name: gromacs-biosim-runner description: 专用于生物分子系统、蛋白质模拟和自由能计算的GROMACS分子动力学技能 allowed-tools:
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metadata:
version: “1.0”
category: physics
tags:
- molecular-dynamics
- biomolecular
- proteins
- free-energy
GROMACS生物模拟运行器技能
目的
提供与GROMACS的专门集成，用于生物分子模拟，包括蛋白质动力学、自由能计算和增强采样方法。
能力
- 拓扑结构准备和溶剂化
- 能量最小化工作流
- NPT/NVT平衡协议
- 自由能扰动设置
- 轨迹分析（RMSD、RMSF、RDF）
- 增强采样方法（元动力学、副本交换）
使用指南
- 使用适当的水模型（TIP3P、TIP4P、SPC/E）
- 选择与目标生物分子兼容的力场（AMBER、CHARMM、OPLS）
- 遵循标准平衡协议
- 在生产运行期间监控系统稳定性
依赖项
- GROMACS
- pdb2gmx
- MDAnalysis
- PLUMED（用于增强采样）
流程集成
- 分子动力学模拟设置
- 高性能计算工作流