AlphaFold蛋白质结构预测器是一款基于深度学习的生物信息学工具，专门用于预测蛋白质的三维空间结构。该技能整合了AlphaFold2、ColabFold和RoseTTAFold等先进模型，能够执行单链或多链复合物的高精度结构预测。核心功能包括生成预测模型、提供pLDDT置信度评分、进行预测对齐误差（PAE）分析以评估结构域可靠性，并支持基于已知同源模板的结构优化。适用于药物研发、蛋白质功能研究、合成生物学等领域，帮助科研人员快速获得可靠的蛋白质结构模型，加速生命科学发现。 关键词：AlphaFold，蛋白质结构预测，深度学习，生物信息学，pLDDT，PAE分析，多链复合物，ColabFold，结构生物学，AI药物发现

Perseus统计分析器是一款专业的蛋白质组学数据分析工具，专注于提供完整的统计分析和可视化解决方案。该技能支持缺失值填补、数据标准化、多种统计检验（如t检验、方差分析）、层次聚类、主成分分析（PCA）和富集分析，并能生成可直接用于发表的图表。它适用于生物信息学研究人员、蛋白质组学数据分析师，帮助处理质谱数据，进行差异表达分析和多组学数据整合。 关键词：蛋白质组学数据分析，Perseus统计，生物信息学工具，质谱数据处理，缺失值填补，数据标准化，统计检验，层次聚类，主成分分析，富集分析，数据可视化，发表级图表，多组学整合

pysam是一个用于处理基因组数据的Python工具包，支持读取和写入SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ文件，进行区域提取、覆盖率计算和生物信息学分析。适用于下一代测序（NGS）数据处理管道。关键词：pysam、基因组分析、生物信息学、Python、NGS、VCF、BAM、覆盖率计算、变异分析、序列处理。

这个技能用于程序化查询ChEMBL数据库，支持化合物搜索、生物活性数据检索、药物发现等功能，适用于药物研发、医学化学研究和数据分析。关键词：ChEMBL, 药物发现, 化合物, 生物活性, IC50, Ki, 医学化学, 数据查询。

这个技能用于自动化执行单细胞RNA-seq数据的质量控制流程，采用scverse最佳实践，包括基于MAD的过滤方法来识别和移除低质量细胞，并生成详细的可视化图表以评估数据质量。适用于生物信息学、基因表达分析、数据清洗和预处理等场景。关键词：单细胞RNA-seq、质量控制、QC、过滤、可视化、数据分析、生物信息学。

ClinVar查询器是一款专为生物信息学和临床基因组学设计的技能工具，主要用于从ClinVar数据库中查询和解读基因变异信息。该工具支持变异致病性查找、提交历史检索、疾病关联分析、证据等级评估、批量变异查询以及VCF文件注释集成等功能，是临床医生、遗传咨询师和研究人员进行遗传变异解读和罕见病诊断的重要辅助工具。关键词：ClinVar数据库、基因变异查询、致病性分析、临床基因组学、生物信息学工具、VCF注释、罕见病诊断、变异解读。

MEGAHIT宏基因组组装技能是一款专门用于从高通量测序产生的短读序列中重建微生物基因组的生物信息学工具。该技能支持内存高效组装、多种k-mer策略选择、重叠群质量评估和大数据集处理，适用于宏基因组学研究、微生物群落分析、环境样本测序数据分析等场景。关键词：宏基因组组装、MEGAHIT、基因组重建、短读序列、生物信息学、微生物基因组、重叠群分析、k-mer策略。

GATK变异检测技能是基于GATK最佳实践的生物信息学工具，专门用于基因组变异分析。该技能支持种系变异和体细胞变异的精准检测，提供完整的变异分析工作流程，包括碱基质量重校准、变异质量过滤、联合基因分型等关键步骤。适用于全基因组测序、临床诊断、肿瘤分子谱分析和罕见病研究等场景。 关键词：GATK变异检测 基因组分析 生物信息学 变异调用 基因分型 全基因组测序 临床诊断 肿瘤分析 罕见病研究 生物信息学技能

ESM技能是一个基于深度学习的蛋白质语言模型工具包，用于蛋白质序列生成、结构预测、功能注释和嵌入生成。它支持ESM3和ESM C模型，适用于蛋白质设计、药物发现和生物工程应用，关键词：蛋白质语言模型，ESM，蛋白质设计，序列生成，结构预测，AI生成内容，生物医药。

gget 是一个命令行生物信息学工具和Python包，用于快速查询和分析基因组数据，提供对20多个数据库的统一访问，包括基因信息检索、序列对齐、蛋白结构预测、表达数据分析和疾病关联查询等功能。关键词：生物信息学、基因分析、序列对齐、蛋白预测、表达数据、疾病数据库、基因组工具、快速查询、统一接口、Python包。

ipSAE 是一个用于蛋白质-蛋白质相互作用预测结果排序的评分工具，专门针对结合剂设计优化。它能有效处理 AlphaFold2、AlphaFold3 和 Boltz1 等模型的输出，通过分析预测对齐误差来评估和排序设计的蛋白质结合剂，其精度优于传统的 ipTM 和 iPAE 评分方法。关键词：ipSAE，蛋白质设计，结合剂排序，AlphaFold，生物信息学，结构预测，蛋白质相互作用，评分函数

这个技能用于访问和下载COSMIC（癌症体细胞突变目录）数据库，提供癌症基因突变、癌症基因普查、突变签名、基因融合等数据，支持癌症研究、精准医疗和生物信息学分析。关键词：癌症突变、基因数据库、生物信息学、数据分析、精准医疗、癌症研究。