| 名称 | cellranger-processor |
| 描述 | 用于10X Genomics单细胞数据处理的Cell Ranger技能 allowed-tools: - Read - Write - Glob - Grep - Edit - WebFetch - WebSearch - Bash metadata: |
| 版本 | “1.0” category: bioinformatics tags: - transcriptomics - single-cell - 10x-genomics - demultiplexing |
CellRanger处理器技能
目的
提供Cell Ranger功能，用于10X Genomics单细胞数据处理，包括解复用和比对。
能力
- BCL到FASTQ格式转换
- 细胞条形码解复用
- UMI计数
- 特征条形码处理
- 样本聚合分析
- Loupe浏览器文件生成
使用指南
- 准确配置样本表
- 验证细胞计数是否符合预期
- 查看网页版总结报告中的QC指标
- 聚合样本进行综合分析
- 生成用于可视化的Loupe文件
- 记录参考基因组版本
依赖项
- Cell Ranger
- STARsolo
流程集成
- 单细胞RNA-seq分析 (scrnaseq-analysis)
- 空间转录组学分析 (spatial-transcriptomics)