生物医药 Skill技能列表
Perseus统计分析器Skill perseus-statistical-analyzer
Perseus统计分析器是一款专业的蛋白质组学数据分析工具，专注于提供完整的统计分析和可视化解决方案。该技能支持缺失值填补、数据标准化、多种统计检验（如t检验、方差分析）、层次聚类、主成分分析（PCA）和富集分析，并能生成可直接用于发表的图表。它适用于生物信息学研究人员、蛋白质组学数据分析师，帮助处理质谱数据，进行差异表达分析和多组学数据整合。 关键词：蛋白质组学数据分析，Perseus统计，生物信息学工具，质谱数据处理，缺失值填补，数据标准化，统计检验，层次聚类，主成分分析，富集分析，数据可视化，发表级图表，多组学整合
Benchling集成Skill benchling-integration
本技能用于通过Benchling平台的Python SDK和REST API，实现生命科学研发数据的自动化管理，包括注册表实体（DNA、蛋白质）、库存、电子实验室笔记本、工作流等，支持数据查询和事件驱动集成。关键词：Benchling集成, 生命科学数据管理, Python SDK, REST API, 自动化工作流, 数据仓库查询, 生物医药研发。
scvi-toolsSkill scvi-tools
scvi-tools 是一个用于单细胞组学数据分析的 Python 框架，基于深度生成模型和变分推断，支持多种单细胞数据模态，如 scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq 等，用于概率建模、批次校正、降维、差异表达分析、细胞类型注释等任务。关键词：单细胞测序、数据分析、Python、深度学习、变分推断、生物信息学、批次校正、scVI、scANVI、概率模型、单细胞组学。
Nextflow管道执行器Skill nextflow-pipeline-executor
Nextflow管道执行器是一个用于管理和执行生物信息学分析工作流的专业技能。它支持DSL2语法、容器化部署和云平台集成，确保分析流程的可重复性和可扩展性。关键词：Nextflow工作流、生物信息学管道、可重复研究、容器化、云执行、DSL2、nf-core、工作流管理。
STRING数据库查询与分析技能Skill string-database
该技能用于通过STRING数据库的API进行蛋白质-蛋白质相互作用查询、网络分析、功能富集和系统生物学研究，涵盖关键词：蛋白质相互作用、STRING数据库、网络分析、功能富集、系统生物学、生物信息学。
基因组分析工具包GtarsSkill gtars
Gtars是一款基于Rust的高性能基因组分析工具包，提供Python绑定，专门用于基因组区间数据处理、BED文件操作、覆盖轨迹生成、重叠检测、机器学习令牌化和片段分析。适用于生物信息学、计算基因组学和机器学习应用，关键词包括基因组分析、Rust工具包、Python绑定、覆盖分析、令牌化、生物信息学。
基因数据库查询技能Skill gene-database
NCBI基因数据库查询技能，用于通过E-utilities和Datasets API搜索基因信息，包括基因符号、ID、序列、功能注释、通路分析等，支持批量查询和基因注释，适用于生物信息学研究和功能分析。关键词：基因数据库，NCBI，API查询，基因信息，功能分析，生物信息学。
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类
ESM：进化规模建模Skill esm
ESM技能是一个基于深度学习的蛋白质语言模型工具包，用于蛋白质序列生成、结构预测、功能注释和嵌入生成。它支持ESM3和ESM C模型，适用于蛋白质设计、药物发现和生物工程应用，关键词：蛋白质语言模型，ESM，蛋白质设计，序列生成，结构预测，AI生成内容，生物医药。
DeepVariant变异检测器Skill deepvariant-caller
DeepVariant变异检测技能是一个基于深度学习的生物信息学工具，专门用于高精度检测基因组中的单核苷酸变异和插入缺失。该技能支持GPU加速、多种测序模式选择、模型定制化训练和容器化部署，适用于全基因组测序、外显子组测序和长读长测序数据分析。关键词：DeepVariant变异检测、深度学习基因组分析、SNV插入缺失检测、生物信息学工具、GPU加速测序分析、容器化生物信息流程。
吸光度板阅读器自动化技能Skill opentrons-absorbance-reader
这个技能用于在Opentrons Flex平台上自动化进行微板吸光度测量，支持单波长和多波长读取（450、562、600、650纳米），适用于ELISA、细胞生长监测、比色测定和动力学实验等生物医药应用。关键词：吸光度测量、自动化、ELISA、细胞密度、分光光度计、Opentrons Flex、生物实验、数据导出。