name: cellranger-processor description: 用于10X Genomics单细胞数据处理的Cell Ranger技能 allowed-tools:
- Read
- Write
- Glob
- Grep
- Edit
- WebFetch
- WebSearch
- Bash
metadata:
version: “1.0”
category: bioinformatics
tags:
- transcriptomics
- single-cell
- 10x-genomics
- demultiplexing
CellRanger处理器技能
目的
提供Cell Ranger功能，用于10X Genomics单细胞数据处理，包括解复用和比对。
能力
- BCL到FASTQ格式转换
- 细胞条形码解复用
- UMI计数
- 特征条形码处理
- 样本聚合分析
- Loupe浏览器文件生成
使用指南
- 准确配置样本表
- 验证细胞计数是否符合预期
- 查看网页版总结报告中的QC指标
- 聚合样本进行综合分析
- 生成用于可视化的Loupe文件
- 记录参考基因组版本
依赖项
- Cell Ranger
- STARsolo
流程集成
- 单细胞RNA-seq分析 (scrnaseq-analysis)
- 空间转录组学分析 (spatial-transcriptomics)