生物医药 Skill技能列表
UniProt蛋白质数据库访问工具Skill uniprot
UniProt蛋白质数据库访问工具是一个专门用于检索蛋白质序列和注释信息的技能。通过UniProt REST API，用户可以快速获取蛋白质的FASTA序列、功能注释、结构域边界、同源蛋白、变异体信息，并能交叉引用PDB结构数据库。该工具支持通过登录号、基因名称等多种方式查询，适用于生物信息学分析、蛋白质工程、药物研发等领域。关键词：UniProt数据库，蛋白质序列，功能注释，结构域分析，PDB交叉引用，生物信息学工具，REST API访问
ProteinMPNN蛋白质序列设计工具Skill proteinmpnn
ProteinMPNN是一款基于深度学习的蛋白质逆折叠设计工具，能够根据给定的蛋白质三维骨架结构，快速生成具有特定功能的氨基酸序列。该工具适用于蛋白质工程、药物设计、酶优化等领域，支持固定残基设计、多状态设计、表达优化等高级功能。关键词：蛋白质设计、逆折叠、序列生成、AI蛋白质工程、深度学习、生物信息学、药物发现、酶工程。
ClinVar数据库查询技能Skill clinvar-database
这个技能用于查询和分析NCBI ClinVar数据库，获取人类遗传变异的临床意义分类，支持基因组医学研究、临床决策、VCF注释和数据分析。关键词：ClinVar, 遗传变异, 临床意义, 基因组医学, 生物信息学, 分子诊断, 数据查询。
scvi-toolsSkill scvi-tools
scvi-tools 是一个用于单细胞组学数据分析的 Python 框架，基于深度生成模型和变分推断，支持多种单细胞数据模态，如 scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq 等，用于概率建模、批次校正、降维、差异表达分析、细胞类型注释等任务。关键词：单细胞测序、数据分析、Python、深度学习、变分推断、生物信息学、批次校正、scVI、scANVI、概率模型、单细胞组学。
Foldseek结构搜索Skill foldseek
Foldseek结构搜索技能是一个用于蛋白质三维结构相似性搜索与分析的生物信息学工具。它能够高效地在PDB、AlphaFold等大型结构数据库中，通过三维空间构象而非氨基酸序列，查找相似结构、进行结构比对、发现远缘同源物以及聚类分析。该工具对于蛋白质设计、功能注释、进化研究和药物发现等领域至关重要。关键词：Foldseek，结构相似性搜索，蛋白质结构，生物信息学，AlphaFold，PDB数据库，结构比对，同源建模。
ipSAE结合剂设计排序工具Skill ipsae
ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具，专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出，通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂，其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词：ipSAE，蛋白质设计，结合剂排序，AlphaFold，生物信息学，结构预测，蛋白质相互作用，评分函数
HPO表型匹配器Skill hpo-phenotype-matcher
HPO表型匹配技能是一个生物信息学工具，专门用于人类表型本体分析，实现表型驱动的基因优先排序。该技能通过HPO术语匹配、基因-表型关联评分、语义相似性分析等功能，帮助临床基因组学研究人员将患者表型与基因变异关联，支持罕见病诊断和临床变异解读。关键词：人类表型本体、HPO、表型匹配、基因优先排序、临床基因组学、罕见病诊断、生物信息学、语义相似性、Exomiser集成。
GIAB基准验证器Skill giab-benchmark-validator
GIAB基准验证技能是一个用于评估基因组测序分析流程准确性的生物信息学工具。它通过将测序结果与“瓶中基因组”权威真值集进行比对，计算灵敏度、特异性等关键指标，并支持按不同基因组区域和变异类型进行分层分析，特别关注困难区域的性能评估，最终生成全面的验证报告。该技能是基因组数据分析、生物信息学流程验证、测序准确性评估、GIAB基准测试和变异检测质量控制的专业工具。
可溶性MPNNSkill solublempnn
SolubleMPNN是一种基于深度学习的蛋白质序列设计工具，专门用于优化蛋白质的可溶性表达。该技能通过训练模型预测和设计更易在大肠杆菌等系统中表达、减少聚集倾向的蛋白质序列。主要应用于生物医药研发、蛋白质工程、药物发现等领域，帮助研究人员解决蛋白质表达难题，提高实验成功率。关键词：蛋白质设计，可溶性优化，大肠杆菌表达，深度学习，生物信息学，序列设计，反向折叠，AI生物技术。
蛋白质设计工具环境初始化Skill setup
本技能用于指导用户完成蛋白质设计工具（如BoltzGen、RFdiffusion、Chai）的首次环境设置与配置。核心内容包括Modal CLI安装、身份验证、biomodals仓库克隆、GPU选择及常见问题排查。关键词：蛋白质设计，AI生物计算，环境配置，Modal云平台，BoltzGen，RFdiffusion，Chai，生物信息学工具。
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类
QIIME2微生物组分析器Skill qiime2-microbiome-analyzer
QIIME2 微生物组分析技能，专注于 16S rRNA 基因测序数据的处理与分析。核心功能包括：利用 DADA2 算法进行序列降噪和质量控制、对微生物群落进行物种分类学鉴定、计算 Alpha 和 Beta 多样性指标以评估群落结构与差异、进行差异丰度检验以识别关键物种，并支持系统发育分析。适用于肠道、环境、口腔等各类微生物组研究，是生物信息学和宏基因组学领域的关键分析工具。 关键词：QIIME2，微生物组分析，16S rRNA，宏基因组学，生物信息学，多样性分析，DADA2，物种分类，差异丰度