生物医药 Skill技能列表
AlphaFold2结构验证Skill alphafold
AlphaFold2 结构验证技能是一个基于深度学习的蛋白质结构预测工具，主要用于验证蛋白质设计的正确性、预测蛋白质复合物结构、计算结构置信度指标（如 pLDDT、pTM、ipTM），并进行设计的自洽性验证。它适用于生物医药研发、合成生物学、药物发现等领域，帮助研究人员快速评估蛋白质设计的可行性。关键词：AlphaFold2，蛋白质结构预测，生物信息学，深度学习，药物设计，结构验证，复合物预测，生物医药。
ProteinMPNN蛋白质序列设计工具Skill proteinmpnn
ProteinMPNN是一款基于深度学习的蛋白质逆折叠设计工具，能够根据给定的蛋白质三维骨架结构，快速生成具有特定功能的氨基酸序列。该工具适用于蛋白质工程、药物设计、酶优化等领域，支持固定残基设计、多状态设计、表达优化等高级功能。关键词：蛋白质设计、逆折叠、序列生成、AI蛋白质工程、深度学习、生物信息学、药物发现、酶工程。
HMDB数据库技能Skill hmdb-database
本技能用于访问人类代谢组数据库，支持代谢物搜索、化学性质检索、生物标记物分析和代谢组学研究，关键词包括代谢组学、生物标记物、NMR光谱、数据科学、生物医药、科研学术。
蛋白质数据库访问工具Skill pdb
这是一个用于访问和操作RCSB蛋白质数据库（PDB）的专业工具。主要功能包括：蛋白质结构下载、PDB文件解析、链提取、结构域分析、界面残基识别、序列相似性搜索等。适用于生物信息学分析、药物设计、蛋白质工程和结构生物学研究。关键词：蛋白质结构，PDB数据库，生物信息学，结构分析，药物设计，RCSB API，蛋白质工程，生物分子建模。
BWA比对器Skill bwa-aligner
BWA比对器技能是一个生物信息学工具，专门用于将高通量测序（NGS）产生的读段快速、准确地比对到参考基因组。它支持BWA-MEM2算法，具备参数优化、多线程加速、索引管理和质量评估等功能，适用于全基因组测序、长读段分析和肿瘤分子谱分析等场景。关键词：BWA-MEM2，序列比对，参考基因组，NGS分析，生物信息学，参数优化，质量评估。
Ensembl基因组数据库查询技能Skill ensembl-database
本技能用于通过REST API高效查询Ensembl基因组数据库，支持基因信息检索、DNA序列获取、变异效果预测、比较基因组学分析等功能，关键词包括Ensembl数据库、基因查询、序列分析、变异预测、比较基因组学，适用于生物信息学和基因组学研究。
单细胞RNA-seq质量控制Skill single-cell-rna-qc
这个技能用于自动化执行单细胞RNA-seq数据的质量控制流程，采用scverse最佳实践，包括基于MAD的过滤方法来识别和移除低质量细胞，并生成详细的可视化图表以评估数据质量。适用于生物信息学、基因表达分析、数据清洗和预处理等场景。关键词：单细胞RNA-seq、质量控制、QC、过滤、可视化、数据分析、生物信息学。
Arboreto基因调控网络推断库Skill arboreto
Arboreto是一个用于从基因表达数据推断基因调控网络的工具库，支持GRNBoost2和GENIE3算法，适用于RNA-seq数据分析，包括单细胞和批量数据。关键词：基因调控网络、GRN、基因表达、转录组学、机器学习、GRNBoost2、GENIE3、分布式计算、生物信息学。
HUMAnN功能分析器Skill humann-functional-profiler
HUMAnN功能分析器是一款用于宏基因组功能分析的专业技能，主要用于对微生物群落进行基因家族定量、代谢通路丰度分析、UniRef注释和分层功能谱分析。该技能支持MetaCyc通路数据库，能够评估通路覆盖度并集成自定义数据库，是宏基因组学研究中进行功能注释和代谢网络分析的核心工具。关键词：宏基因组分析、功能注释、代谢通路、基因家族定量、HUMAnN3、生物信息学、微生物群落、MetaCyc、UniRef、分层分析。
pysam基因组分析工具Skill pysam
pysam是一个用于处理基因组数据的Python工具包，支持读取和写入SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ文件，进行区域提取、覆盖率计算和生物信息学分析。适用于下一代测序（NGS）数据处理管道。关键词：pysam、基因组分析、生物信息学、Python、NGS、VCF、BAM、覆盖率计算、变异分析、序列处理。
COBRApy约束基础代谢建模库Skill cobrapy
COBRApy 是一个 Python 库，专门用于基于约束的代谢建模 (COBRA)，支持通量平衡分析、通量变异性分析、基因敲除、通量采样等功能，广泛应用于系统生物学、代谢工程和生物医学研究，帮助科学家分析和模拟细胞代谢过程。关键词: Python, 代谢建模, 通量平衡分析, 系统生物学, 代谢工程, 生物信息学。
GATK变异检测器Skill gatk-variant-caller
GATK变异检测技能是基于GATK最佳实践的生物信息学工具，专门用于基因组变异分析。该技能支持种系变异和体细胞变异的精准检测，提供完整的变异分析工作流程，包括碱基质量重校准、变异质量过滤、联合基因分型等关键步骤。适用于全基因组测序、临床诊断、肿瘤分子谱分析和罕见病研究等场景。 关键词：GATK变异检测 基因组分析 生物信息学 变异调用 基因分型 全基因组测序 临床诊断 肿瘤分析 罕见病研究 生物信息学技能