生物医药 Skill技能列表
基因组分析工具包GtarsSkill gtars
Gtars是一款基于Rust的高性能基因组分析工具包，提供Python绑定，专门用于基因组区间数据处理、BED文件操作、覆盖轨迹生成、重叠检测、机器学习令牌化和片段分析。适用于生物信息学、计算基因组学和机器学习应用，关键词包括基因组分析、Rust工具包、Python绑定、覆盖分析、令牌化、生物信息学。
Ensembl基因组数据库查询技能Skill ensembl-database
本技能用于通过REST API高效查询Ensembl基因组数据库，支持基因信息检索、DNA序列获取、变异效果预测、比较基因组学分析等功能，关键词包括Ensembl数据库、基因查询、序列分析、变异预测、比较基因组学，适用于生物信息学和基因组学研究。
UniProt蛋白质数据库访问工具Skill uniprot
UniProt蛋白质数据库访问工具是一个专门用于检索蛋白质序列和注释信息的技能。通过UniProt REST API，用户可以快速获取蛋白质的FASTA序列、功能注释、结构域边界、同源蛋白、变异体信息，并能交叉引用PDB结构数据库。该工具支持通过登录号、基因名称等多种方式查询，适用于生物信息学分析、蛋白质工程、药物研发等领域。关键词：UniProt数据库，蛋白质序列，功能注释，结构域分析，PDB交叉引用，生物信息学工具，REST API访问
ProteinMPNN蛋白质序列设计工具Skill proteinmpnn
ProteinMPNN是一款基于深度学习的蛋白质逆折叠设计工具，能够根据给定的蛋白质三维骨架结构，快速生成具有特定功能的氨基酸序列。该工具适用于蛋白质工程、药物设计、酶优化等领域，支持固定残基设计、多状态设计、表达优化等高级功能。关键词：蛋白质设计、逆折叠、序列生成、AI蛋白质工程、深度学习、生物信息学、药物发现、酶工程。
配体感知蛋白质序列设计工具Skill ligandmpnn
LigandMPNN 是一个基于深度学习的蛋白质序列设计工具，专门用于在考虑配体（如小分子、金属离子、辅因子或核酸）存在的情况下，设计或优化蛋白质序列。它适用于酶活性位点设计、配体结合口袋优化、金属配位位点设计等生物医药和合成生物学场景。核心功能是进行配体感知的逆折叠，生成与特定配体高亲和力结合的蛋白质序列。关键词：蛋白质设计，配体感知，逆折叠，酶设计，结合口袋优化，LigandMPNN，AI蛋白质工程，生物计算。
ESM2蛋白质语言模型Skill esm
ESM2蛋白质语言模型是一种基于深度学习的生物信息学工具，专门用于蛋白质序列分析和设计。它能够计算蛋白质序列的伪对数似然分数来评估序列合理性，生成高维嵌入表示用于聚类和多样性分析，并支持零样本变体效应预测。该工具适用于蛋白质工程、药物研发和生物信息学研究，帮助研究人员筛选天然样序列、分析序列-功能关系以及优化蛋白质设计。关键词：蛋白质语言模型，ESM2，序列评分，嵌入表示，变体效应预测，蛋白质设计，生物信息学，深度学习，AI生物技术。
DNAnexus集成平台Skill dnanexus-integration
DNAnexus集成技能是一个用于DNAnexus云基因组学平台的开发和管理工具。它支持应用开发、数据操作、作业执行、Python SDK使用和配置管理，适用于生物信息学管道开发和执行。关键词：DNAnexus, 云计算, 基因组学, 数据分析, Python SDK, 工作流自动化, 生物信息学, 数据管理, 云原生, 管道执行。
STARRNA-seq比对器技能Skill star-rnaseq-aligner
STAR RNA-seq比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于处理RNA测序数据。它能够执行剪接感知的读段比对，精准识别基因的剪接位点，支持双程比对模式以发现新的剪接变异，并具备嵌合读段检测功能用于分析基因融合事件。该技能还能生成基因表达定量数据，并提供全面的质量控制指标。它可与下游的差异表达分析、单细胞RNA-seq分析等流程无缝集成，是转录组学研究中的核心比对工具。关键词：RNA-seq， 转录组学， 剪接比对， STAR， 基因定量， 质量控制， 生物信息学， 基因融合， 差异表达。
Perseus统计分析器Skill perseus-statistical-analyzer
Perseus统计分析器是一款专业的蛋白质组学数据分析工具，专注于提供完整的统计分析和可视化解决方案。该技能支持缺失值填补、数据标准化、多种统计检验（如t检验、方差分析）、层次聚类、主成分分析（PCA）和富集分析，并能生成可直接用于发表的图表。它适用于生物信息学研究人员、蛋白质组学数据分析师，帮助处理质谱数据，进行差异表达分析和多组学数据整合。 关键词：蛋白质组学数据分析，Perseus统计，生物信息学工具，质谱数据处理，缺失值填补，数据标准化，统计检验，层次聚类，主成分分析，富集分析，数据可视化，发表级图表，多组学整合
MaxQuant质谱分析处理器Skill maxquant-processor
MaxQuant质谱分析处理器是一款专业的生物信息学工具，专门用于蛋白质组学数据的处理和解析。该技能基于MaxQuant软件，集成了Andromeda搜索引擎，支持无标记定量（LFQ）和TMT/iTRAQ等标记定量技术，具备运行间匹配、假发现率（FDR）控制、翻译后修饰（PTM）位点定位等核心功能。适用于科研人员、生物技术公司和制药企业进行大规模蛋白质鉴定、定量分析和生物标志物发现。关键词：MaxQuant，质谱分析，蛋白质鉴定，蛋白质定量，生物信息学，蛋白质组学，LFQ，TMT，PTM，FDR控制。
COBRApy约束基础代谢建模库Skill cobrapy
COBRApy 是一个 Python 库，专门用于基于约束的代谢建模 (COBRA)，支持通量平衡分析、通量变异性分析、基因敲除、通量采样等功能，广泛应用于系统生物学、代谢工程和生物医学研究，帮助科学家分析和模拟细胞代谢过程。关键词: Python, 代谢建模, 通量平衡分析, 系统生物学, 代谢工程, 生物信息学。
DeepVariant变异检测器Skill deepvariant-caller
DeepVariant变异检测技能是一个基于深度学习的生物信息学工具，专门用于高精度检测基因组中的单核苷酸变异和插入缺失。该技能支持GPU加速、多种测序模式选择、模型定制化训练和容器化部署，适用于全基因组测序、外显子组测序和长读长测序数据分析。关键词：DeepVariant变异检测、深度学习基因组分析、SNV插入缺失检测、生物信息学工具、GPU加速测序分析、容器化生物信息流程。