基因工程 Skill技能列表
Benchling集成Skill benchling-integration
本技能用于通过Benchling平台的Python SDK和REST API，实现生命科学研发数据的自动化管理，包括注册表实体（DNA、蛋白质）、库存、电子实验室笔记本、工作流等，支持数据查询和事件驱动集成。关键词：Benchling集成, 生命科学数据管理, Python SDK, REST API, 自动化工作流, 数据仓库查询, 生物医药研发。
GIAB基准验证器Skill giab-benchmark-validator
GIAB基准验证技能是一个用于评估基因组测序分析流程准确性的生物信息学工具。它通过将测序结果与“瓶中基因组”权威真值集进行比对，计算灵敏度、特异性等关键指标，并支持按不同基因组区域和变异类型进行分层分析，特别关注困难区域的性能评估，最终生成全面的验证报告。该技能是基因组数据分析、生物信息学流程验证、测序准确性评估、GIAB基准测试和变异检测质量控制的专业工具。
Pysam基因组文件处理工具Skill pysam
Pysam是一个用于处理基因组文件的Python模块，支持读写SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列文件，用于下一代测序（NGS）数据分析、覆盖度计算和生物信息学工作流。关键词：基因组、Python、生物信息学、NGS、数据分析、文件处理、变异分析。
STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner
STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对，精准识别基因的剪接位点，支持双程比对模式以发现新的剪接变异，并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据，并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成，是转录组学研究中的核心比对工具。关键词：RNA-seq， 转录组学， 剪接比对， STAR， 基因定量， 质量控制， 生物信息学， 基因融合， 差异表达。
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具，专门用于识别和分析基因组中的结构变异，包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法，支持分裂读段和配对末端分析，提供SV注释、可视化及多方法验证功能，适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词：结构变异检测，拷贝数变异，基因组分析，生物信息学，SV注释，测序数据分析。
生物Python计算工具包Skill biopython
Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包，用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词：生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。
DNAnexus集成平台Skill dnanexus-integration
DNAnexus集成技能是一个用于DNAnexus云基因组学平台的开发和管理工具。它支持应用开发、数据操作、作业执行、Python SDK使用和配置管理，适用于生物信息学管道开发和执行。关键词：DNAnexus, 云计算, 基因组学, 数据分析, Python SDK, 工作流自动化, 生物信息学, 数据管理, 云原生, 管道执行。
MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer
MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制，计算基因必需性评分，执行通路富集分析，并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词：CRISPR筛选，基因必需性评分，生物信息学，MAGeCK，通路富集，基因编辑，高通量测序分析。
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
生物服务Skill bioservices
BioServices 是一个统一的 Python 接口，用于访问 40 多个生物信息学服务，如 UniProt、KEGG、ChEMBL 等。它支持跨数据库分析、ID 映射、序列分析和多资源集成，适用于生物信息学研究和工作流自动化。关键词：生物信息学、Python、UniProt、KEGG、序列分析、标识符映射、数据库查询。
STRING数据库查询与分析技能Skill string-database
该技能用于通过STRING数据库的API进行蛋白质-蛋白质相互作用查询、网络分析、功能富集和系统生物学研究，涵盖关键词：蛋白质相互作用、STRING数据库、网络分析、功能富集、系统生物学、生物信息学。
Biopython工具包Skill biopython
Biopython是一个用于计算分子生物学的Python工具包，提供序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析、系统发育学等功能，适用于生物信息学和科研数据分析。关键词：生物信息学、Python、序列分析、BLAST、NCBI、分子生物学、计算生物学、基因工程。