生物医药 Skill技能列表

Biopython工具包Skill biopython

4.5

Biopython是一个用于计算分子生物学的Python工具包,提供序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析、系统发育学等功能,适用于生物信息学和科研数据分析。关键词:生物信息学、Python、序列分析、BLAST、NCBI、分子生物学、计算生物学、基因工程。

STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner

4.5

STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具,专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对,精准识别基因的剪接位点,支持双程比对模式以发现新的剪接变异,并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据,并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成,是转录组学研究中的核心比对工具。关键词:RNA-seq, 转录组学, 剪接比对, STAR, 基因定量, 质量控制, 生物信息学, 基因融合, 差异表达。

BUSCO-basedPhylogenomicsWorkflowGeneratorSkill busco-phylogeny

4.5

这个技能提供了从基因组组装中使用单拷贝直系同源基因生成全面的、调度器感知的工作流程的系统发育学专业知识。

DNAnexus集成平台Skill dnanexus-integration

4.5

DNAnexus集成技能是一个用于DNAnexus云基因组学平台的开发和管理工具。它支持应用开发、数据操作、作业执行、Python SDK使用和配置管理,适用于生物信息学管道开发和执行。关键词:DNAnexus, 云计算, 基因组学, 数据分析, Python SDK, 工作流自动化, 生物信息学, 数据管理, 云原生, 管道执行。

结构变异检测器Skill structural-variant-detector

4.5

结构变异检测器技能是一个生物信息学工具,专门用于识别和分析基因组中的结构变异,包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法,支持分裂读段和配对末端分析,提供SV注释、可视化及多方法验证功能,适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词:结构变异检测,拷贝数变异,基因组分析,生物信息学,SV注释,测序数据分析。

GA4GH标准验证器Skill ga4gh-standards-validator

4.5

GA4GH 标准验证器是一个用于确保基因组数据共享与互操作性的合规性检查工具。它专注于验证 VCF/BAM 等生物信息学文件格式、测试 htsget API 和 Beacon 协议、检查 DRS/WES/TES 工作流标准,并进行数据模型验证与互操作性测试。关键词:GA4GH 标准,数据共享,互操作性,基因组学,合规性验证,生物信息学工具,API 测试,数据模型。

ipSAE结合剂设计排序工具Skill ipsae

4.5

ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具,专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出,通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂,其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词:ipSAE,蛋白质设计,结合剂排序,AlphaFold,生物信息学,结构预测,蛋白质相互作用,评分函数