基因工程 Skill技能列表
CellRanger单细胞数据处理技能Skill cellranger-processor
CellRanger单细胞数据处理技能是专门用于处理10X Genomics单细胞测序数据的生物信息学工具。该技能能够实现BCL到FASTQ的格式转换、细胞条形码解复用、UMI计数、特征条形码处理、样本聚合分析以及生成Loupe可视化文件。适用于单细胞转录组学、空间转录组学等领域的研究人员，帮助高效完成数据预处理和初步分析。关键词：单细胞测序，10X Genomics，Cell Ranger，生物信息学，转录组学，数据解复用，UMI计数，空间转录组。
scvi-toolsSkill scvi-tools
scvi-tools 是一个用于单细胞组学数据分析的 Python 框架，基于深度生成模型和变分推断，支持多种单细胞数据模态，如 scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq 等，用于概率建模、批次校正、降维、差异表达分析、细胞类型注释等任务。关键词：单细胞测序、数据分析、Python、深度学习、变分推断、生物信息学、批次校正、scVI、scANVI、概率模型、单细胞组学。
Benchling集成Skill benchling-integration
本技能用于通过Benchling平台的Python SDK和REST API，实现生命科学研发数据的自动化管理，包括注册表实体（DNA、蛋白质）、库存、电子实验室笔记本、工作流等，支持数据查询和事件驱动集成。关键词：Benchling集成, 生命科学数据管理, Python SDK, REST API, 自动化工作流, 数据仓库查询, 生物医药研发。
单细胞RNA-seq质量控制Skill single-cell-rna-qc
这个技能用于自动化执行单细胞RNA-seq数据的质量控制流程，采用scverse最佳实践，包括基于MAD的过滤方法来识别和移除低质量细胞，并生成详细的可视化图表以评估数据质量。适用于生物信息学、基因表达分析、数据清洗和预处理等场景。关键词：单细胞RNA-seq、质量控制、QC、过滤、可视化、数据分析、生物信息学。
DNAnexus集成平台Skill dnanexus-integration
DNAnexus集成技能是一个用于DNAnexus云基因组学平台的开发和管理工具。它支持应用开发、数据操作、作业执行、Python SDK使用和配置管理，适用于生物信息学管道开发和执行。关键词：DNAnexus, 云计算, 基因组学, 数据分析, Python SDK, 工作流自动化, 生物信息学, 数据管理, 云原生, 管道执行。
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
MEGAHIT宏基因组组装器Skill megahit-assembler
MEGAHIT宏基因组组装技能是一款专门用于从高通量测序产生的短读序列中重建微生物基因组的生物信息学工具。该技能支持内存高效组装、多种k-mer策略选择、重叠群质量评估和大数据集处理，适用于宏基因组学研究、微生物群落分析、环境样本测序数据分析等场景。关键词：宏基因组组装、MEGAHIT、基因组重建、短读序列、生物信息学、微生物基因组、重叠群分析、k-mer策略。
MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer
MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制，计算基因必需性评分，执行通路富集分析，并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词：CRISPR筛选，基因必需性评分，生物信息学，MAGeCK，通路富集，基因编辑，高通量测序分析。
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
HPO表型匹配器Skill hpo-phenotype-matcher
HPO表型匹配技能是一个生物信息学工具，专门用于人类表型本体分析，实现表型驱动的基因优先排序。该技能通过HPO术语匹配、基因-表型关联评分、语义相似性分析等功能，帮助临床基因组学研究人员将患者表型与基因变异关联，支持罕见病诊断和临床变异解读。关键词：人类表型本体、HPO、表型匹配、基因优先排序、临床基因组学、罕见病诊断、生物信息学、语义相似性、Exomiser集成。
GSEA通路分析器Skill gsea-pathway-analyzer
GSEA通路分析技能是一款专业的生物信息学工具，专注于基因集富集分析。它能够对转录组学数据进行功能注释和通路解析，支持预排序GSEA、基因本体富集、KEGG/Reactome通路分析以及自定义基因集。该技能可识别关键的前沿基因，并生成高质量的图表，广泛应用于RNA-seq差异表达、单细胞测序和多组学整合等研究场景。关键词：基因集富集分析，GSEA，通路分析，生物信息学，功能注释，转录组学，KEGG，Reactome，前沿基因，可视化。
GIAB基准验证器Skill giab-benchmark-validator
GIAB基准验证技能是一个用于评估基因组测序分析流程准确性的生物信息学工具。它通过将测序结果与“瓶中基因组”权威真值集进行比对，计算灵敏度、特异性等关键指标，并支持按不同基因组区域和变异类型进行分层分析，特别关注困难区域的性能评估，最终生成全面的验证报告。该技能是基因组数据分析、生物信息学流程验证、测序准确性评估、GIAB基准测试和变异检测质量控制的专业工具。