生物制药 Skill技能列表
ipSAE结合剂设计排序工具Skill ipsae
ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具，专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出，通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂，其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词：ipSAE，蛋白质设计，结合剂排序，AlphaFold，生物信息学，结构预测，蛋白质相互作用，评分函数
Foldseek结构搜索Skill foldseek
Foldseek结构搜索技能是一个用于蛋白质三维结构相似性搜索与分析的生物信息学工具。它能够高效地在PDB、AlphaFold等大型结构数据库中，通过三维空间构象而非氨基酸序列，查找相似结构、进行结构比对、发现远缘同源物以及聚类分析。该工具对于蛋白质设计、功能注释、进化研究和药物发现等领域至关重要。关键词：Foldseek，结构相似性搜索，蛋白质结构，生物信息学，AlphaFold，PDB数据库，结构比对，同源建模。
无细胞蛋白合成优化指南Skill cell-free-expression
本指南提供了无细胞蛋白合成（CFPS）的全面优化方案，涵盖系统选择、问题排查、密码子优化、模板设计、二硫键形成、可溶性增强等关键环节。适用于生物医药研发人员、合成生物学家、蛋白工程师进行体外蛋白表达实验设计、疑难蛋白表达优化和产量提升。关键词：无细胞蛋白合成，CFPS，蛋白表达优化，密码子优化，二硫键形成，可溶性标签，分子伴侣，体外翻译。
BoltzGen全原子蛋白质设计工具Skill boltzgen
BoltzGen是一款基于扩散模型的全原子蛋白质设计工具，专门用于生成具有精确侧链构象和结合几何结构的蛋白质。它支持蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、抗体/纳米抗体CDR区以及环状肽的设计，适用于药物发现、酶工程和生物制剂开发等领域。关键词：蛋白质设计，全原子扩散，侧链建模，结合剂设计，AI生物计算，药物研发，结构预测，YAML配置，BoltzGen教程。
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类
Seurat单细胞分析器Skill seurat-single-cell-analyzer
Seurat单细胞分析器是一款用于处理单细胞RNA测序数据的专业工具，主要功能包括数据质量过滤、标准化处理、降维分析（PCA/UMAP）、细胞聚类、标记基因识别、细胞类型自动注释、多数据集整合以及细胞发育轨迹推断。该技能适用于生物信息学研究人员进行单细胞转录组学分析、细胞异质性研究、发育生物学和疾病机制探索。关键词：单细胞RNA测序，Seurat分析，细胞聚类，生物信息学，转录组学，UMAP降维，细胞注释，轨迹分析，scRNA-seq
PyMOL分子可视化器Skill pymol-visualizer
PyMOL分子可视化技能是一款专注于生物分子结构渲染与分析的生物信息学工具。它能够实现蛋白质结构的三维可视化、表面渲染、结合位点高亮，并支持生成高质量的静态图像和动态动画，适用于科研绘图、药物发现和结构生物学分析。关键词：PyMOL，分子可视化，蛋白质结构，结构生物学，生物信息学，三维渲染，动画生成，科研绘图。
系统发育树构建器Skill phylogenetics-tree-builder
系统发育树构建器是一款专业的生物信息学分析工具，专门用于构建进化树和评估物种间的亲缘关系。该技能支持多序列比对（如MUSCLE、MAFFT）、最大似然树构建、贝叶斯推断、自举支持率计算、分子钟分析和进化树可视化。适用于微生物组分析、宏基因组学和全基因组测序等研究领域，帮助科研人员深入理解生物进化历程和物种分类关系。 关键词：系统发育树构建，进化树分析，多序列比对，最大似然树，贝叶斯推断，分子钟分析，生物信息学工具，亲缘关系评估，16S rRNA分析，宏基因组学
Perseus统计分析器Skill perseus-statistical-analyzer
Perseus统计分析器是一款专业的蛋白质组学数据分析工具，专注于提供完整的统计分析和可视化解决方案。该技能支持缺失值填补、数据标准化、多种统计检验（如t检验、方差分析）、层次聚类、主成分分析（PCA）和富集分析，并能生成可直接用于发表的图表。它适用于生物信息学研究人员、蛋白质组学数据分析师，帮助处理质谱数据，进行差异表达分析和多组学数据整合。 关键词：蛋白质组学数据分析，Perseus统计，生物信息学工具，质谱数据处理，缺失值填补，数据标准化，统计检验，层次聚类，主成分分析，富集分析，数据可视化，发表级图表，多组学整合