| 名称 | string-network-analyzer |
| 描述 | 用于功能富集分析和网络可视化的STRING蛋白质相互作用网络技能 allowed-tools: - Read - Write - Glob - Grep - Edit - WebFetch - WebSearch - Bash metadata: |
| 版本 | “1.0” category: 生物信息学 tags: - 蛋白质组学 - 网络 - 相互作用 - 功能 |
STRING网络分析器技能
目的
提供STRING蛋白质相互作用网络分析，用于功能富集分析和网络可视化。
功能
- 蛋白质-蛋白质相互作用查询
- 网络聚类
- 功能富集分析
- Cytoscape集成
- 网络可视化
- 相互作用置信度评分
使用指南
- 使用适当的置信度阈值查询相互作用
- 对网络进行聚类以识别模块
- 对模块进行功能富集分析
- 使用有意义的布局可视化网络
- 导出到Cytoscape进行高级可视化
- 记录置信度阈值和过滤器
依赖项
- STRING-db
- Cytoscape
- NetworkX
流程集成
- 质谱蛋白质组学流程 (ms-proteomics-pipeline)
- 多组学数据集成 (multi-omics-integration)