| 名称 | deseq2-differential-expression |
| 描述 | 使用DESeq2进行差异表达分析，包含标准化、统计建模和可视化功能 allowed-tools: - 读取 - 写入 - 全局匹配 - 文本搜索 - 编辑 - 网络获取 - 网络搜索 - Bash命令 metadata: |
| 版本 | “1.0” category: 生物信息学 tags: - 转录组学 - 差异表达 - 统计学 - RNA测序 |
DESeq2差异表达分析技能
目的
提供基于DESeq2的差异表达分析，包含标准化、统计建模和可视化功能。
能力
- 大小因子标准化
- 负二项分布建模
- 收缩估计
- 批次效应建模
- 多因素实验设计
- 结果可视化（MA图、火山图等）
使用指南
- 设计具有适当重复的实验
- 存在批次效应时将其纳入模型
- 应用适当的收缩估计器
- 使用多重检验校正
- 生成出版级质量的可视化图表
- 记录分析参数和阈值
依赖项
- DESeq2
- edgeR
- limma-voom
流程整合
- RNA测序差异表达分析（rnaseq-differential-expression）
- 单细胞RNA测序分析（scrnaseq-analysis）
- CRISPR筛选分析（crispr-screen-analysis）