生物医药 Skill技能列表
PyMOL分子可视化器Skill pymol-visualizer
PyMOL分子可视化技能是一款专注于生物分子结构渲染与分析的生物信息学工具。它能够实现蛋白质结构的三维可视化、表面渲染、结合位点高亮，并支持生成高质量的静态图像和动态动画，适用于科研绘图、药物发现和结构生物学分析。关键词：PyMOL，分子可视化，蛋白质结构，结构生物学，生物信息学，三维渲染，动画生成，科研绘图。
蛋白质测试与验证云平台操作Skill adaptyv
这个技能涉及使用Adaptyv云实验室平台进行自动蛋白质测试和验证，包括结合测定、表达测试、热稳定性测量和酶活性测定。通过API或Web界面提交实验、跟踪状态、下载结果，并利用计算工具优化蛋白质序列以提高表达和稳定性。适用于生物医药领域的蛋白质设计、实验验证和高通量AI驱动工作流。关键词：蛋白质测试、云实验室、API自动化、实验验证、生物医药、蛋白质优化、合成生物学。
代谢组学工作台数据库技能Skill metabolomics-workbench-database
这个技能用于通过REST API访问NIH代谢组学工作台，查询代谢物、标准化命名、搜索质谱数据、获取研究元数据等，适用于代谢组学和生物标志物发现。关键词包括代谢组学、REST API、代谢物查询、质谱搜索、研究数据、生物标志物、数据分析。
Latch生物信息工作流集成Skill latchbio-integration
LatchBio Integration是一个用于在云平台上构建、部署和管理生物信息学工作流的Python框架。它支持使用@workflow/@task装饰器定义任务，集成Nextflow和Snakemake管道，并提供数据管理、资源配置和已验证工作流功能，广泛应用于基因工程、RNA-seq分析、蛋白质结构预测等领域。关键词：生物信息学、工作流、Python、云平台、数据分析、基因工程、服务器无服务。
ClinVar数据库查询技能Skill clinvar-database
该技能用于查询和分析NCBI ClinVar数据库中的遗传变异临床意义，支持通过基因/位置搜索、解释致病性分类、访问E-utilities API或FTP下载数据、注释VCF文件，应用于基因组医学和临床研究。关键词：ClinVar、遗传变异、临床意义、数据库查询、API、FTP、VCF、基因组医学、生物信息学。
COBRApy（约束基代谢建模库）Skill cobrapy
COBRApy是一个Python库，专门用于约束基代谢模型的构建、分析和仿真，支持通量平衡分析、通量变异分析、基因敲除、通量采样和SBML模型处理，适用于系统生物学、代谢工程、生物信息学和合成生物学研究，帮助优化代谢路径和预测细胞行为。
DESeq2差异表达分析技能Skill deseq2-differential-expression
DESeq2差异表达分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的差异基因表达分析。该技能提供完整的分析流程，包括数据标准化、统计建模、批次效应校正和可视化功能。关键词：差异表达分析，RNA测序，转录组学，生物信息学，DESeq2，基因表达，统计分析，数据可视化。
SamtoolsBAM处理器Skill samtools-bam-processor
Samtools BAM处理器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理BAM和SAM格式的基因测序比对文件。该技能提供全面的文件操作功能，包括BAM文件排序、索引建立、重复序列标记与去除、比对质量统计生成、特定基因组区域提取、读取组管理以及SAM/BAM/CRAM格式之间的转换。适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和RNA-seq差异表达分析等生物信息学工作流程，帮助研究人员高效处理和分析高通量测序数据。 关键词：BAM文件处理，SAM文件操作，基因测序分析，生物信息学工具，序列比对，samtools，测序数据过滤，基因组区域提取，重复序列去除，格式转换
GSEA通路分析器Skill gsea-pathway-analyzer
GSEA通路分析技能是一款专业的生物信息学工具，专注于基因集富集分析。它能够对转录组学数据进行功能注释和通路解析，支持预排序GSEA、基因本体富集、KEGG/Reactome通路分析以及自定义基因集。该技能可识别关键的前沿基因，并生成高质量的图表，广泛应用于RNA-seq差异表达、单细胞测序和多组学整合等研究场景。关键词：基因集富集分析，GSEA，通路分析，生物信息学，功能注释，转录组学，KEGG，Reactome，前沿基因，可视化。
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
DrugBank数据库访问技能Skill drugbank-database
此技能用于程序化访问和分析DrugBank数据库中的全面药物信息，包括药物属性、相互作用、靶点、化学结构等，适用于药物研发、药理学研究、药物相互作用分析、靶点识别、化学相似性搜索和ADMET预测。关键词：DrugBank数据库，药物信息，数据分析，药物研发，药理学，药物相互作用，靶点分析，化学属性。
AlphaFold2结构验证Skill alphafold
AlphaFold2 结构验证技能是一个基于深度学习的蛋白质结构预测工具，主要用于验证蛋白质设计的正确性、预测蛋白质复合物结构、计算结构置信度指标（如 pLDDT、pTM、ipTM），并进行设计的自洽性验证。它适用于生物医药研发、合成生物学、药物发现等领域，帮助研究人员快速评估蛋白质设计的可行性。关键词：AlphaFold2，蛋白质结构预测，生物信息学，深度学习，药物设计，结构验证，复合物预测，生物医药。