name: gsea-pathway-analyzer description: 基因集富集分析技能，用于功能注释和通路解析 allowed-tools:
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- Bash
metadata:
version: “1.0”
category: bioinformatics
tags:
- transcriptomics
- pathway-analysis
- gsea
- functional
GSEA通路分析技能
目的
实现基因集富集分析，用于功能注释和通路解析。
能力
- 执行预排序GSEA
- 基因本体富集分析
- KEGG/Reactome通路分析
- 支持自定义基因集
- 前沿基因分析
- 生成可用于发表的图表
使用指南
- 根据分析类型对基因进行适当排序
- 选择相关的基因集集合
- 应用多重检验校正
- 识别前沿基因用于解释
- 生成清晰的图表
- 记录基因集版本
依赖项
- GSEA
- clusterProfiler
- g:Profiler
- Enrichr
流程集成
- RNA-seq差异表达分析 (rnaseq-differential-expression)
- 单细胞RNA-seq分析 (scrnaseq-analysis)
- 多组学数据整合 (multi-omics-integration)