生物医药 Skill技能列表
蛋白质设计工作流Skill protein-design-workflow
本技能提供蛋白质设计的端到端流程指导，涵盖从靶标准备、骨架生成、序列设计到结构验证和筛选的完整工作流。适用于生物医药、合成生物学、药物研发等领域的蛋白质工程和设计项目。关键词：蛋白质设计、工作流、AI蛋白质设计、RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold、结构预测、生物信息学、计算生物学。
蛋白质数据库访问工具Skill pdb
这是一个用于访问和操作RCSB蛋白质数据库（PDB）的专业工具。主要功能包括：蛋白质结构下载、PDB文件解析、链提取、结构域分析、界面残基识别、序列相似性搜索等。适用于生物信息学分析、药物设计、蛋白质工程和结构生物学研究。关键词：蛋白质结构，PDB数据库，生物信息学，结构分析，药物设计，RCSB API，蛋白质工程，生物分子建模。
ipSAE结合剂设计排序工具Skill ipsae
ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具，专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出，通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂，其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词：ipSAE，蛋白质设计，结合剂排序，AlphaFold，生物信息学，结构预测，蛋白质相互作用，评分函数
Foldseek结构搜索Skill foldseek
Foldseek结构搜索技能是一个用于蛋白质三维结构相似性搜索与分析的生物信息学工具。它能够高效地在PDB、AlphaFold等大型结构数据库中，通过三维空间构象而非氨基酸序列，查找相似结构、进行结构比对、发现远缘同源物以及聚类分析。该工具对于蛋白质设计、功能注释、进化研究和药物发现等领域至关重要。关键词：Foldseek，结构相似性搜索，蛋白质结构，生物信息学，AlphaFold，PDB数据库，结构比对，同源建模。
可溶性MPNNSkill solublempnn
SolubleMPNN是一种基于深度学习的蛋白质序列设计工具，专门用于优化蛋白质的可溶性表达。该技能通过训练模型预测和设计更易在大肠杆菌等系统中表达、减少聚集倾向的蛋白质序列。主要应用于生物医药研发、蛋白质工程、药物发现等领域，帮助研究人员解决蛋白质表达难题，提高实验成功率。关键词：蛋白质设计，可溶性优化，大肠杆菌表达，深度学习，生物信息学，序列设计，反向折叠，AI生物技术。
无细胞蛋白合成优化指南Skill cell-free-expression
本指南提供了无细胞蛋白合成（CFPS）的全面优化方案，涵盖系统选择、问题排查、密码子优化、模板设计、二硫键形成、可溶性增强等关键环节。适用于生物医药研发人员、合成生物学家、蛋白工程师进行体外蛋白表达实验设计、疑难蛋白表达优化和产量提升。关键词：无细胞蛋白合成，CFPS，蛋白表达优化，密码子优化，二硫键形成，可溶性标签，分子伴侣，体外翻译。
BoltzGen全原子蛋白质设计工具Skill boltzgen
BoltzGen是一款基于扩散模型的全原子蛋白质设计工具，专门用于生成具有精确侧链构象和结合几何结构的蛋白质。它支持蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、抗体/纳米抗体CDR区以及环状肽的设计，适用于药物发现、酶工程和生物制剂开发等领域。关键词：蛋白质设计，全原子扩散，侧链建模，结合剂设计，AI生物计算，药物研发，结构预测，YAML配置，BoltzGen教程。
组织工程支架设计优化器Skill scaffold-design-optimizer
组织工程支架设计优化器是一款专注于生物医学工程领域的专业工具，用于优化组织再生支架的孔隙结构、孔隙率和力学性能。该技能通过CAD建模、有限元分析和性能预测，为骨、软骨、皮肤、血管和神经等目标组织提供定制化的支架设计方案，并生成制造参数和细胞接种协议，确保支架在降解速率、机械强度和营养传输等方面达到临床应用要求。 关键词：组织工程，支架设计，孔隙率优化，生物材料，CAD建模，有限元分析，组织再生，生物医学工程，降解建模，细胞接种
生物反应器培养方案生成器Skill bioreactor-protocol-generator
生物反应器培养方案生成器是一款专为组织工程领域设计的技能工具，用于自动化生成和优化生物反应器中组织构建物的成熟培养方案。它整合了机械调节、灌注参数优化、气体交换计算、培养基配方指导及无菌流程管理等核心功能，帮助研究人员高效开发标准化、可重复的培养流程，加速组织工程产品的研发与生产。关键词：生物反应器，组织工程，培养方案，机械调节，灌注培养，无菌技术，质量控制，组织成熟，生物医学工程。
肿瘤突变负荷与微卫星不稳定性计算器Skill tmb-msi-calculator
该技能主要用于计算肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性，为免疫治疗提供关键生物标志物评估。通过分析基因测序数据，预测新抗原，整合HLA分型，并生成临床报告，帮助医生制定个性化免疫治疗方案。关键词：肿瘤突变负荷，微卫星不稳定性，免疫治疗，生物标志物，新抗原预测，临床基因组学，肿瘤学，TMB，MSI，精准医疗。
结构变异检测器Skill structural-variant-detector
结构变异检测器技能是一个生物信息学工具，专门用于识别和分析基因组中的结构变异，包括拷贝数变异、倒位、易位和复杂重排。它整合了多种检测算法，支持分裂读段和配对末端分析，提供SV注释、可视化及多方法验证功能，适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和长读长测序等场景。关键词：结构变异检测，拷贝数变异，基因组分析，生物信息学，SV注释，测序数据分析。
STRING网络分析器Skill string-network-analyzer
STRING网络分析器是一款生物信息学工具，专门用于蛋白质相互作用网络分析、功能富集分析和网络可视化。该技能支持从STRING数据库查询蛋白质相互作用关系，进行网络聚类识别功能模块，执行GO、KEGG等通路富集分析，并集成Cytoscape进行高质量网络可视化。适用于蛋白质组学研究、多组学数据整合和生物网络分析。关键词：蛋白质相互作用网络，功能富集分析，网络可视化，STRING数据库，生物信息学，蛋白质组学，Cytoscape，网络聚类