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name: string-network-analyzer description: 用于功能富集分析和网络可视化的STRING蛋白质相互作用网络技能 allowed-tools:

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• Grep
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• WebFetch
• WebSearch
• Bash metadata: version: “1.0” category: 生物信息学 tags:
  • 蛋白质组学
  • 网络
  • 相互作用
  • 功能

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STRING网络分析器技能

目的

提供STRING蛋白质相互作用网络分析，用于功能富集分析和网络可视化。

功能

• 蛋白质-蛋白质相互作用查询
• 网络聚类
• 功能富集分析
• Cytoscape集成
• 网络可视化
• 相互作用置信度评分

使用指南

• 使用适当的置信度阈值查询相互作用
• 对网络进行聚类以识别模块
• 对模块进行功能富集分析
• 使用有意义的布局可视化网络
• 导出到Cytoscape进行高级可视化
• 记录置信度阈值和过滤器

依赖项

• STRING-db
• Cytoscape
• NetworkX

流程集成

• 质谱蛋白质组学流程 (ms-proteomics-pipeline)
• 多组学数据集成 (multi-omics-integration)