合成生物学 Skill技能列表
MetaPhlAn宏基因组分析器Skill metaphlan-profiler
MetaPhlAn宏基因组分析技能是一款专业的生物信息学工具，专门用于物种水平的微生物群落组成分析。该技能通过分析特定分支的标记基因，能够精确识别和量化宏基因组样本中的物种组成，支持菌株水平的深度分析（StrainPhlAn），并能估计未知物种的存在。它适用于多样本比较、群落组成可视化以及跨不同条件的对比研究，是微生物组研究、环境科学、临床诊断和生物技术领域的关键分析工具。
蛋白质设计质量控制Skill protein-qc
蛋白质设计质量控制技能，提供用于评估和筛选蛋白质设计的标准化指标、阈值与流程。它整合了结构置信度（pLDDT, pTM）、结合质量（ipTM, PAE）、表达可行性（不稳定指数, GRAVY）等多维度评估，并强调使用综合评分进行有效排序。该技能包含诊断工具和失败恢复指南，旨在帮助研究人员高效过滤不良设计，提升蛋白质设计项目的成功率。关键词：蛋白质设计，质量控制，筛选阈值，综合评分，生物信息学，AI蛋白质设计，结构预测，表达优化。
配体感知蛋白质序列设计工具Skill ligandmpnn
LigandMPNN 是一个基于深度学习的蛋白质序列设计工具，专门用于在考虑配体（如小分子、金属离子、辅因子或核酸）存在的情况下，设计或优化蛋白质序列。它适用于酶活性位点设计、配体结合口袋优化、金属配位位点设计等生物医药和合成生物学场景。核心功能是进行配体感知的逆折叠，生成与特定配体高亲和力结合的蛋白质序列。关键词：蛋白质设计，配体感知，逆折叠，酶设计，结合口袋优化，LigandMPNN，AI蛋白质工程，生物计算。
蛋白质设计工具环境初始化Skill setup
本技能用于指导用户完成蛋白质设计工具（如BoltzGen、RFdiffusion、Chai）的首次环境设置与配置。核心内容包括Modal CLI安装、身份验证、biomodals仓库克隆、GPU选择及常见问题排查。关键词：蛋白质设计，AI生物计算，环境配置，Modal云平台，BoltzGen，RFdiffusion，Chai，生物信息学工具。
AlphaFold蛋白质结构预测器Skill alphafold-predictor
AlphaFold蛋白质结构预测器是一款基于深度学习的生物信息学工具，专门用于预测蛋白质的三维空间结构。该技能整合了AlphaFold2、ColabFold和RoseTTAFold等先进模型，能够执行单链或多链复合物的高精度结构预测。核心功能包括生成预测模型、提供pLDDT置信度评分、进行预测对齐误差（PAE）分析以评估结构域可靠性，并支持基于已知同源模板的结构优化。适用于药物研发、蛋白质功能研究、合成生物学等领域，帮助科研人员快速获得可靠的蛋白质结构模型，加速生命科学发现。 关键词：AlphaFold，蛋白质结构预测，深度学习，生物信息学，pLDDT，PAE分析，多链复合物，ColabFold，结构生物学，AI药物发现
Benchling平台集成技能Skill benchling-integration
这个技能用于通过Python SDK和REST API集成Benchling生命科学研发平台，实现DNA序列、蛋白质注册表、库存管理、电子实验室笔记本和工作流的数据自动化管理。适用于生物医药研发、数据同步、事件驱动集成和数据分析，关键词包括Benchling、API集成、生命科学、数据管理、自动化、Python SDK、生物信息学。
ESM：进化规模建模Skill esm
ESM技能是一个基于深度学习的蛋白质语言模型工具包，用于蛋白质序列生成、结构预测、功能注释和嵌入生成。它支持ESM3和ESM C模型，适用于蛋白质设计、药物发现和生物工程应用，关键词：蛋白质语言模型，ESM，蛋白质设计，序列生成，结构预测，AI生成内容，生物医药。