生物医药 Skill技能列表

ESM:进化规模建模Skill esm

4.5

ESM技能是一个基于深度学习的蛋白质语言模型工具包,用于蛋白质序列生成、结构预测、功能注释和嵌入生成。它支持ESM3和ESM C模型,适用于蛋白质设计、药物发现和生物工程应用,关键词:蛋白质语言模型,ESM,蛋白质设计,序列生成,结构预测,AI生成内容,生物医药。

Opentrons温度模块Skill opentrons-temperature-module

4.5

Opentrons温度模块技能用于在Opentrons自动化协议中实现精确温度控制,支持4-95°C范围的加热和冷却,适用于生物实验中的样本存储、酶反应和温度敏感协议。关键词:Opentrons、温度模块、实验室自动化、生物实验、温度控制、PCR、酶反应

组织工程支架设计优化器Skill scaffold-design-optimizer

4.5

组织工程支架设计优化器是一款专注于生物医学工程领域的专业工具,用于优化组织再生支架的孔隙结构、孔隙率和力学性能。该技能通过CAD建模、有限元分析和性能预测,为骨、软骨、皮肤、血管和神经等目标组织提供定制化的支架设计方案,并生成制造参数和细胞接种协议,确保支架在降解速率、机械强度和营养传输等方面达到临床应用要求。 关键词:组织工程,支架设计,孔隙率优化,生物材料,CAD建模,有限元分析,组织再生,生物医学工程,降解建模,细胞接种

融合基因检测器Skill fusion-gene-detector

4.5

融合基因检测器是一款专为肿瘤学应用设计的生物信息学工具,通过整合STAR-Fusion、Arriba、FusionCatcher等多重检测算法,实现对RNA和DNA样本中融合基因的高灵敏度检测与共识分析。该技能提供融合事件可视化、已知数据库注释及临床可操作性评估功能,支持肿瘤分子谱分析和RNA-seq差异表达分析流程集成。关键词:融合基因检测,肿瘤基因组学,RNA-seq分析,生物信息学工具,临床基因组学,多算法整合,癌症诊断,基因融合可视化。

基因数据库查询技能Skill gene-database

4.5

NCBI基因数据库查询技能,用于通过E-utilities和Datasets API搜索基因信息,包括基因符号、ID、序列、功能注释、通路分析等,支持批量查询和基因注释,适用于生物信息学研究和功能分析。关键词:基因数据库,NCBI,API查询,基因信息,功能分析,生物信息学。

Benchling集成Skill benchling-integration

4.5

本技能用于通过Benchling平台的Python SDK和REST API,实现生命科学研发数据的自动化管理,包括注册表实体(DNA、蛋白质)、库存、电子实验室笔记本、工作流等,支持数据查询和事件驱动集成。关键词:Benchling集成, 生命科学数据管理, Python SDK, REST API, 自动化工作流, 数据仓库查询, 生物医药研发。

生物Python计算工具包Skill biopython

4.5

Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包,用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词:生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。

癌症突变数据库Skill cosmic-database

4.5

这个技能用于访问和下载COSMIC(癌症体细胞突变目录)数据库,提供癌症基因突变、癌症基因普查、突变签名、基因融合等数据,支持癌症研究、精准医疗和生物信息学分析。关键词:癌症突变、基因数据库、生物信息学、数据分析、精准医疗、癌症研究。

DeepVariant变异检测器Skill deepvariant-caller

4.5

DeepVariant变异检测技能是一个基于深度学习的生物信息学工具,专门用于高精度检测基因组中的单核苷酸变异和插入缺失。该技能支持GPU加速、多种测序模式选择、模型定制化训练和容器化部署,适用于全基因组测序、外显子组测序和长读长测序数据分析。关键词:DeepVariant变异检测、深度学习基因组分析、SNV插入缺失检测、生物信息学工具、GPU加速测序分析、容器化生物信息流程。

三文鱼定量器Skill salmon-quantifier

4.5

Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具,专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法,能够快速准确地计算基因表达水平,支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词:RNA测序定量,转录组分析,Salmon伪比对,基因表达计算,生物信息学工具,差异表达分析,单细胞RNA-seq,GC偏差校正,转录本丰度估计

Nextflow管道执行器Skill nextflow-pipeline-executor

4.5

Nextflow管道执行器是一个用于管理和执行生物信息学分析工作流的专业技能。它支持DSL2语法、容器化部署和云平台集成,确保分析流程的可重复性和可扩展性。关键词:Nextflow工作流、生物信息学管道、可重复研究、容器化、云执行、DSL2、nf-core、工作流管理。

基因组分析工具包GtarsSkill gtars

4.5

Gtars是一款基于Rust的高性能基因组分析工具包,提供Python绑定,专门用于基因组区间数据处理、BED文件操作、覆盖轨迹生成、重叠检测、机器学习令牌化和片段分析。适用于生物信息学、计算基因组学和机器学习应用,关键词包括基因组分析、Rust工具包、Python绑定、覆盖分析、令牌化、生物信息学。