生物医药 Skill技能列表
Opentrons温度模块Skill opentrons-temperature-module
Opentrons温度模块技能用于在Opentrons自动化协议中实现精确温度控制，支持4-95°C范围的加热和冷却，适用于生物实验中的样本存储、酶反应和温度敏感协议。关键词：Opentrons、温度模块、实验室自动化、生物实验、温度控制、PCR、酶反应
蛋白质数据库访问工具Skill pdb
这是一个用于访问和操作RCSB蛋白质数据库（PDB）的专业工具。主要功能包括：蛋白质结构下载、PDB文件解析、链提取、结构域分析、界面残基识别、序列相似性搜索等。适用于生物信息学分析、药物设计、蛋白质工程和结构生物学研究。关键词：蛋白质结构，PDB数据库，生物信息学，结构分析，药物设计，RCSB API，蛋白质工程，生物分子建模。
AlphaFold2结构验证Skill alphafold
AlphaFold2 结构验证技能是一个基于深度学习的蛋白质结构预测工具，主要用于验证蛋白质设计的正确性、预测蛋白质复合物结构、计算结构置信度指标（如 pLDDT、pTM、ipTM），并进行设计的自洽性验证。它适用于生物医药研发、合成生物学、药物发现等领域，帮助研究人员快速评估蛋白质设计的可行性。关键词：AlphaFold2，蛋白质结构预测，生物信息学，深度学习，药物设计，结构验证，复合物预测，生物医药。
Kraken2分类器技能Skill kraken2-taxonomic-classifier
Kraken2 分类器技能是一个用于宏基因组学研究的生物信息学工具，能够对高通量测序产生的读段进行快速、准确的物种分类。该工具基于 k-mer 匹配算法，支持自定义数据库构建、置信度过滤和丰度估计（通过 Bracken），适用于微生物组分析、环境样本检测等场景。关键词：宏基因组分类，物种鉴定，k-mer 算法，微生物组分析，生物信息学工具。
基因调控网络推断工具Skill arboreto
Arboreto 是一个用于从基因表达数据中推断基因调控网络的Python库，支持GRNBoost2和GENIE3机器学习算法，可通过Dask进行分布式计算，适用于单细胞RNA-seq和基因调控网络分析。关键词：基因调控网络、机器学习、Python、Dask、GRN推断、生物信息学、转录因子、基因表达。
Nextflow管道执行器Skill nextflow-pipeline-executor
Nextflow管道执行器是一个用于管理和执行生物信息学分析工作流的专业技能。它支持DSL2语法、容器化部署和云平台集成，确保分析流程的可重复性和可扩展性。关键词：Nextflow工作流、生物信息学管道、可重复研究、容器化、云执行、DSL2、nf-core、工作流管理。
ClinVar数据库查询技能Skill clinvar-database
该技能用于查询和分析NCBI ClinVar数据库中的遗传变异临床意义，支持通过基因/位置搜索、解释致病性分类、访问E-utilities API或FTP下载数据、注释VCF文件，应用于基因组医学和临床研究。关键词：ClinVar、遗传变异、临床意义、数据库查询、API、FTP、VCF、基因组医学、生物信息学。
COBRApy（约束基代谢建模库）Skill cobrapy
COBRApy是一个Python库，专门用于约束基代谢模型的构建、分析和仿真，支持通量平衡分析、通量变异分析、基因敲除、通量采样和SBML模型处理，适用于系统生物学、代谢工程、生物信息学和合成生物学研究，帮助优化代谢路径和预测细胞行为。
Boltz结构预测Skill boltz
Boltz结构预测是一个开源的生物分子结构预测工具，主要用于预测蛋白质复合物、蛋白质-配体复合物的三维结构，是AlphaFold2的开源替代方案。该工具支持MSA-free模式，基于扩散模型，运行速度快，特别适合需要本地GPU资源、验证设计结合蛋白或进行大规模结构预测的场景。关键词：蛋白质结构预测，生物信息学，开源AI，AlphaFold2替代，复合物建模，扩散模型，MSA-free，本地GPU部署。
生物反应器培养方案生成器Skill bioreactor-protocol-generator
生物反应器培养方案生成器是一款专为组织工程领域设计的技能工具，用于自动化生成和优化生物反应器中组织构建物的成熟培养方案。它整合了机械调节、灌注参数优化、气体交换计算、培养基配方指导及无菌流程管理等核心功能，帮助研究人员高效开发标准化、可重复的培养流程，加速组织工程产品的研发与生产。关键词：生物反应器，组织工程，培养方案，机械调节，灌注培养，无菌技术，质量控制，组织成熟，生物医学工程。
组织工程支架设计优化器Skill scaffold-design-optimizer
组织工程支架设计优化器是一款专注于生物医学工程领域的专业工具，用于优化组织再生支架的孔隙结构、孔隙率和力学性能。该技能通过CAD建模、有限元分析和性能预测，为骨、软骨、皮肤、血管和神经等目标组织提供定制化的支架设计方案，并生成制造参数和细胞接种协议，确保支架在降解速率、机械强度和营养传输等方面达到临床应用要求。 关键词：组织工程，支架设计，孔隙率优化，生物材料，CAD建模，有限元分析，组织再生，生物医学工程，降解建模，细胞接种
HMDB数据库技能Skill hmdb-database
本技能用于访问人类代谢组数据库，支持代谢物搜索、化学性质检索、生物标记物分析和代谢组学研究，关键词包括代谢组学、生物标记物、NMR光谱、数据科学、生物医药、科研学术。