生物医药 Skill技能列表
MaxQuant质谱分析处理器Skill maxquant-processor
MaxQuant质谱分析处理器是一款专业的生物信息学工具,专门用于蛋白质组学数据的处理和解析。该技能基于MaxQuant软件,集成了Andromeda搜索引擎,支持无标记定量(LFQ)和TMT/iTRAQ等标记定量技术,具备运行间匹配、假发现率(FDR)控制、翻译后修饰(PTM)位点定位等核心功能。适用于科研人员、生物技术公司和制药企业进行大规模蛋白质鉴定、定量分析和生物标志物发现。关键词:MaxQuant,质谱分析,蛋白质鉴定,蛋白质定量,生物信息学,蛋白质组学,LFQ,TMT,PTM,FDR控制。
Benchling平台集成技能Skill benchling-integration
这个技能用于通过Python SDK和REST API集成Benchling生命科学研发平台,实现DNA序列、蛋白质注册表、库存管理、电子实验室笔记本和工作流的数据自动化管理。适用于生物医药研发、数据同步、事件驱动集成和数据分析,关键词包括Benchling、API集成、生命科学、数据管理、自动化、Python SDK、生物信息学。
BUSCO-basedPhylogenomicsWorkflowGeneratorSkill busco-phylogeny
这个技能提供了从基因组组装中使用单拷贝直系同源基因生成全面的、调度器感知的工作流程的系统发育学专业知识。
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具,专门用于识别和分析基因组中的结构变异,包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法,支持分裂读段和配对末端分析,提供SV注释、可视化及多方法验证功能,适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词:结构变异检测,拷贝数变异,基因组分析,生物信息学,SV注释,测序数据分析。
STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner
STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具,专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对,精准识别基因的剪接位点,支持双程比对模式以发现新的剪接变异,并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据,并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成,是转录组学研究中的核心比对工具。关键词:RNA-seq, 转录组学, 剪接比对, STAR, 基因定量, 质量控制, 生物信息学, 基因融合, 差异表达。
DNAnexus集成平台Skill dnanexus-integration
DNAnexus集成技能是一个用于DNAnexus云基因组学平台的开发和管理工具。它支持应用开发、数据操作、作业执行、Python SDK使用和配置管理,适用于生物信息学管道开发和执行。关键词:DNAnexus, 云计算, 基因组学, 数据分析, Python SDK, 工作流自动化, 生物信息学, 数据管理, 云原生, 管道执行。
GA4GH标准验证器Skill ga4gh-standards-validator
GA4GH 标准验证器是一个用于确保基因组数据共享与互操作性的合规性检查工具。它专注于验证 VCF/BAM 等生物信息学文件格式、测试 htsget API 和 Beacon 协议、检查 DRS/WES/TES 工作流标准,并进行数据模型验证与互操作性测试。关键词:GA4GH 标准,数据共享,互操作性,基因组学,合规性验证,生物信息学工具,API 测试,数据模型。