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生物预印本搜索Skill biorxiv-search

bioRxiv 搜索技能是一个用于通过自然语言查询语义搜索生物医学预印本数据库的工具，支持全文内容和图像链接，适用于科研人员快速查找未发表的研究。关键词包括：生物预印本、语义搜索、自然语言查询、科研检索、生命科学。

文献检索 0 次安装 0 次浏览 更新于 3/18/2026

name: biorxiv-search description: 使用自然语言查询通过 Valyu 的语义搜索 API 搜索完整的生物科学预印本数据库。 keywords:

  • biorxiv
  • 生物学预印本
  • 分子生物学
  • 遗传学
  • 生命科学
  • 语义搜索 license: MIT

bioRxiv 搜索

使用自然语言查询通过 Valyu 的语义搜索 API 搜索生物科学预印本数据库。

为什么这个技能强大

  • 无需 API 参数解析：只需直接传递自然语言查询 - 无需构建复杂的搜索参数
  • 语义搜索：理解查询的含义，而不仅仅是关键词匹配
  • 全文访问：返回完整的文章内容，不仅仅是摘要
  • 图像链接：包括论文中的图表和图像
  • 全面覆盖：访问生物科学中所有 bioRxiv 预印本

要求

  1. Node.js 18+（使用内置 fetch）
  2. 来自 https://platform.valyu.ai 的 Valyu API 密钥（10 美元免费信用）

关键：脚本路径解析

文档中的 scripts/search 命令是相对于此技能的安装目录的。

运行任何命令之前，使用以下命令定位脚本：

BIORXIV_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/biorxiv-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

然后使用完整路径所有命令：

$BIORXIV_SCRIPT "CRISPR gene editing" 15

API 密钥设置流程

当您运行搜索并收到 "setup_required": true 时，请按照此流程：

  1. 向用户请求 API 密钥： “要搜索 bioRxiv，我需要您的 Valyu API 密钥。在 https://platform.valyu.ai 免费获取（10 美元信用）”

  2. 一旦用户提供密钥，运行：

    scripts/search setup <api-key>

  3. 重试原始搜索。

示例流程：

用户：搜索 bioRxiv 获取 CRISPR 进展
→ 响应：{"success": false, "setup_required": true, ...}
→ Claude 询问："请提供您在 https://platform.valyu.ai 的 Valyu API 密钥"
→ 用户："val_abc123..."
→ Claude 运行：scripts/search setup val_abc123...
→ 响应：{"success": true, "type": "setup", ...}
→ Claude 重试：scripts/search "CRISPR advances" 10
→ 成功！

何时使用此技能

  • 查找尚未在期刊发表的生物学研究
  • 跨学科生命科学研究
  • 快速访问未发表的实验数据
  • 疾病机制研究
  • 进化和发育生物学研究
  • 生态研究和保护生物学

输出格式

{
  "success": true,
  "type": "biorxiv_search",
  "query": "CRISPR gene editing",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "文章标题",
      "url": "https://biorxiv.org/content/...",
      "content": "完整文章文本与图表...",
      "source": "biorxiv",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

处理结果

使用 jq

# 获取文章标题
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# 获取 URL
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# 提取完整内容
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

常见用例

分子生物学

# 查找最近的分子生物学论文
scripts/search "蛋白-蛋白相互作用网络" 50

神经科学

# 搜索神经科学研究
scripts/search "行为研究中的光遗传学" 20

基因组学

# 查找基因组学论文
scripts/search "单细胞 RNA 测序分析" 15

发育生物学

# 搜索发育生物学论文
scripts/search "胚胎干细胞分化" 25

错误处理

所有命令返回 JSON 带有 success 字段：

{
  "success": false,
  "error": "错误消息"
}

退出代码：

  • 0 - 成功
  • 1 - 错误（检查 JSON 获取详情）

API 端点

  • 基础 URL：https://api.valyu.ai/v1
  • 端点：/search
  • 认证：X-API-Key 头部

架构

scripts/
├── search          # Bash 包装器
└── search.mjs      # Node.js CLI

使用 Node.js 内置 fetch() 直接 API 调用，零外部依赖。

添加到您的项目

如果您正在构建 AI 项目并希望将 bioRxiv 搜索直接集成到您的应用程序中，请使用 Valyu SDK：

Python 集成

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="您的-api-key")

response = client.search(
    query="您的搜索查询",
    included_sources=["valyu/valyu-biorxiv"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"标题：{result['title']}")
    print(f"URL：{result['url']}")
    print(f"内容：{result['content'][:500]}...")

TypeScript 集成

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("您的-api-key");

const response = await client.search({
  query: "您的搜索查询",
  includedSources: ["valyu/valyu-biorxiv"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`标题：${result.title}`);
  console.log(`URL：${result.url}`);
  console.log(`内容：${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

查看 Valyu 文档 获取完整集成示例和 SDK 参考。