蛋白质测试与验证云平台操作Skill adaptyv

这个技能涉及使用Adaptyv云实验室平台进行自动蛋白质测试和验证,包括结合测定、表达测试、热稳定性测量和酶活性测定。通过API或Web界面提交实验、跟踪状态、下载结果,并利用计算工具优化蛋白质序列以提高表达和稳定性。适用于生物医药领域的蛋白质设计、实验验证和高通量AI驱动工作流。关键词:蛋白质测试、云实验室、API自动化、实验验证、生物医药、蛋白质优化、合成生物学。

合成生物学 0 次安装 0 次浏览 更新于 3/20/2026

name: adaptyv description: 用于自动蛋白质测试和验证的云实验室平台。当设计蛋白质并需要实验验证时使用,包括结合测定、表达测试、热稳定性测量、酶活性测定或蛋白质序列优化。也用于通过API提交实验、跟踪实验状态、下载结果、使用计算工具(NetSolP、SoluProt、SolubleMPNN、ESM)优化蛋白质序列以提高表达,或管理湿实验室验证的蛋白质设计工作流。

Adaptyv

Adaptyv是一个云实验室平台,提供自动蛋白质测试和验证服务。通过API或Web界面提交蛋白质序列,大约21天内接收实验结果。

快速开始

认证设置

Adaptyv需要API认证。设置您的凭据:

  1. 联系support@adaptyvbio.com请求API访问(平台处于alpha/beta阶段)
  2. 接收您的API访问令牌
  3. 设置环境变量:
export ADAPTYV_API_KEY="your_api_key_here"

或创建.env文件:

ADAPTYV_API_KEY=your_api_key_here

安装

使用uv安装所需包:

uv pip install requests python-dotenv

基本用法

提交蛋白质序列进行测试:

import os
import requests
from dotenv import load_dotenv

load_dotenv()

api_key = os.getenv("ADAPTYV_API_KEY")
base_url = "https://kq5jp7qj7wdqklhsxmovkzn4l40obksv.lambda-url.eu-central-1.on.aws"

headers = {
    "Authorization": f"Bearer {api_key}",
    "Content-Type": "application/json"
}

# 提交实验
response = requests.post(
    f"{base_url}/experiments",
    headers=headers,
    json={
        "sequences": ">protein1
MKVLWALLGLLGAA...",
        "experiment_type": "binding",
        "webhook_url": "https://your-webhook.com/callback"
    }
)

experiment_id = response.json()["experiment_id"]

可用实验类型

Adaptyv支持多种测定类型:

  • 结合测定 - 使用生物层干涉法测试蛋白质-靶标相互作用
  • 表达测试 - 测量蛋白质表达水平
  • 热稳定性 - 表征蛋白质热稳定性
  • 酶活性 - 评估酶功能

有关每种实验类型和工作流的详细信息,请参见reference/experiments.md

蛋白质序列优化

在提交序列之前,优化它们以提高表达和稳定性:

常见问题解决:

  • 未配对半胱氨酸导致不期望的二硫键
  • 过度疏水区域引起聚集
  • 溶解度预测差

推荐工具:

  • NetSolP / SoluProt - 初始溶解度筛选
  • SolubleMPNN - 序列重新设计以提高溶解度
  • ESM - 序列可能性评分
  • ipTM - 界面稳定性评估
  • pSAE - 疏水暴露量化

有关详细优化工作流和工具使用,请参见reference/protein_optimization.md

API参考

有关完整API文档,包括所有端点、请求/响应格式和认证详情,请参见reference/api_reference.md

示例

有关常见用例(实验提交、状态跟踪、结果检索、批处理)的具体代码示例,请参见reference/examples.md

重要说明

  • 平台目前处于alpha/beta阶段,功能可能更改
  • 并非所有平台功能都可通过API使用
  • 结果通常在大约21天内交付
  • 联系support@adaptyvbio.com进行访问请求或问题
  • 适用于高通量AI驱动的蛋白质设计工作流