name: igv-genome-browser description: 用于交互式基因组可视化和审阅的IGV集成技能 allowed-tools:
- Read
- Write
- Glob
- Grep
- Edit
- WebFetch
- WebSearch
- Bash
metadata:
version: “1.0”
category: bioinformatics
tags:
- infrastructure
- visualization
- igv
- genome-browser
IGV 基因组浏览器技能
目的
实现IGV集成，用于交互式基因组可视化和审阅。
功能
- BAM/VCF/BED文件可视化
- 批量截图生成
- 会话管理
- 轨道定制
- 区域导航
- 多样本比较
使用指南
- 加载合适的参考基因组
- 根据分析需求配置轨道
- 为报告生成批量截图
- 保存会话以确保可重复性
- 导航至感兴趣的区域
- 可视化比较多个样本
依赖项
- IGV
- IGV.js
- JBrowse2
流程集成
- 临床变异解读 (clinical-variant-interpretation)
- 肿瘤分子谱分析 (tumor-molecular-profiling)
- 全基因组测序流程 (wgs-analysis-pipeline)