基因工程 Skill技能列表
单细胞RNA-seq质量控制Skill single-cell-rna-qc
这个技能用于自动化执行单细胞RNA-seq数据的质量控制流程，采用scverse最佳实践，包括基于MAD的过滤方法来识别和移除低质量细胞，并生成详细的可视化图表以评估数据质量。适用于生物信息学、基因表达分析、数据清洗和预处理等场景。关键词：单细胞RNA-seq、质量控制、QC、过滤、可视化、数据分析、生物信息学。
Benchling集成Skill benchling-integration
本技能用于通过Benchling平台的Python SDK和REST API，实现生命科学研发数据的自动化管理，包括注册表实体（DNA、蛋白质）、库存、电子实验室笔记本、工作流等，支持数据查询和事件驱动集成。关键词：Benchling集成, 生命科学数据管理, Python SDK, REST API, 自动化工作流, 数据仓库查询, 生物医药研发。
Pysam基因组文件处理工具Skill pysam
Pysam是一个用于处理基因组文件的Python模块，支持读写SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列文件，用于下一代测序（NGS）数据分析、覆盖度计算和生物信息学工作流。关键词：基因组、Python、生物信息学、NGS、数据分析、文件处理、变异分析。
生物Python计算工具包Skill biopython
Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包，用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词：生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。
Biopython工具包Skill biopython
Biopython是一个用于计算分子生物学的Python工具包，提供序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析、系统发育学等功能，适用于生物信息学和科研数据分析。关键词：生物信息学、Python、序列分析、BLAST、NCBI、分子生物学、计算生物学、基因工程。
基因组数据分析工具Skill gget
gget 是一个命令行生物信息学工具和Python包，用于快速查询和分析基因组数据，提供对20多个数据库的统一访问，包括基因信息检索、序列对齐、蛋白结构预测、表达数据分析和疾病关联查询等功能。关键词：生物信息学、基因分析、序列对齐、蛋白预测、表达数据、疾病数据库、基因组工具、快速查询、统一接口、Python包。
基因数据库查询技能Skill gene-database
NCBI基因数据库查询技能，用于通过E-utilities和Datasets API搜索基因信息，包括基因符号、ID、序列、功能注释、通路分析等，支持批量查询和基因注释，适用于生物信息学研究和功能分析。关键词：基因数据库，NCBI，API查询，基因信息，功能分析，生物信息学。
STRING数据库查询与分析技能Skill string-database
该技能用于通过STRING数据库的API进行蛋白质-蛋白质相互作用查询、网络分析、功能富集和系统生物学研究，涵盖关键词：蛋白质相互作用、STRING数据库、网络分析、功能富集、系统生物学、生物信息学。
生物服务Skill bioservices
BioServices 是一个统一的 Python 接口，用于访问 40 多个生物信息学服务，如 UniProt、KEGG、ChEMBL 等。它支持跨数据库分析、ID 映射、序列分析和多资源集成，适用于生物信息学研究和工作流自动化。关键词：生物信息学、Python、UniProt、KEGG、序列分析、标识符映射、数据库查询。
GA4GH标准验证器Skill ga4gh-standards-validator
GA4GH 标准验证器是一个用于确保基因组数据共享与互操作性的合规性检查工具。它专注于验证 VCF/BAM 等生物信息学文件格式、测试 htsget API 和 Beacon 协议、检查 DRS/WES/TES 工作流标准，并进行数据模型验证与互操作性测试。关键词：GA4GH 标准，数据共享，互操作性，基因组学，合规性验证，生物信息学工具，API 测试，数据模型。
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
MEGAHIT宏基因组组装器Skill megahit-assembler
MEGAHIT宏基因组组装技能是一款专门用于从高通量测序产生的短读序列中重建微生物基因组的生物信息学工具。该技能支持内存高效组装、多种k-mer策略选择、重叠群质量评估和大数据集处理，适用于宏基因组学研究、微生物群落分析、环境样本测序数据分析等场景。关键词：宏基因组组装、MEGAHIT、基因组重建、短读序列、生物信息学、微生物基因组、重叠群分析、k-mer策略。