name: adaptyv description: 用于自动蛋白质测试和验证的云实验室平台。当设计蛋白质并需要实验验证时使用,包括结合测定、表达测试、热稳定性测量、酶活性测定或蛋白质序列优化。也用于通过API提交实验、跟踪实验状态、下载结果、使用计算工具(NetSolP、SoluProt、SolubleMPNN、ESM)优化蛋白质序列以提高表达,或管理湿实验室验证的蛋白质设计工作流。
Adaptyv
Adaptyv是一个云实验室平台,提供自动蛋白质测试和验证服务。通过API或Web界面提交蛋白质序列,大约21天内接收实验结果。
快速开始
认证设置
Adaptyv需要API认证。设置您的凭据:
- 联系support@adaptyvbio.com请求API访问(平台处于alpha/beta阶段)
- 接收您的API访问令牌
- 设置环境变量:
export ADAPTYV_API_KEY="your_api_key_here"
或创建.env文件:
ADAPTYV_API_KEY=your_api_key_here
安装
使用uv安装所需包:
uv pip install requests python-dotenv
基本用法
提交蛋白质序列进行测试:
import os
import requests
from dotenv import load_dotenv
load_dotenv()
api_key = os.getenv("ADAPTYV_API_KEY")
base_url = "https://kq5jp7qj7wdqklhsxmovkzn4l40obksv.lambda-url.eu-central-1.on.aws"
headers = {
"Authorization": f"Bearer {api_key}",
"Content-Type": "application/json"
}
# 提交实验
response = requests.post(
f"{base_url}/experiments",
headers=headers,
json={
"sequences": ">protein1
MKVLWALLGLLGAA...",
"experiment_type": "binding",
"webhook_url": "https://your-webhook.com/callback"
}
)
experiment_id = response.json()["experiment_id"]
可用实验类型
Adaptyv支持多种测定类型:
- 结合测定 - 使用生物层干涉法测试蛋白质-靶标相互作用
- 表达测试 - 测量蛋白质表达水平
- 热稳定性 - 表征蛋白质热稳定性
- 酶活性 - 评估酶功能
有关每种实验类型和工作流的详细信息,请参见reference/experiments.md。
蛋白质序列优化
在提交序列之前,优化它们以提高表达和稳定性:
常见问题解决:
- 未配对半胱氨酸导致不期望的二硫键
- 过度疏水区域引起聚集
- 溶解度预测差
推荐工具:
- NetSolP / SoluProt - 初始溶解度筛选
- SolubleMPNN - 序列重新设计以提高溶解度
- ESM - 序列可能性评分
- ipTM - 界面稳定性评估
- pSAE - 疏水暴露量化
有关详细优化工作流和工具使用,请参见reference/protein_optimization.md。
API参考
有关完整API文档,包括所有端点、请求/响应格式和认证详情,请参见reference/api_reference.md。
示例
有关常见用例(实验提交、状态跟踪、结果检索、批处理)的具体代码示例,请参见reference/examples.md。
重要说明
- 平台目前处于alpha/beta阶段,功能可能更改
- 并非所有平台功能都可通过API使用
- 结果通常在大约21天内交付
- 联系support@adaptyvbio.com进行访问请求或问题
- 适用于高通量AI驱动的蛋白质设计工作流