基因工程 Skill技能列表
IGV基因组浏览器技能Skill igv-genome-browser
IGV基因组浏览器技能是一个生物信息学工具，用于实现交互式基因组数据的可视化、分析和审阅。它支持加载和可视化BAM、VCF、BED等多种基因组数据格式，提供轨道定制、区域导航、多样本比较和批量截图等功能，并能与临床变异解读、肿瘤分析等流程集成，提升基因组数据审查的效率和可重复性。关键词：基因组浏览器，IGV，生物信息学，数据可视化，BAM，VCF，临床解读，肿瘤分析。
基因数据库查询Skill gene-database
该技能通过 NCBI E-utilities 和 Datasets API 查询 NCBI Gene 数据库，支持按基因符号或ID搜索，检索基因信息如参考序列（RefSeqs）、基因本体（GO）注释、位置和表型，进行批量查找，适用于基因注释、功能分析和生物信息学数据查询。关键词：基因查询、NCBI、生物信息、数据分析、数据库检索、基因本体、序列分析、批量处理。
CellRanger单细胞数据处理技能Skill cellranger-processor
CellRanger单细胞数据处理技能是专门用于处理10X Genomics单细胞测序数据的生物信息学工具。该技能能够实现BCL到FASTQ的格式转换、细胞条形码解复用、UMI计数、特征条形码处理、样本聚合分析以及生成Loupe可视化文件。适用于单细胞转录组学、空间转录组学等领域的研究人员，帮助高效完成数据预处理和初步分析。关键词：单细胞测序，10X Genomics，Cell Ranger，生物信息学，转录组学，数据解复用，UMI计数，空间转录组。
BLAST序列搜索技能Skill blast-sequence-search
BLAST序列搜索技能是一个生物信息学工具，专门用于执行序列相似性比对、同源性分析和生物数据库查询。该技能支持BLASTn、BLASTp、BLASTx等多种比对程序，能够创建和管理自定义数据库，并通过E值过滤和结果解析来优化搜索。适用于基因组学、蛋白质组学和宏基因组学研究，帮助科研人员快速识别序列间的进化关系和功能注释。 关键词：BLAST序列搜索，序列比对，同源性分析，生物信息学，数据库查询，NCBI BLAST，基因组学，蛋白质序列分析，宏基因组学
DESeq2差异表达分析技能Skill deseq2-differential-expression
DESeq2差异表达分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的差异基因表达分析。该技能提供完整的分析流程，包括数据标准化、统计建模、批次效应校正和可视化功能。关键词：差异表达分析，RNA测序，转录组学，生物信息学，DESeq2，基因表达，统计分析，数据可视化。
Latch生物信息工作流集成Skill latchbio-integration
LatchBio Integration是一个用于在云平台上构建、部署和管理生物信息学工作流的Python框架。它支持使用@workflow/@task装饰器定义任务，集成Nextflow和Snakemake管道，并提供数据管理、资源配置和已验证工作流功能，广泛应用于基因工程、RNA-seq分析、蛋白质结构预测等领域。关键词：生物信息学、工作流、Python、云平台、数据分析、基因工程、服务器无服务。
GSEA通路分析器Skill gsea-pathway-analyzer
GSEA通路分析技能是一款专业的生物信息学工具，专注于基因集富集分析。它能够对转录组学数据进行功能注释和通路解析，支持预排序GSEA、基因本体富集、KEGG/Reactome通路分析以及自定义基因集。该技能可识别关键的前沿基因，并生成高质量的图表，广泛应用于RNA-seq差异表达、单细胞测序和多组学整合等研究场景。关键词：基因集富集分析，GSEA，通路分析，生物信息学，功能注释，转录组学，KEGG，Reactome，前沿基因，可视化。
SamtoolsBAM处理器Skill samtools-bam-processor
Samtools BAM处理器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理BAM和SAM格式的基因测序比对文件。该技能提供全面的文件操作功能，包括BAM文件排序、索引建立、重复序列标记与去除、比对质量统计生成、特定基因组区域提取、读取组管理以及SAM/BAM/CRAM格式之间的转换。适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和RNA-seq差异表达分析等生物信息学工作流程，帮助研究人员高效处理和分析高通量测序数据。 关键词：BAM文件处理，SAM文件操作，基因测序分析，生物信息学工具，序列比对，samtools，测序数据过滤，基因组区域提取，重复序列去除，格式转换
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
Ensembl基因组数据库查询技能Skill ensembl-database
本技能用于通过REST API高效查询Ensembl基因组数据库，支持基因信息检索、DNA序列获取、变异效果预测、比较基因组学分析等功能，关键词包括Ensembl数据库、基因查询、序列分析、变异预测、比较基因组学，适用于生物信息学和基因组学研究。
BWA比对器Skill bwa-aligner
BWA比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于将高通量测序（NGS）产生的读段快速、准确地比对到参考基因组。它支持BWA-MEM2算法，具备参数优化、多线程加速、索引管理和质量评估等功能，适用于全基因组测序、长读段分析和肿瘤分子谱分析等场景。关键词：BWA-MEM2，序列比对，参考基因组，NGS分析，生物信息学，参数优化，质量评估。
基因调控网络推断工具Skill arboreto
Arboreto 是一个用于从基因表达数据中推断基因调控网络的Python库，支持GRNBoost2和GENIE3机器学习算法，可通过Dask进行分布式计算，适用于单细胞RNA-seq和基因调控网络分析。关键词：基因调控网络、机器学习、Python、Dask、GRN推断、生物信息学、转录因子、基因表达。