生物医药 Skill技能列表
Latch生物信息工作流集成Skill latchbio-integration
LatchBio Integration是一个用于在云平台上构建、部署和管理生物信息学工作流的Python框架。它支持使用@workflow/@task装饰器定义任务，集成Nextflow和Snakemake管道，并提供数据管理、资源配置和已验证工作流功能，广泛应用于基因工程、RNA-seq分析、蛋白质结构预测等领域。关键词：生物信息学、工作流、Python、云平台、数据分析、基因工程、服务器无服务。
GSEA通路分析器Skill gsea-pathway-analyzer
GSEA通路分析技能是一款专业的生物信息学工具，专注于基因集富集分析。它能够对转录组学数据进行功能注释和通路解析，支持预排序GSEA、基因本体富集、KEGG/Reactome通路分析以及自定义基因集。该技能可识别关键的前沿基因，并生成高质量的图表，广泛应用于RNA-seq差异表达、单细胞测序和多组学整合等研究场景。关键词：基因集富集分析，GSEA，通路分析，生物信息学，功能注释，转录组学，KEGG，Reactome，前沿基因，可视化。
蛋白质数据库访问工具Skill pdb
这是一个用于访问和操作RCSB蛋白质数据库（PDB）的专业工具。主要功能包括：蛋白质结构下载、PDB文件解析、链提取、结构域分析、界面残基识别、序列相似性搜索等。适用于生物信息学分析、药物设计、蛋白质工程和结构生物学研究。关键词：蛋白质结构，PDB数据库，生物信息学，结构分析，药物设计，RCSB API，蛋白质工程，生物分子建模。
ClinVar数据库查询技能Skill clinvar-database
这个技能用于查询和分析NCBI ClinVar数据库，获取人类遗传变异的临床意义分类，支持基因组医学研究、临床决策、VCF注释和数据分析。关键词：ClinVar, 遗传变异, 临床意义, 基因组医学, 生物信息学, 分子诊断, 数据查询。
蛋白质测试与验证云平台操作Skill adaptyv
这个技能涉及使用Adaptyv云实验室平台进行自动蛋白质测试和验证，包括结合测定、表达测试、热稳定性测量和酶活性测定。通过API或Web界面提交实验、跟踪状态、下载结果，并利用计算工具优化蛋白质序列以提高表达和稳定性。适用于生物医药领域的蛋白质设计、实验验证和高通量AI驱动工作流。关键词：蛋白质测试、云实验室、API自动化、实验验证、生物医药、蛋白质优化、合成生物学。
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
Boltz结构预测Skill boltz
Boltz结构预测是一个开源的生物分子结构预测工具，主要用于预测蛋白质复合物、蛋白质-配体复合物的三维结构，是AlphaFold2的开源替代方案。该工具支持MSA-free模式，基于扩散模型，运行速度快，特别适合需要本地GPU资源、验证设计结合蛋白或进行大规模结构预测的场景。关键词：蛋白质结构预测，生物信息学，开源AI，AlphaFold2替代，复合物建模，扩散模型，MSA-free，本地GPU部署。
SamtoolsBAM处理器Skill samtools-bam-processor
Samtools BAM处理器技能是一个专业的生物信息学工具，专门用于处理BAM和SAM格式的基因测序比对文件。该技能提供全面的文件操作功能，包括BAM文件排序、索引建立、重复序列标记与去除、比对质量统计生成、特定基因组区域提取、读取组管理以及SAM/BAM/CRAM格式之间的转换。适用于全基因组测序、肿瘤分子谱分析和RNA-seq差异表达分析等生物信息学工作流程，帮助研究人员高效处理和分析高通量测序数据。 关键词：BAM文件处理，SAM文件操作，基因测序分析，生物信息学工具，序列比对，samtools，测序数据过滤，基因组区域提取，重复序列去除，格式转换
RFdiffusion蛋白质骨架生成Skill rfdiffusion
RFdiffusion是一种基于扩散模型的AI工具，用于从头生成蛋白质三维骨架结构。它主要用于蛋白质设计，包括为特定靶点生成结合剂支架、从头设计新蛋白质、将功能基序嵌入新蛋白、设计对称寡聚体等。关键词：蛋白质设计，AI生成结构，扩散模型，骨架生成，生物信息学，RFdiffusion，结合剂设计，对称寡聚体，功能基序。
DESeq2差异表达分析技能Skill deseq2-differential-expression
DESeq2差异表达分析技能是一个生物信息学工具，专门用于RNA测序数据的差异基因表达分析。该技能提供完整的分析流程，包括数据标准化、统计建模、批次效应校正和可视化功能。关键词：差异表达分析，RNA测序，转录组学，生物信息学，DESeq2，基因表达，统计分析，数据可视化。
ESM2蛋白质语言模型Skill esm
ESM2蛋白质语言模型是一种基于深度学习的生物信息学工具，专门用于蛋白质序列分析和设计。它能够计算蛋白质序列的伪对数似然分数来评估序列合理性，生成高维嵌入表示用于聚类和多样性分析，并支持零样本变体效应预测。该工具适用于蛋白质工程、药物研发和生物信息学研究，帮助研究人员筛选天然样序列、分析序列-功能关系以及优化蛋白质设计。关键词：蛋白质语言模型，ESM2，序列评分，嵌入表示，变体效应预测，蛋白质设计，生物信息学，深度学习，AI生物技术。
COBRApy约束基础代谢建模库Skill cobrapy
COBRApy 是一个 Python 库，专门用于基于约束的代谢建模 (COBRA)，支持通量平衡分析、通量变异性分析、基因敲除、通量采样等功能，广泛应用于系统生物学、代谢工程和生物医学研究，帮助科学家分析和模拟细胞代谢过程。关键词: Python, 代谢建模, 通量平衡分析, 系统生物学, 代谢工程, 生物信息学。