name: setup description: > 蛋白质设计工具的首次设置。在以下情况使用此技能： (1) 用户是新手，尚未运行任何工具， (2) 命令失败并显示“文件未找到”或“modal: 命令未找到”， (3) 出现Modal身份验证错误， (4) 用户询问如何开始或设置环境， (5) biomodals目录缺失或工具无法工作。 license: MIT category: utilities tags: [setup, onboarding, installation]

设置指南

帮助用户准备好运行蛋白质设计工具的环境。

快速检查清单

当用户遇到设置问题时，请运行此检查清单：

步骤	检查	修复
1. Modal CLI	`modal --version`	`pip install modal`
2. Modal 身份验证	`modal token show`	`modal setup`
3. biomodals	`ls biomodals/modal_*.py`	`git clone https://github.com/hgbrian/biomodals`
4. 测试	`cd biomodals && modal run modal_boltzgen.py --help`	参见故障排除

问题诊断

错误：“modal: 命令未找到”

原因：Modal CLI 未安装。

修复：

pip install modal

然后重启终端或运行 hash -r。

错误：“权限被拒绝”或“未授权”

原因：Modal 未通过身份验证。

修复：

modal setup

这将打开浏览器。点击“授权”以完成身份验证。

错误：“没有那个文件或目录：modal_boltzgen.py”

原因：biomodals 仓库未克隆或不在正确的目录中。

修复：

git clone https://github.com/hgbrian/biomodals
cd biomodals

错误：“uvx: 命令未找到”

原因：uvx 是来自 uv 包的可选包装器。它不是必需的。

修复：直接运行 modal（推荐）：

modal run modal_boltzgen.py --help

或者，如果您更喜欢使用 uvx，请安装 uv：

pip install uv

完整设置步骤

步骤 1：安装 Modal CLI

pip install modal

验证：modal --version

步骤 2：验证 Modal

modal setup

这将打开浏览器。点击“授权”。

验证：modal token show

步骤 3：克隆 biomodals

git clone https://github.com/hgbrian/biomodals
cd biomodals

验证：ls modal_*.py 应显示如 modal_boltzgen.py 等文件

步骤 4：测试设置

cd biomodals
modal run modal_boltzgen.py --help

预期：显示使用说明，展示 --input-yaml、--protocol、--num-designs 等选项。

设置后的常见工作流程

设置完成后，用户可以：

cd biomodals

# 使用 BoltzGen 设计结合蛋白（需要 YAML 配置）
modal run modal_boltzgen.py --input-yaml binder.yaml --protocol protein-anything --num-designs 50

# 使用 RFdiffusion 生成蛋白质骨架
modal run modal_rfdiffusion.py --pdb target.pdb --contigs "A1-150/0 70-100" --num-designs 100

# 使用 Chai 进行验证
modal run modal_chai1.py --input-faa designs.fasta

GPU 选择

使用环境变量设置 GPU：

GPU=A10G modal run modal_rfdiffusion.py --pdb target.pdb --contigs "A1-100/0 50-80" --num-designs 10
GPU=L40S modal run modal_boltzgen.py --input-yaml config.yaml --num-designs 50
GPU=A100 modal run modal_chai1.py --input-faa complex.fasta

GPU	显存	最适合
T4	16GB	ProteinMPNN, ESM
A10G	24GB	RFdiffusion, Chai
L40S	48GB	BoltzGen, BindCraft
A100	40-80GB	大型复合物

Modal 免费额度

Modal 提供每月 $30 的免费额度 - 足够用于：

~500 个 BoltzGen 设计
~2000 个 RFdiffusion 骨架
~1000 个 Chai 预测

完整文档：参见安装指南