生物医药 Skill技能列表
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
Seurat单细胞分析器Skill seurat-single-cell-analyzer
Seurat单细胞分析器是一款用于处理单细胞RNA测序数据的专业工具，主要功能包括数据质量过滤、标准化处理、降维分析（PCA/UMAP）、细胞聚类、标记基因识别、细胞类型自动注释、多数据集整合以及细胞发育轨迹推断。该技能适用于生物信息学研究人员进行单细胞转录组学分析、细胞异质性研究、发育生物学和疾病机制探索。关键词：单细胞RNA测序，Seurat分析，细胞聚类，生物信息学，转录组学，UMAP降维，细胞注释，轨迹分析，scRNA-seq
STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner
STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对，精准识别基因的剪接位点，支持双程比对模式以发现新的剪接变异，并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据，并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成，是转录组学研究中的核心比对工具。关键词：RNA-seq， 转录组学， 剪接比对， STAR， 基因定量， 质量控制， 生物信息学， 基因融合， 差异表达。
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具，专门用于识别和分析基因组中的结构变异，包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法，支持分裂读段和配对末端分析，提供SV注释、可视化及多方法验证功能，适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词：结构变异检测，拷贝数变异，基因组分析，生物信息学，SV注释，测序数据分析。
肿瘤突变负荷与微卫星不稳定性计算器Skill tmb-msi-calculator
该技能主要用于计算肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性，为免疫治疗提供关键生物标志物评估。通过分析基因测序数据，预测新抗原，整合HLA分型，并生成临床报告，帮助医生制定个性化免疫治疗方案。关键词：肿瘤突变负荷，微卫星不稳定性，免疫治疗，生物标志物，新抗原预测，临床基因组学，肿瘤学，TMB，MSI，精准医疗。
生物反应器培养方案生成器Skill bioreactor-protocol-generator
生物反应器培养方案生成器是一款专为组织工程领域设计的技能工具，用于自动化生成和优化生物反应器中组织构建物的成熟培养方案。它整合了机械调节、灌注参数优化、气体交换计算、培养基配方指导及无菌流程管理等核心功能，帮助研究人员高效开发标准化、可重复的培养流程，加速组织工程产品的研发与生产。关键词：生物反应器，组织工程，培养方案，机械调节，灌注培养，无菌技术，质量控制，组织成熟，生物医学工程。
Ensembl基因组数据库查询技能Skill ensembl-database
本技能用于通过REST API高效查询Ensembl基因组数据库，支持基因信息检索、DNA序列获取、变异效果预测、比较基因组学分析等功能，关键词包括Ensembl数据库、基因查询、序列分析、变异预测、比较基因组学，适用于生物信息学和基因组学研究。
BoltzGen全原子蛋白质设计工具Skill boltzgen
BoltzGen是一款基于扩散模型的全原子蛋白质设计工具，专门用于生成具有精确侧链构象和结合几何结构的蛋白质。它支持蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、抗体/纳米抗体CDR区以及环状肽的设计，适用于药物发现、酶工程和生物制剂开发等领域。关键词：蛋白质设计，全原子扩散，侧链建模，结合剂设计，AI生物计算，药物研发，结构预测，YAML配置，BoltzGen教程。
无细胞蛋白合成优化指南Skill cell-free-expression
本指南提供了无细胞蛋白合成（CFPS）的全面优化方案，涵盖系统选择、问题排查、密码子优化、模板设计、二硫键形成、可溶性增强等关键环节。适用于生物医药研发人员、合成生物学家、蛋白工程师进行体外蛋白表达实验设计、疑难蛋白表达优化和产量提升。关键词：无细胞蛋白合成，CFPS，蛋白表达优化，密码子优化，二硫键形成，可溶性标签，分子伴侣，体外翻译。
ESM2蛋白质语言模型Skill esm
ESM2蛋白质语言模型是一种基于深度学习的生物信息学工具，专门用于蛋白质序列分析和设计。它能够计算蛋白质序列的伪对数似然分数来评估序列合理性，生成高维嵌入表示用于聚类和多样性分析，并支持零样本变体效应预测。该工具适用于蛋白质工程、药物研发和生物信息学研究，帮助研究人员筛选天然样序列、分析序列-功能关系以及优化蛋白质设计。关键词：蛋白质语言模型，ESM2，序列评分，嵌入表示，变体效应预测，蛋白质设计，生物信息学，深度学习，AI生物技术。
Foldseek结构搜索Skill foldseek
Foldseek结构搜索技能是一个用于蛋白质三维结构相似性搜索与分析的生物信息学工具。它能够高效地在PDB、AlphaFold等大型结构数据库中，通过三维空间构象而非氨基酸序列，查找相似结构、进行结构比对、发现远缘同源物以及聚类分析。该工具对于蛋白质设计、功能注释、进化研究和药物发现等领域至关重要。关键词：Foldseek，结构相似性搜索，蛋白质结构，生物信息学，AlphaFold，PDB数据库，结构比对，同源建模。