| 名称 | kraken2-taxonomic-classifier |
| 描述 | Kraken2 宏基因组读段快速分类工具 allowed-tools: - Read - Write - Glob - Grep - Edit - WebFetch - WebSearch - Bash metadata: |
| 版本 | “1.0” category: bioinformatics tags: - metagenomics - taxonomy - classification - kraken |
Kraken2 分类器技能
目的
提供 Kraken2 分类功能，用于宏基因组读段的快速分类。
功能
- 基于 k-mer 的分类
- 自定义数据库创建
- 置信度分数过滤
- Bracken 丰度估计
- 多样本报告
- 内存高效运行
使用指南
- 构建或下载合适的数据库
- 设置置信度阈值以提高准确性
- 使用 Bracken 进行丰度估计
- 生成可视化报告
- 考虑内存需求
- 记录数据库版本
依赖项
- Kraken2
- Bracken
- Centrifuge
流程集成
- 鸟枪法宏基因组学流程 (shotgun-metagenomics)
- 16S rRNA 微生物组分析 (16s-microbiome-analysis)