生物医药 Skill技能列表
蛋白质设计工具环境初始化Skill setup
本技能用于指导用户完成蛋白质设计工具（如BoltzGen、RFdiffusion、Chai）的首次环境设置与配置。核心内容包括Modal CLI安装、身份验证、biomodals仓库克隆、GPU选择及常见问题排查。关键词：蛋白质设计，AI生物计算，环境配置，Modal云平台，BoltzGen，RFdiffusion，Chai，生物信息学工具。
基因调控网络推断工具Skill arboreto
Arboreto 是一个用于从基因表达数据中推断基因调控网络的Python库，支持GRNBoost2和GENIE3机器学习算法，可通过Dask进行分布式计算，适用于单细胞RNA-seq和基因调控网络分析。关键词：基因调控网络、机器学习、Python、Dask、GRN推断、生物信息学、转录因子、基因表达。
MetaPhlAn宏基因组分析器Skill metaphlan-profiler
MetaPhlAn宏基因组分析技能是一款专业的生物信息学工具，专门用于物种水平的微生物群落组成分析。该技能通过分析特定分支的标记基因，能够精确识别和量化宏基因组样本中的物种组成，支持菌株水平的深度分析（StrainPhlAn），并能估计未知物种的存在。它适用于多样本比较、群落组成可视化以及跨不同条件的对比研究，是微生物组研究、环境科学、临床诊断和生物技术领域的关键分析工具。
MEGAHIT宏基因组组装器Skill megahit-assembler
MEGAHIT宏基因组组装技能是一款专门用于从高通量测序产生的短读序列中重建微生物基因组的生物信息学工具。该技能支持内存高效组装、多种k-mer策略选择、重叠群质量评估和大数据集处理，适用于宏基因组学研究、微生物群落分析、环境样本测序数据分析等场景。关键词：宏基因组组装、MEGAHIT、基因组重建、短读序列、生物信息学、微生物基因组、重叠群分析、k-mer策略。
MaxQuant质谱分析处理器Skill maxquant-processor
MaxQuant质谱分析处理器是一款专业的生物信息学工具，专门用于蛋白质组学数据的处理和解析。该技能基于MaxQuant软件，集成了Andromeda搜索引擎，支持无标记定量（LFQ）和TMT/iTRAQ等标记定量技术，具备运行间匹配、假发现率（FDR）控制、翻译后修饰（PTM）位点定位等核心功能。适用于科研人员、生物技术公司和制药企业进行大规模蛋白质鉴定、定量分析和生物标志物发现。关键词：MaxQuant，质谱分析，蛋白质鉴定，蛋白质定量，生物信息学，蛋白质组学，LFQ，TMT，PTM，FDR控制。
MAGeCKCRISPR分析器Skill mageck-crispr-analyzer
MAGeCK CRISPR分析器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理和分析CRISPR基因编辑筛选实验数据。该技能能够对向导RNA进行精确计数、数据标准化和质量控制，计算基因必需性评分，执行通路富集分析，并支持复杂实验设计的最大似然估计模型分析。适用于基因功能研究、药物靶点发现和癌症研究等领域。关键词：CRISPR筛选，基因必需性评分，生物信息学，MAGeCK，通路富集，基因编辑，高通量测序分析。
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
HUMAnN功能分析器Skill humann-functional-profiler
HUMAnN功能分析器是一款用于宏基因组功能分析的专业技能，主要用于对微生物群落进行基因家族定量、代谢通路丰度分析、UniRef注释和分层功能谱分析。该技能支持MetaCyc通路数据库，能够评估通路覆盖度并集成自定义数据库，是宏基因组学研究中进行功能注释和代谢网络分析的核心工具。关键词：宏基因组分析、功能注释、代谢通路、基因家族定量、HUMAnN3、生物信息学、微生物群落、MetaCyc、UniRef、分层分析。
HPO表型匹配器Skill hpo-phenotype-matcher
HPO表型匹配技能是一个生物信息学工具，专门用于人类表型本体分析，实现表型驱动的基因优先排序。该技能通过HPO术语匹配、基因-表型关联评分、语义相似性分析等功能，帮助临床基因组学研究人员将患者表型与基因变异关联，支持罕见病诊断和临床变异解读。关键词：人类表型本体、HPO、表型匹配、基因优先排序、临床基因组学、罕见病诊断、生物信息学、语义相似性、Exomiser集成。
GSEA通路分析器Skill gsea-pathway-analyzer
GSEA通路分析技能是一款专业的生物信息学工具，专注于基因集富集分析。它能够对转录组学数据进行功能注释和通路解析，支持预排序GSEA、基因本体富集、KEGG/Reactome通路分析以及自定义基因集。该技能可识别关键的前沿基因，并生成高质量的图表，广泛应用于RNA-seq差异表达、单细胞测序和多组学整合等研究场景。关键词：基因集富集分析，GSEA，通路分析，生物信息学，功能注释，转录组学，KEGG，Reactome，前沿基因，可视化。
GIAB基准验证器Skill giab-benchmark-validator
GIAB基准验证技能是一个用于评估基因组测序分析流程准确性的生物信息学工具。它通过将测序结果与“瓶中基因组”权威真值集进行比对，计算灵敏度、特异性等关键指标，并支持按不同基因组区域和变异类型进行分层分析，特别关注困难区域的性能评估，最终生成全面的验证报告。该技能是基因组数据分析、生物信息学流程验证、测序准确性评估、GIAB基准测试和变异检测质量控制的专业工具。
GA4GH标准验证器Skill ga4gh-standards-validator
GA4GH 标准验证器是一个用于确保基因组数据共享与互操作性的合规性检查工具。它专注于验证 VCF/BAM 等生物信息学文件格式、测试 htsget API 和 Beacon 协议、检查 DRS/WES/TES 工作流标准，并进行数据模型验证与互操作性测试。关键词：GA4GH 标准，数据共享，互操作性，基因组学，合规性验证，生物信息学工具，API 测试，数据模型。