生物医药 Skill技能列表
ipSAE结合剂设计排序工具Skill ipsae
ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具，专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出，通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂，其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词：ipSAE，蛋白质设计，结合剂排序，AlphaFold，生物信息学，结构预测，蛋白质相互作用，评分函数
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具，专门用于识别和分析基因组中的结构变异，包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法，支持分裂读段和配对末端分析，提供SV注释、可视化及多方法验证功能，适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词：结构变异检测，拷贝数变异，基因组分析，生物信息学，SV注释，测序数据分析。
Foldseek结构搜索Skill foldseek
Foldseek结构搜索技能是一个用于蛋白质三维结构相似性搜索与分析的生物信息学工具。它能够高效地在PDB、AlphaFold等大型结构数据库中，通过三维空间构象而非氨基酸序列，查找相似结构、进行结构比对、发现远缘同源物以及聚类分析。该工具对于蛋白质设计、功能注释、进化研究和药物发现等领域至关重要。关键词：Foldseek，结构相似性搜索，蛋白质结构，生物信息学，AlphaFold，PDB数据库，结构比对，同源建模。
STRING数据库查询与分析技能Skill string-database
该技能用于通过STRING数据库的API进行蛋白质-蛋白质相互作用查询、网络分析、功能富集和系统生物学研究，涵盖关键词：蛋白质相互作用、STRING数据库、网络分析、功能富集、系统生物学、生物信息学。
三文鱼定量器Skill salmon-quantifier
Salmon定量分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的转录本定量分析。该技能采用先进的伪比对算法，能够快速准确地计算基因表达水平，支持GC偏差校正、多重比对解析和统计不确定性评估。主要应用于转录组学研究、差异基因表达分析和单细胞测序数据处理。 关键词：RNA测序定量，转录组分析，Salmon伪比对，基因表达计算，生物信息学工具，差异表达分析，单细胞RNA-seq，GC偏差校正，转录本丰度估计
MEGAHIT宏基因组组装器Skill megahit-assembler
MEGAHIT宏基因组组装技能是一款专门用于从高通量测序产生的短读序列中重建微生物基因组的生物信息学工具。该技能支持内存高效组装、多种k-mer策略选择、重叠群质量评估和大数据集处理，适用于宏基因组学研究、微生物群落分析、环境样本测序数据分析等场景。关键词：宏基因组组装、MEGAHIT、基因组重建、短读序列、生物信息学、微生物基因组、重叠群分析、k-mer策略。
MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer
MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制，计算基因必需性评分，执行通路富集分析，并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词：CRISPR筛选，基因必需性评分，生物信息学，MAGeCK，通路富集，基因编辑，高通量测序分析。
肿瘤突变负荷与微卫星不稳定性计算器Skill tmb-msi-calculator
该技能主要用于计算肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性，为免疫治疗提供关键生物标志物评估。通过分析基因测序数据，预测新抗原，整合HLA分型，并生成临床报告，帮助医生制定个性化免疫治疗方案。关键词：肿瘤突变负荷，微卫星不稳定性，免疫治疗，生物标志物，新抗原预测，临床基因组学，肿瘤学，TMB，MSI，精准医疗。
GA4GH标准验证器Skill ga4gh-standards-validator
GA4GH 标准验证器是一个用于确保基因组数据共享与互操作性的合规性检查工具。它专注于验证 VCF/BAM 等生物信息学文件格式、测试 htsget API 和 Beacon 协议、检查 DRS/WES/TES 工作流标准，并进行数据模型验证与互操作性测试。关键词：GA4GH 标准，数据共享，互操作性，基因组学，合规性验证，生物信息学工具，API 测试，数据模型。
Benchling平台集成技能Skill benchling-integration
这个技能用于通过Python SDK和REST API集成Benchling生命科学研发平台，实现DNA序列、蛋白质注册表、库存管理、电子实验室笔记本和工作流的数据自动化管理。适用于生物医药研发、数据同步、事件驱动集成和数据分析，关键词包括Benchling、API集成、生命科学、数据管理、自动化、Python SDK、生物信息学。
生物Python计算工具包Skill biopython
Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包，用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词：生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。