基因工程 Skill技能列表
生物Python计算工具包Skill biopython
Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包，用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词：生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。
生物服务Skill bioservices
BioServices 是一个统一的 Python 接口，用于访问 40 多个生物信息学服务，如 UniProt、KEGG、ChEMBL 等。它支持跨数据库分析、ID 映射、序列分析和多资源集成，适用于生物信息学研究和工作流自动化。关键词：生物信息学、Python、UniProt、KEGG、序列分析、标识符映射、数据库查询。
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具，专门用于识别和分析基因组中的结构变异，包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法，支持分裂读段和配对末端分析，提供SV注释、可视化及多方法验证功能，适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词：结构变异检测，拷贝数变异，基因组分析，生物信息学，SV注释，测序数据分析。
STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner
STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对，精准识别基因的剪接位点，支持双程比对模式以发现新的剪接变异，并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据，并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成，是转录组学研究中的核心比对工具。关键词：RNA-seq， 转录组学， 剪接比对， STAR， 基因定量， 质量控制， 生物信息学， 基因融合， 差异表达。
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
MEGAHIT宏基因组组装器Skill megahit-assembler
MEGAHIT宏基因组组装技能是一款专门用于从高通量测序产生的短读序列中重建微生物基因组的生物信息学工具。该技能支持内存高效组装、多种k-mer策略选择、重叠群质量评估和大数据集处理，适用于宏基因组学研究、微生物群落分析、环境样本测序数据分析等场景。关键词：宏基因组组装、MEGAHIT、基因组重建、短读序列、生物信息学、微生物基因组、重叠群分析、k-mer策略。
MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer
MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制，计算基因必需性评分，执行通路富集分析，并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词：CRISPR筛选，基因必需性评分，生物信息学，MAGeCK，通路富集，基因编辑，高通量测序分析。
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
HPO表型匹配器Skill hpo-phenotype-matcher
HPO表型匹配技能是一个生物信息学工具，专门用于人类表型本体分析，实现表型驱动的基因优先排序。该技能通过HPO术语匹配、基因-表型关联评分、语义相似性分析等功能，帮助临床基因组学研究人员将患者表型与基因变异关联，支持罕见病诊断和临床变异解读。关键词：人类表型本体、HPO、表型匹配、基因优先排序、临床基因组学、罕见病诊断、生物信息学、语义相似性、Exomiser集成。
GSEA通路分析器Skill gsea-pathway-analyzer
GSEA通路分析技能是一款专业的生物信息学工具，专注于基因集富集分析。它能够对转录组学数据进行功能注释和通路解析，支持预排序GSEA、基因本体富集、KEGG/Reactome通路分析以及自定义基因集。该技能可识别关键的前沿基因，并生成高质量的图表，广泛应用于RNA-seq差异表达、单细胞测序和多组学整合等研究场景。关键词：基因集富集分析，GSEA，通路分析，生物信息学，功能注释，转录组学，KEGG，Reactome，前沿基因，可视化。
GIAB基准验证器Skill giab-benchmark-validator
GIAB基准验证技能是一个用于评估基因组测序分析流程准确性的生物信息学工具。它通过将测序结果与“瓶中基因组”权威真值集进行比对，计算灵敏度、特异性等关键指标，并支持按不同基因组区域和变异类型进行分层分析，特别关注困难区域的性能评估，最终生成全面的验证报告。该技能是基因组数据分析、生物信息学流程验证、测序准确性评估、GIAB基准测试和变异检测质量控制的专业工具。
GA4GH标准验证器Skill ga4gh-standards-validator
GA4GH 标准验证器是一个用于确保基因组数据共享与互操作性的合规性检查工具。它专注于验证 VCF/BAM 等生物信息学文件格式、测试 htsget API 和 Beacon 协议、检查 DRS/WES/TES 工作流标准，并进行数据模型验证与互操作性测试。关键词：GA4GH 标准，数据共享，互操作性，基因组学，合规性验证，生物信息学工具，API 测试，数据模型。