生物医药 Skill技能列表
ChEMBL数据库查询技能Skill chembl-database
这个技能用于程序化查询ChEMBL数据库，支持化合物搜索、生物活性数据检索、药物发现等功能，适用于药物研发、医学化学研究和数据分析。关键词：ChEMBL, 药物发现, 化合物, 生物活性, IC50, Ki, 医学化学, 数据查询。
Pysam基因组文件处理工具Skill pysam
Pysam是一个用于处理基因组文件的Python模块，支持读写SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列文件，用于下一代测序（NGS）数据分析、覆盖度计算和生物信息学工作流。关键词：基因组、Python、生物信息学、NGS、数据分析、文件处理、变异分析。
STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner
STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对，精准识别基因的剪接位点，支持双程比对模式以发现新的剪接变异，并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据，并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成，是转录组学研究中的核心比对工具。关键词：RNA-seq， 转录组学， 剪接比对， STAR， 基因定量， 质量控制， 生物信息学， 基因融合， 差异表达。
肿瘤突变负荷与微卫星不稳定性计算器Skill tmb-msi-calculator
该技能主要用于计算肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性，为免疫治疗提供关键生物标志物评估。通过分析基因测序数据，预测新抗原，整合HLA分型，并生成临床报告，帮助医生制定个性化免疫治疗方案。关键词：肿瘤突变负荷，微卫星不稳定性，免疫治疗，生物标志物，新抗原预测，临床基因组学，肿瘤学，TMB，MSI，精准医疗。
MaxQuant质谱分析处理器Skill maxquant-processor
MaxQuant质谱分析处理器是一款专业的生物信息学工具，专门用于蛋白质组学数据的处理和解析。该技能基于MaxQuant软件，集成了Andromeda搜索引擎，支持无标记定量（LFQ）和TMT/iTRAQ等标记定量技术，具备运行间匹配、假发现率（FDR）控制、翻译后修饰（PTM）位点定位等核心功能。适用于科研人员、生物技术公司和制药企业进行大规模蛋白质鉴定、定量分析和生物标志物发现。关键词：MaxQuant，质谱分析，蛋白质鉴定，蛋白质定量，生物信息学，蛋白质组学，LFQ，TMT，PTM，FDR控制。
GIAB基准验证器Skill giab-benchmark-validator
GIAB基准验证技能是一个用于评估基因组测序分析流程准确性的生物信息学工具。它通过将测序结果与“瓶中基因组”权威真值集进行比对，计算灵敏度、特异性等关键指标，并支持按不同基因组区域和变异类型进行分层分析，特别关注困难区域的性能评估，最终生成全面的验证报告。该技能是基因组数据分析、生物信息学流程验证、测序准确性评估、GIAB基准测试和变异检测质量控制的专业工具。
BUSCO-basedPhylogenomicsWorkflowGeneratorSkill busco-phylogeny
这个技能提供了从基因组组装中使用单拷贝直系同源基因生成全面的、调度器感知的工作流程的系统发育学专业知识。
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具，专门用于识别和分析基因组中的结构变异，包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法，支持分裂读段和配对末端分析，提供SV注释、可视化及多方法验证功能，适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词：结构变异检测，拷贝数变异，基因组分析，生物信息学，SV注释，测序数据分析。
DNAnexus集成平台Skill dnanexus-integration
DNAnexus集成技能是一个用于DNAnexus云基因组学平台的开发和管理工具。它支持应用开发、数据操作、作业执行、Python SDK使用和配置管理，适用于生物信息学管道开发和执行。关键词：DNAnexus, 云计算, 基因组学, 数据分析, Python SDK, 工作流自动化, 生物信息学, 数据管理, 云原生, 管道执行。
Benchling平台集成技能Skill benchling-integration
这个技能用于通过Python SDK和REST API集成Benchling生命科学研发平台，实现DNA序列、蛋白质注册表、库存管理、电子实验室笔记本和工作流的数据自动化管理。适用于生物医药研发、数据同步、事件驱动集成和数据分析，关键词包括Benchling、API集成、生命科学、数据管理、自动化、Python SDK、生物信息学。
生物Python计算工具包Skill biopython
Biopython是一个全面的Python生物信息学工具包，用于序列处理、文件解析、数据库访问、结构分析和系统发育等计算分子生物学任务。关键词：生物信息学、Python、序列分析、NCBI、BLAST、分子生物学、基因工程。
MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer
MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制，计算基因必需性评分，执行通路富集分析，并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词：CRISPR筛选，基因必需性评分，生物信息学，MAGeCK，通路富集，基因编辑，高通量测序分析。