生物医药 Skill技能列表

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生物Python计算工具包Skill biopython

4.5

Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包,用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词:生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。

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STRING网络分析器Skill string-network-analyzer

4.5

STRING网络分析器是一款生物信息学工具,专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系,进行网络聚类识别功能模块,执行GO、KEGG等通路富集分析,并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词:蛋白质相互作用网络,功能富集分析,网络可视化,STRING数据库,生物信息学,蛋白质组学,Cytoscape,网络聚类

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adaptyvSkill adaptyv

4.5

Adaptyv是一个云实验室平台,专注于自动化蛋白质测试和验证服务。它提供结合测定、表达测试、热稳定性测量和酶活性测定等多种实验类型,支持通过API提交实验、跟踪状态和下载结果。平台还包括蛋白质序列优化工具,如NetSolP、SolubleMPNN等,以提高表达和稳定性。适用于生物医药研究、蛋白质设计、高通量AI驱动工作流和CRO服务,关键词包括云实验室、蛋白质测试、自动化验证、API集成、生物医药、CRO、AI驱动。

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DeepVariant变异检测器Skill deepvariant-caller

4.5

DeepVariant变异检测技能是一个基于深度学习的生物信息学工具,专门用于高精度检测基因组中的单核苷酸变异和插入缺失。该技能支持GPU加速、多种测序模式选择、模型定制化训练和容器化部署,适用于全基因组测序、外显子组测序和长读长测序数据分析。关键词:DeepVariant变异检测、深度学习基因组分析、SNV插入缺失检测、生物信息学工具、GPU加速测序分析、容器化生物信息流程。

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生物服务Skill bioservices

4.5

BioServices 是一个统一的 Python 接口,用于访问 40 多个生物信息学服务,如 UniProt、KEGG、ChEMBL 等。它支持跨数据库分析、ID 映射、序列分析和多资源集成,适用于生物信息学研究和工作流自动化。关键词:生物信息学、Python、UniProt、KEGG、序列分析、标识符映射、数据库查询。

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Biopython工具包Skill biopython

4.5

Biopython是一个用于计算分子生物学的Python工具包,提供序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析、系统发育学等功能,适用于生物信息学和科研数据分析。关键词:生物信息学、Python、序列分析、BLAST、NCBI、分子生物学、计算生物学、基因工程。

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MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer

4.5

MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具,专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制,计算基因必需性评分,执行通路富集分析,并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词:CRISPR筛选,基因必需性评分,生物信息学,MAGeCK,通路富集,基因编辑,高通量测序分析。

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肿瘤突变负荷与微卫星不稳定性计算器Skill tmb-msi-calculator

4.5

该技能主要用于计算肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性,为免疫治疗提供关键生物标志物评估。通过分析基因测序数据,预测新抗原,整合HLA分型,并生成临床报告,帮助医生制定个性化免疫治疗方案。关键词:肿瘤突变负荷,微卫星不稳定性,免疫治疗,生物标志物,新抗原预测,临床基因组学,肿瘤学,TMB,MSI,精准医疗。

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ChEMBL数据库查询技能Skill chembl-database

4.5

该技能提供对 ChEMBL 生物活性分子数据库的程序化访问,支持化合物搜索、生物活性数据检索(如 IC50、Ki)、药物发现研究和结构相似性分析,适用于药物化学、生物信息学和药物研发领域。关键词:ChEMBL 数据库、生物活性分子、药物发现、化合物搜索、生物活性数据、药物化学、生物信息学、药物研发。

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Opentrons加热摇床模块Skill opentrons-heater-shaker

4.5

Opentrons加热摇床模块技能用于自动化实验室中的加热和摇床操作,提供精确的温度控制(37-95°C)和轨道混合(200-3000 rpm),适用于细胞培养、酶反应、细菌转化、ELISA洗涤等需要温度控制搅拌的协议。关键词:Opentrons、加热摇床、实验室自动化、细胞培养、酶反应、温度控制、摇床混合。

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Pysam基因组文件处理工具Skill pysam

4.5

Pysam是一个用于处理基因组文件的Python模块,支持读写SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列文件,用于下一代测序(NGS)数据分析、覆盖度计算和生物信息学工作流。关键词:基因组、Python、生物信息学、NGS、数据分析、文件处理、变异分析。

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Benchling平台集成技能Skill benchling-integration

4.5

这个技能用于通过Python SDK和REST API集成Benchling生命科学研发平台,实现DNA序列、蛋白质注册表、库存管理、电子实验室笔记本和工作流的数据自动化管理。适用于生物医药研发、数据同步、事件驱动集成和数据分析,关键词包括Benchling、API集成、生命科学、数据管理、自动化、Python SDK、生物信息学。