生物制药 Skill技能列表
系统发育树构建器Skill phylogenetics-tree-builder
系统发育树构建器是一款专业的生物信息学分析工具，专门用于构建进化树和评估物种间的亲缘关系。该技能支持多序列比对（如MUSCLE、MAFFT）、最大似然树构建、贝叶斯推断、自举支持率计算、分子钟分析和进化树可视化。适用于微生物组分析、宏基因组学和全基因组测序等研究领域，帮助科研人员深入理解生物进化历程和物种分类关系。 关键词：系统发育树构建，进化树分析，多序列比对，最大似然树，贝叶斯推断，分子钟分析，生物信息学工具，亲缘关系评估，16S rRNA分析，宏基因组学
UniProt蛋白质数据库访问工具Skill uniprot
UniProt蛋白质数据库访问工具是一个专门用于检索蛋白质序列和注释信息的技能。通过UniProt REST API，用户可以快速获取蛋白质的FASTA序列、功能注释、结构域边界、同源蛋白、变异体信息，并能交叉引用PDB结构数据库。该工具支持通过登录号、基因名称等多种方式查询，适用于生物信息学分析、蛋白质工程、药物研发等领域。关键词：UniProt数据库，蛋白质序列，功能注释，结构域分析，PDB交叉引用，生物信息学工具，REST API访问
Perseus统计分析器Skill perseus-statistical-analyzer
Perseus统计分析器是一款专业的蛋白质组学数据分析工具，专注于提供完整的统计分析和可视化解决方案。该技能支持缺失值填补、数据标准化、多种统计检验（如t检验、方差分析）、层次聚类、主成分分析（PCA）和富集分析，并能生成可直接用于发表的图表。它适用于生物信息学研究人员、蛋白质组学数据分析师，帮助处理质谱数据，进行差异表达分析和多组学数据整合。 关键词：蛋白质组学数据分析，Perseus统计，生物信息学工具，质谱数据处理，缺失值填补，数据标准化，统计检验，层次聚类，主成分分析，富集分析，数据可视化，发表级图表，多组学整合
MaxQuant质谱分析处理器Skill maxquant-processor
MaxQuant质谱分析处理器是一款专业的生物信息学工具，专门用于蛋白质组学数据的处理和解析。该技能基于MaxQuant软件，集成了Andromeda搜索引擎，支持无标记定量（LFQ）和TMT/iTRAQ等标记定量技术，具备运行间匹配、假发现率（FDR）控制、翻译后修饰（PTM）位点定位等核心功能。适用于科研人员、生物技术公司和制药企业进行大规模蛋白质鉴定、定量分析和生物标志物发现。关键词：MaxQuant，质谱分析，蛋白质鉴定，蛋白质定量，生物信息学，蛋白质组学，LFQ，TMT，PTM，FDR控制。
ipSAE结合剂设计排序工具Skill ipsae
ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具，专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出，通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂，其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词：ipSAE，蛋白质设计，结合剂排序，AlphaFold，生物信息学，结构预测，蛋白质相互作用，评分函数
Foldseek结构搜索Skill foldseek
Foldseek结构搜索技能是一个用于蛋白质三维结构相似性搜索与分析的生物信息学工具。它能够高效地在PDB、AlphaFold等大型结构数据库中，通过三维空间构象而非氨基酸序列，查找相似结构、进行结构比对、发现远缘同源物以及聚类分析。该工具对于蛋白质设计、功能注释、进化研究和药物发现等领域至关重要。关键词：Foldseek，结构相似性搜索，蛋白质结构，生物信息学，AlphaFold，PDB数据库，结构比对，同源建模。
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类
ChEMBL数据库查询技能Skill chembl-database
该技能提供对 ChEMBL 生物活性分子数据库的程序化访问，支持化合物搜索、生物活性数据检索（如 IC50、Ki）、药物发现研究和结构相似性分析，适用于药物化学、生物信息学和药物研发领域。关键词：ChEMBL 数据库、生物活性分子、药物发现、化合物搜索、生物活性数据、药物化学、生物信息学、药物研发。
DrugBank数据库访问技能Skill drugbank-database
此技能用于程序化访问和分析DrugBank数据库中的全面药物信息，包括药物属性、相互作用、靶点、化学结构等，适用于药物研发、药理学研究、药物相互作用分析、靶点识别、化学相似性搜索和ADMET预测。关键词：DrugBank数据库，药物信息，数据分析，药物研发，药理学，药物相互作用，靶点分析，化学属性。