生物医药 Skill技能列表
RFdiffusion蛋白质骨架生成Skill rfdiffusion
RFdiffusion是一种基于扩散模型的AI工具，用于从头生成蛋白质三维骨架结构。它主要用于蛋白质设计，包括为特定靶点生成结合剂支架、从头设计新蛋白质、将功能基序嵌入新蛋白、设计对称寡聚体等。关键词：蛋白质设计，AI生成结构，扩散模型，骨架生成，生物信息学，RFdiffusion，结合剂设计，对称寡聚体，功能基序。
ChEMBL数据库查询技能Skill chembl-database
这个技能用于程序化查询ChEMBL数据库，支持化合物搜索、生物活性数据检索、药物发现等功能，适用于药物研发、医学化学研究和数据分析。关键词：ChEMBL, 药物发现, 化合物, 生物活性, IC50, Ki, 医学化学, 数据查询。
蛋白质设计质量控制Skill protein-qc
蛋白质设计质量控制技能，提供用于评估和筛选蛋白质设计的标准化指标、阈值与流程。它整合了结构置信度（pLDDT, pTM）、结合质量（ipTM, PAE）、表达可行性（不稳定指数, GRAVY）等多维度评估，并强调使用综合评分进行有效排序。该技能包含诊断工具和失败恢复指南，旨在帮助研究人员高效过滤不良设计，提升蛋白质设计项目的成功率。关键词：蛋白质设计，质量控制，筛选阈值，综合评分，生物信息学，AI蛋白质设计，结构预测，表达优化。
系统发育树构建器Skill phylogenetics-tree-builder
系统发育树构建器是一款专业的生物信息学分析工具，专门用于构建进化树和评估物种间的亲缘关系。该技能支持多序列比对（如MUSCLE、MAFFT）、最大似然树构建、贝叶斯推断、自举支持率计算、分子钟分析和进化树可视化。适用于微生物组分析、宏基因组学和全基因组测序等研究领域，帮助科研人员深入理解生物进化历程和物种分类关系。 关键词：系统发育树构建，进化树分析，多序列比对，最大似然树，贝叶斯推断，分子钟分析，生物信息学工具，亲缘关系评估，16S rRNA分析，宏基因组学
HMDB数据库技能Skill hmdb-database
本技能用于访问人类代谢组数据库，支持代谢物搜索、化学性质检索、生物标记物分析和代谢组学研究，关键词包括代谢组学、生物标记物、NMR光谱、数据科学、生物医药、科研学术。
癌症突变数据库Skill cosmic-database
这个技能用于访问和下载COSMIC（癌症体细胞突变目录）数据库，提供癌症基因突变、癌症基因普查、突变签名、基因融合等数据，支持癌症研究、精准医疗和生物信息学分析。关键词：癌症突变、基因数据库、生物信息学、数据分析、精准医疗、癌症研究。
Seurat单细胞分析器Skill seurat-single-cell-analyzer
Seurat单细胞分析器是一款用于处理单细胞RNA测序数据的专业工具，主要功能包括数据质量过滤、标准化处理、降维分析（PCA/UMAP）、细胞聚类、标记基因识别、细胞类型自动注释、多数据集整合以及细胞发育轨迹推断。该技能适用于生物信息学研究人员进行单细胞转录组学分析、细胞异质性研究、发育生物学和疾病机制探索。关键词：单细胞RNA测序，Seurat分析，细胞聚类，生物信息学，转录组学，UMAP降维，细胞注释，轨迹分析，scRNA-seq
adaptyvSkill adaptyv
Adaptyv是一个云实验室平台，专注于自动化蛋白质测试和验证服务。它提供结合测定、表达测试、热稳定性测量和酶活性测定等多种实验类型，支持通过API提交实验、跟踪状态和下载结果。平台还包括蛋白质序列优化工具，如NetSolP、SolubleMPNN等，以提高表达和稳定性。适用于生物医药研究、蛋白质设计、高通量AI驱动工作流和CRO服务，关键词包括云实验室、蛋白质测试、自动化验证、API集成、生物医药、CRO、AI驱动。
Opentrons加热摇床模块Skill opentrons-heater-shaker
Opentrons加热摇床模块技能用于自动化实验室中的加热和摇床操作，提供精确的温度控制（37-95°C）和轨道混合（200-3000 rpm），适用于细胞培养、酶反应、细菌转化、ELISA洗涤等需要温度控制搅拌的协议。关键词：Opentrons、加热摇床、实验室自动化、细胞培养、酶反应、温度控制、摇床混合。
无细胞蛋白合成优化指南Skill cell-free-expression
本指南提供了无细胞蛋白合成（CFPS）的全面优化方案，涵盖系统选择、问题排查、密码子优化、模板设计、二硫键形成、可溶性增强等关键环节。适用于生物医药研发人员、合成生物学家、蛋白工程师进行体外蛋白表达实验设计、疑难蛋白表达优化和产量提升。关键词：无细胞蛋白合成，CFPS，蛋白表达优化，密码子优化，二硫键形成，可溶性标签，分子伴侣，体外翻译。
MetaPhlAn宏基因组分析器Skill metaphlan-profiler
MetaPhlAn宏基因组分析技能是一款专业的生物信息学工具，专门用于物种水平的微生物群落组成分析。该技能通过分析特定分支的标记基因，能够精确识别和量化宏基因组样本中的物种组成，支持菌株水平的深度分析（StrainPhlAn），并能估计未知物种的存在。它适用于多样本比较、群落组成可视化以及跨不同条件的对比研究，是微生物组研究、环境科学、临床诊断和生物技术领域的关键分析工具。
吸光度板阅读器自动化技能Skill opentrons-absorbance-reader
这个技能用于在Opentrons Flex平台上自动化进行微板吸光度测量，支持单波长和多波长读取（450、562、600、650纳米），适用于ELISA、细胞生长监测、比色测定和动力学实验等生物医药应用。关键词：吸光度测量、自动化、ELISA、细胞密度、分光光度计、Opentrons Flex、生物实验、数据导出。