生物医药 Skill技能列表
开放靶点数据库Skill opentargets-database
此技能用于通过开放靶点平台查询目标-疾病关联、药物靶点发现、可药性/安全性数据、遗传/组学证据等,以识别治疗靶点,支持药物研发和生物信息学分析。关键词包括:药物靶点、疾病关联、生物信息学、数据查询、靶点发现、药物重定位、可药性评估、安全性分析、遗传证据、组学数据、GraphQL API。
代谢组学工作台数据库技能Skill metabolomics-workbench-database
这个技能用于通过REST API访问NIH代谢组学工作台,查询代谢物、标准化命名、搜索质谱数据、获取研究元数据等,适用于代谢组学和生物标志物发现。关键词包括代谢组学、REST API、代谢物查询、质谱搜索、研究数据、生物标志物、数据分析。
COSMIC癌症突变数据库访问技能Skill cosmic-database
这个技能用于通过编程方式访问COSMIC数据库,下载和分析癌症体细胞突变数据,包括突变、基因普查、签名等,支持癌症研究和精准肿瘤学。关键词:癌症突变、基因普查、签名分析、精准医疗、生物信息学、数据下载、癌症研究。
ACMG变异分类器Skill acmg-variant-classifier
ACMG变异分类器是一款基于ACMG/AMP临床指南的生物信息学工具,专门用于对基因变异进行系统性致病性评估。该技能能够自动化应用证据标准、整合群体频率数据与计算机预测结果、分析遗传模式,并生成标准化的分类报告。主要服务于临床遗传学、罕见病诊断和新生儿筛查等领域,帮助医生和研究人员快速、准确地解读基因变异的临床意义。 关键词:ACMG变异分类,致病性评估,临床遗传学,生物信息学,基因解读,罕见病诊断,变异分析,遗传咨询
BLAST序列搜索技能Skill blast-sequence-search
BLAST序列搜索技能是一个生物信息学工具,专门用于执行序列相似性比对、同源性分析和生物数据库查询。该技能支持BLASTn、BLASTp、BLASTx等多种比对程序,能够创建和管理自定义数据库,并通过E值过滤和结果解析来优化搜索。适用于基因组学、蛋白质组学和宏基因组学研究,帮助科研人员快速识别序列间的进化关系和功能注释。 关键词:BLAST序列搜索,序列比对,同源性分析,生物信息学,数据库查询,NCBI BLAST,基因组学,蛋白质序列分析,宏基因组学
COBRApy(约束基代谢建模库)Skill cobrapy
COBRApy是一个Python库,专门用于约束基代谢模型的构建、分析和仿真,支持通量平衡分析、通量变异分析、基因敲除、通量采样和SBML模型处理,适用于系统生物学、代谢工程、生物信息学和合成生物学研究,帮助优化代谢路径和预测细胞行为。
HMDB数据库技能Skill hmdb-database
本技能用于访问人类代谢组数据库,支持代谢物搜索、化学性质检索、生物标记物分析和代谢组学研究,关键词包括代谢组学、生物标记物、NMR光谱、数据科学、生物医药、科研学术。
蛋白质测试与验证云平台操作Skill adaptyv
这个技能涉及使用Adaptyv云实验室平台进行自动蛋白质测试和验证,包括结合测定、表达测试、热稳定性测量和酶活性测定。通过API或Web界面提交实验、跟踪状态、下载结果,并利用计算工具优化蛋白质序列以提高表达和稳定性。适用于生物医药领域的蛋白质设计、实验验证和高通量AI驱动工作流。关键词:蛋白质测试、云实验室、API自动化、实验验证、生物医药、蛋白质优化、合成生物学。
蛋白质数据库访问工具Skill pdb
这是一个用于访问和操作RCSB蛋白质数据库(PDB)的专业工具。主要功能包括:蛋白质结构下载、PDB文件解析、链提取、结构域分析、界面残基识别、序列相似性搜索等。适用于生物信息学分析、药物设计、蛋白质工程和结构生物学研究。关键词:蛋白质结构,PDB数据库,生物信息学,结构分析,药物设计,RCSB API,蛋白质工程,生物分子建模。
Boltz结构预测Skill boltz
Boltz结构预测是一个开源的生物分子结构预测工具,主要用于预测蛋白质复合物、蛋白质-配体复合物的三维结构,是AlphaFold2的开源替代方案。该工具支持MSA-free模式,基于扩散模型,运行速度快,特别适合需要本地GPU资源、验证设计结合蛋白或进行大规模结构预测的场景。关键词:蛋白质结构预测,生物信息学,开源AI,AlphaFold2替代,复合物建模,扩散模型,MSA-free,本地GPU部署。
MetaPhlAn宏基因组分析器Skill metaphlan-profiler
MetaPhlAn宏基因组分析技能是一款专业的生物信息学工具,专门用于物种水平的微生物群落组成分析。该技能通过分析特定分支的标记基因,能够精确识别和量化宏基因组样本中的物种组成,支持菌株水平的深度分析(StrainPhlAn),并能估计未知物种的存在。它适用于多样本比较、群落组成可视化以及跨不同条件的对比研究,是微生物组研究、环境科学、临床诊断和生物技术领域的关键分析工具。
CellRanger单细胞数据处理技能Skill cellranger-processor
CellRanger单细胞数据处理技能是专门用于处理10X Genomics单细胞测序数据的生物信息学工具。该技能能够实现BCL到FASTQ的格式转换、细胞条形码解复用、UMI计数、特征条形码处理、样本聚合分析以及生成Loupe可视化文件。适用于单细胞转录组学、空间转录组学等领域的研究人员,帮助高效完成数据预处理和初步分析。关键词:单细胞测序,10X Genomics,Cell Ranger,生物信息学,转录组学,数据解复用,UMI计数,空间转录组。