图例结构：

**面板A. 结果名称**
描述面板显示的内容。森林图显示[效应测量]对于[结果]
跨越[N]个试验（[总参与者]）。[使用的统计方法]。[关键结果]。
水平线表示95%置信区间；菱形表示合并效应。
垂直线在[无效值]表示无治疗效应。

**缩写**: 列出所有使用的缩写。

包括：

  • 统计方法（随机效应、Hartung-Knapp调整）
  • 异质性测量（I²、Cochran’s Q）
  • 临床解释
  • 缩写定义

阶段5: 质量保证

在提交前，验证：

表格

  • [ ] 所有数据与分析结果完全匹配
  • [ ] 缩写已定义
  • [ ] 脚注解释所有符号
  • [ ] 列/行标题清晰
  • [ ] 统计符号一致

图形

  • [ ] 所有图形至少300 DPI
  • [ ] 面板标签（A, B, C）可见且不遮挡数据
  • [ ] 图例与图形完全匹配
  • [ ] 字体大小可读（最终打印大小≥8pt）
  • [ ] 色彩方案在灰度下工作

参考文献

  • [ ] 所有引用有对应的参考文献
  • [ ] 参考文献编号顺序
  • [ ] DOI正确且有效
  • [ ] 期刊缩写标准化
  • [ ] 作者姓名匹配原始出版物

输出结构

07_manuscript/
├── tables/
│   ├── Table1_Trial_Characteristics.md
│   ├── Table2_Efficacy_Summary.md
│   ├── Table3_Safety_Summary.md
│   ├── SupplementaryTable1_RiskOfBias.md
│   ├── SupplementaryTable2_GRADE_Profile.md
│   └── ...
├── figures/
│   ├── Figure1_Efficacy.png (300 DPI)
│   ├── Figure2_Subgroup.png (300 DPI)
│   ├── Figure3_Safety.png (300 DPI)
│   ├── SupplementaryFigure1_Sensitivity.png
│   └── ...
├── references.bib
├── FIGURE_LEGENDS.md
├── CITATION_MAPPING.md
└── REFERENCES_USAGE_GUIDE.md

时间估计

  • 表格创建: 2-3小时
  • 图形组装: 1-2小时
  • 参考文献: 1-2小时
  • 图例: 1小时
  • 质量保证: 1小时
  • 总计: 6-9小时

期刊特定格式化

Lancet Oncology

  • 字数限制: 4000-5000字
  • 表格: 3-4个主文，无限制补充
  • 图形: 3-4个主文，无限制补充
  • 参考文献: Vancouver样式，通常30-40个
  • 分辨率: 至少300 DPI

JAMA

  • 字数限制: 3500字
  • 表格: 最多4个
  • 图形: 最多4个
  • 参考文献: 最多40个
  • 分辨率: 300-600 DPI

新英格兰医学杂志

  • 字数限制: 3000字
  • 表格: 最多3个
  • 图形: 最多3个
  • 参考文献: 最多40个
  • 分辨率: 至少300 DPI

常见陷阱避免

  1. 表格: 不要混合效应测量（RR vs OR vs HR）而不清晰标签
  2. 图形: 不要压缩低于300 DPI
  3. 参考文献: 不要使用自动生成引用而不验证
  4. 图例: 不要省略统计方法或缩写
  5. 总体: 不要提交而不独立验证所有数字

相关技能

  • /meta-analysis - 执行统计分析
  • /prisma-flow - 创建PRISMA流程图
  • /grade-assessment - 完成GRADE证据概况
  • /risk-of-bias - 使用RoB 2工具评估试验质量

示例调用

/meta-manuscript-assembly

或指定阶段：

/meta-manuscript-assembly tables
/meta-manuscript-assembly figures
/meta-manuscript-assembly references

成功标准

  • ✅ 所有表格可出版，带有全面注释
  • ✅ 所有图形300 DPI，带有专业面板标签
  • ✅ 完整BibTeX文件，包含所有30-40个参考文献
  • ✅ 全面图形图例
  • ✅ 所有数字验证对原始分析
  • ✅ 手稿遵循目标期刊指南
  • ✅ 准备供合著者审阅和提交