生物医药 Skill技能列表
基因组分析工具包GtarsSkill gtars
Gtars是一款基于Rust的高性能基因组分析工具包，提供Python绑定，专门用于基因组区间数据处理、BED文件操作、覆盖轨迹生成、重叠检测、机器学习令牌化和片段分析。适用于生物信息学、计算基因组学和机器学习应用，关键词包括基因组分析、Rust工具包、Python绑定、覆盖分析、令牌化、生物信息学。
Opentrons温度模块Skill opentrons-temperature-module
Opentrons温度模块技能用于在Opentrons自动化协议中实现精确温度控制，支持4-95°C范围的加热和冷却，适用于生物实验中的样本存储、酶反应和温度敏感协议。关键词：Opentrons、温度模块、实验室自动化、生物实验、温度控制、PCR、酶反应
Opentrons加热摇床模块Skill opentrons-heater-shaker
Opentrons加热摇床模块技能用于自动化实验室中的加热和摇床操作，提供精确的温度控制（37-95°C）和轨道混合（200-3000 rpm），适用于细胞培养、酶反应、细菌转化、ELISA洗涤等需要温度控制搅拌的协议。关键词：Opentrons、加热摇床、实验室自动化、细胞培养、酶反应、温度控制、摇床混合。
Boltz结构预测Skill boltz
Boltz结构预测是一个开源的生物分子结构预测工具，主要用于预测蛋白质复合物、蛋白质-配体复合物的三维结构，是AlphaFold2的开源替代方案。该工具支持MSA-free模式，基于扩散模型，运行速度快，特别适合需要本地GPU资源、验证设计结合蛋白或进行大规模结构预测的场景。关键词：蛋白质结构预测，生物信息学，开源AI，AlphaFold2替代，复合物建模，扩散模型，MSA-free，本地GPU部署。
AlphaFold2结构验证Skill alphafold
AlphaFold2 结构验证技能是一个基于深度学习的蛋白质结构预测工具，主要用于验证蛋白质设计的正确性、预测蛋白质复合物结构、计算结构置信度指标（如 pLDDT、pTM、ipTM），并进行设计的自洽性验证。它适用于生物医药研发、合成生物学、药物发现等领域，帮助研究人员快速评估蛋白质设计的可行性。关键词：AlphaFold2，蛋白质结构预测，生物信息学，深度学习，药物设计，结构验证，复合物预测，生物医药。
pysam基因组分析工具Skill pysam
pysam是一个用于处理基因组数据的Python工具包，支持读取和写入SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ文件，进行区域提取、覆盖率计算和生物信息学分析。适用于下一代测序（NGS）数据处理管道。关键词：pysam、基因组分析、生物信息学、Python、NGS、VCF、BAM、覆盖率计算、变异分析、序列处理。
Latch生物信息工作流集成Skill latchbio-integration
LatchBio Integration是一个用于在云平台上构建、部署和管理生物信息学工作流的Python框架。它支持使用@workflow/@task装饰器定义任务，集成Nextflow和Snakemake管道，并提供数据管理、资源配置和已验证工作流功能，广泛应用于基因工程、RNA-seq分析、蛋白质结构预测等领域。关键词：生物信息学、工作流、Python、云平台、数据分析、基因工程、服务器无服务。
Opentrons磁性块Skill opentrons-magnetic-block
Opentrons 磁性块技能用于自动化实验室中的磁珠分离工作流，支持DNA/RNA纯化、PCR清理、免疫沉淀等分子生物学实验。通过Opentrons Flex机器人的夹爪移动实验室器皿，结合高强度钕磁铁实现全自动化，适用于生物医药和科研领域。关键词：磁珠分离、DNA纯化、RNA提取、实验室自动化、Opentrons Flex、生物技术。
DeepVariant变异检测器Skill deepvariant-caller
DeepVariant变异检测技能是一个基于深度学习的生物信息学工具，专门用于高精度检测基因组中的单核苷酸变异和插入缺失。该技能支持GPU加速、多种测序模式选择、模型定制化训练和容器化部署，适用于全基因组测序、外显子组测序和长读长测序数据分析。关键词：DeepVariant变异检测、深度学习基因组分析、SNV插入缺失检测、生物信息学工具、GPU加速测序分析、容器化生物信息流程。
CellRanger单细胞数据处理技能Skill cellranger-processor
CellRanger单细胞数据处理技能是专门用于处理10X Genomics单细胞测序数据的生物信息学工具。该技能能够实现BCL到FASTQ的格式转换、细胞条形码解复用、UMI计数、特征条形码处理、样本聚合分析以及生成Loupe可视化文件。适用于单细胞转录组学、空间转录组学等领域的研究人员，帮助高效完成数据预处理和初步分析。关键词：单细胞测序，10X Genomics，Cell Ranger，生物信息学，转录组学，数据解复用，UMI计数，空间转录组。
BWA比对器Skill bwa-aligner
BWA比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于将高通量测序（NGS）产生的读段快速、准确地比对到参考基因组。它支持BWA-MEM2算法，具备参数优化、多线程加速、索引管理和质量评估等功能，适用于全基因组测序、长读段分析和肿瘤分子谱分析等场景。关键词：BWA-MEM2，序列比对，参考基因组，NGS分析，生物信息学，参数优化，质量评估。
吸光度板阅读器自动化技能Skill opentrons-absorbance-reader
这个技能用于在Opentrons Flex平台上自动化进行微板吸光度测量，支持单波长和多波长读取（450、562、600、650纳米），适用于ELISA、细胞生长监测、比色测定和动力学实验等生物医药应用。关键词：吸光度测量、自动化、ELISA、细胞密度、分光光度计、Opentrons Flex、生物实验、数据导出。