| 名称 | lammps-md-executor |
| 描述 | 用于纳米尺度系统模拟的LAMMPS分子动力学技能，支持力场管理 allowed-tools: - Read - Write - Glob - Grep - Bash metadata: specialization: 纳米技术 domain: 科学 category: 计算 priority: high phase: 6 tools-libraries: - LAMMPS - OVITO - VMD - MDAnalysis |
LAMMPS MD执行器
目的
LAMMPS MD执行器技能为纳米尺度系统提供分子动力学模拟能力，通过经典模拟研究结构、力学和热学性质。
功能
- 力场选择和参数化
- 系统平衡协议
- NVT/NPT系综模拟
- 轨迹分析
- 热导率计算
- 力学性质模拟
使用指南
MD模拟工作流
-
系统设置
- 构建初始构型
- 分配力场
- 能量最小化
-
平衡阶段
- NVT温度平衡
- NPT密度平衡
- 监控平衡指标
-
生产阶段
- 运行相应系综
- 实时计算性质
- 保存轨迹
流程集成
- 分子动力学模拟工作流
- 多尺度建模集成
输入模式
{
"structure_file": "string",
"force_field": "string (ReaxFF|MEAM|Tersoff|LJ)",
"ensemble": "nvt|npt|nve",
"temperature": "number (K)",
"pressure": "number (atm, for npt)",
"timestep": "number (fs)",
"total_time": "number (ns)"
}
输出模式
{
"thermodynamic_properties": {
"temperature": "number (K)",
"pressure": "number (atm)",
"total_energy": "number (eV)",
"volume": "number (Angstrom^3)"
},
"structural_properties": {
"rdf_file": "string",
"msd_file": "string"
},
"trajectory_file": "string",
"equilibrated": "boolean"
}